seq1 = pF1KB9434.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KB9434/gi568815589r_27259034.tfa (gi568815589r:27259034_27555550), 296517 bp

>pF1KB9434 648
>gi568815589r:27259034_27555550 (Chr9)

(complement)

1-418  (100001-100418)   99% ->
419-621  (196315-196517)   100% ->
622-648  (224935-224961)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATAGCCCTGAAGCAGGTATTCAACAAGGACAAGACCTTCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATAGCCCTGAAGCAGGTATTCAACAAGGACAAGACCTTCCGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAGGAAATTTGAACCTGGCACACAGAGGTTTGAGCTGCACAAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAGGAAATTTGAACCTGGCACACAGAGGTTTGAGCTGCACAAACGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCAGGCATCCCTCAACTCGGGTGTGGACCTGAAGGCGGCTGTGCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCAGGCATCCCTCAACTCGGGTGTGGACCTGAAGGCGGCTGTGCAGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAGTGGGGAGGACCAGAATGACTGGGTGGCAGTACATGTGGTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAGTGGGGAGGACCAGAATGACTGGGTGGCAGTACATGTGGTGGACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCAATCGGATCAACCTCATCTATGGCACCATCTGTGAGTTCTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCAATCGGATCAACCTCATCTATGGCACCATCTGTGAGTTCTGCACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCGGACCTGTCCTGTGATGTCAGGGGGCCCCAAATATGAGTATCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCGGACCTGTCCTGTGATGTCAGGGGGCCCCAAATATGAGTATCGGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGATGATCTCAAGTATAAGAAGCCAACAGCGCTGCCAGCTCCCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGATGATCTCAAGTATAAGAAGCCAACAGCGCTGCCAGCTCCCCAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGAACCTTCTTATGGATTGGATTGAGGTTCAGATCAACAACGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGAACCTTCTTATGGATTGGATTGAGGTTCAGATCAACAACGAGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TATTTCCAACATGTGTGG         GTGTTCCCTTCCCAAAGAACTTC
        ||||||||||||| ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100401 TATTTCCAACATGCGTGGGTA...TAGGTGTTCCCTTCCCAAAGAACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTCAGATCTGCAAGAAGATCCTGTGCCGCCTTTTCCGGGTCTTTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196338 CTTCAGATCTGCAAGAAGATCCTGTGCCGCCTTTTCCGGGTCTTTGTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTCTATATCCACCACTTCGACCGGGTCATTGTGATGGGTGCAGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196388 CGTCTATATCCACCACTTCGACCGGGTCATTGTGATGGGTGCAGAGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGTCAACACCTGCTACAAACACTTCTATTACTTTGTCACAGAGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196438 ATGTCAACACCTGCTACAAACACTTCTATTACTTTGTCACAGAGATGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCATAGACCGCAAGGAGCTAGAGCCTTTG         AAAGAAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 196488 CTCATAGACCGCAAGGAGCTAGAGCCTTTGGTA...CAGAAAGAAATGAC

    650     .    :    .
    633 GAGCAGGATGTGTCAC
        ||||||||||||||||
 224946 GAGCAGGATGTGTCAC