seq1 = pF1KB9431.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KB9431/gi568815579f_11336118.tfa (gi568815579f:11336118_11549409), 213292 bp

>pF1KB9431 1572
>gi568815579f:11336118_11549409 (Chr19)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-196  (100272-100388)   100% ->
197-292  (101759-101854)   100% ->
293-350  (101950-102007)   100% ->
351-468  (105123-105240)   100% ->
469-598  (106269-106398)   100% ->
599-683  (109272-109356)   100% ->
684-762  (110155-110233)   100% ->
763-849  (110957-111043)   100% ->
850-1026  (111322-111501)   98% ->
1027-1093  (111606-111672)   100% ->
1094-1163  (112105-112174)   100% ->
1164-1253  (112423-112512)   100% ->
1254-1328  (112797-112871)   100% ->
1329-1428  (112959-113058)   100% ->
1429-1572  (113149-113292)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTTGCCGCTGCTGCTGCTGCTACCCATGTGCTGGGCCGTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTTGCCGCTGCTGCTGCTGCTACCCATGTGCTGGGCCGTGGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAGGCCCCGGGGCGTCTCCCTCACCA         ATCATCACTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CAAGAGGCCCCGGGGCGTCTCCCTCACCAGTG...CAGATCATCACTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGATGAGTCCAAGCCTTTCACCTGCCTGGACGGTTCGGCCACCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100284 ACGATGAGTCCAAGCCTTTCACCTGCCTGGACGGTTCGGCCACCATCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGATCAGGTCAACGATGACTATTGCGACTGCAAAGATGGCTCTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100334 TTTGATCAGGTCAACGATGACTATTGCGACTGCAAAGATGGCTCTGACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCAG         GCACGGCTGCCTGTCCTAATGGCAGCTTCCACTGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100384 GCCAGGTG...CAGGCACGGCTGCCTGTCCTAATGGCAGCTTCCACTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAACACTGGCTATAAGCCCCTGTATATCCCCTCCAACCGGGTCAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101795 CCAACACTGGCTATAAGCCCCTGTATATCCCCTCCAACCGGGTCAACGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTGTTTGTG         ACTGCTGCGATGGAACAGACGAGTACAACAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101845 GGTGTTTGTGGTA...CAGACTGCTGCGATGGAACAGACGAGTACAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGCGTCATCTGTGAGAACACCTGCAA         AGAGAAGGGCCGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101981 CGGCGTCATCTGTGAGAACACCTGCAAGTA...CAGAGAGAAGGGCCGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGAGAGAGAGTCCCTGCAGCAGATGGCCGAGGTCACCCGCGAAGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105137 AGGAGAGAGAGTCCCTGCAGCAGATGGCCGAGGTCACCCGCGAAGGGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGTCTGAAGAAGATCCTTATTGAGGACTGGAAGAAGGCACGGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105187 CGTCTGAAGAAGATCCTTATTGAGGACTGGAAGAAGGCACGGGAGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCAG         AAAAAGCTCATTGAGCTACAGGCTGGGAAGAAGTCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105237 GCAGGTA...CAGAAAAAGCTCATTGAGCTACAGGCTGGGAAGAAGTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAAGACCAGGTGGAGATGCTGCGGACAGTGAAGGAGGAAGCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106306 TGGAAGACCAGGTGGAGATGCTGCGGACAGTGAAGGAGGAAGCTGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCAGAGAGAGAGGCCAAAGAGCAGCACCAGAAGCTGTGGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106356 CCAGAGAGAGAGGCCAAAGAGCAGCACCAGAAGCTGTGGGAAGGTA...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599   AGCAGCTGGCTGCTGCCAAGGCCCAACAGGAGCAGGAGCTGGCGGCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109270 AGAGCAGCTGGCTGCTGCCAAGGCCCAACAGGAGCAGGAGCTGGCGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGCCTTCAAGGAGCTGGATGATGACATGGACGGGAC         GGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109320 ATGCCTTCAAGGAGCTGGATGATGACATGGACGGGACGTG...CAGGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCGGTGACTGAGCTGCAGACTCACCCGGAGCTGGACACAGATGGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110159 TCGGTGACTGAGCTGCAGACTCACCCGGAGCTGGACACAGATGGGGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCGTTGTCAGAAGCGGAAGCTCAG         GCCCTCCTCAGTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110209 GGCGTTGTCAGAAGCGGAAGCTCAGGTA...CAGGCCCTCCTCAGTGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACACACAGACAGACGCCACCTCTTTCTACGACCGCGTCTGGGCCGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110973 ACACACAGACAGACGCCACCTCTTTCTACGACCGCGTCTGGGCCGCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGGGACAAGTACCGGTCCGAG         GCACTGCCCACCGACCTTCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111023 AGGGACAAGTACCGGTCCGAGGTC...CAGGCACTGCCCACCGACCTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGCACCTTCTGCCCCTGACTTGACGGAGCCCAAGGAGGAGCAGCCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111342 AGCACCTTCTGCCCCTGACTTGACGGAGCCCAAGGAGGAGCAGCCGCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGCCCTCGTCGCCCACAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA  A 
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--|-
 111392 TGCCCTCGTCGCCCACAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    967 GAAGAGGCTGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGATTCCGAGGTGCAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111442 GAAGAGGCTGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGATTCCGAGGTGCAGGGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1017 GCAGCCCAAG         CCGGCCAGCCCTGCTGAGGAAGACAAAATGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111492 GCAGCCCAAGGTC...CAGCCGGCCAGCCCTGCTGAGGAAGACAAAATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1058 CGCCCTACGACGAGCAGACGCAGGCCTTCATCGATG         CTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111637 CGCCCTACGACGAGCAGACGCAGGCCTTCATCGATGGTG...CAGCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099 CAGGAGGCCCGCAACAAGTTCGAGGAGGCCGAGCGGTCGCTGAAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112110 CAGGAGGCCCGCAACAAGTTCGAGGAGGCCGAGCGGTCGCTGAAGGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1149 GGAGGAGTCCATCAG         GAACCTGGAGCAAGAGATTTCTTTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112160 GGAGGAGTCCATCAGGTA...CAGGAACCTGGAGCAAGAGATTTCTTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1190 ACTTTGGCCCCAACGGGGAGTTTGCTTACCTGTACAGCCAGTGCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112449 ACTTTGGCCCCAACGGGGAGTTTGCTTACCTGTACAGCCAGTGCTACGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 CTCACCACCAACGA         ATACGTCTACCGCCTCTGCCCCTTCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112499 CTCACCACCAACGAGTG...CAGATACGTCTACCGCCTCTGCCCCTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1281 GCTTGTCTCGCAGAAACCCAAACTCGGGGGCTCTCCCACCAGCCTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112824 GCTTGTCTCGCAGAAACCCAAACTCGGGGGCTCTCCCACCAGCCTTGGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329        CACCTGGGGCTCATGGATTGGCCCCGACCACGACAAGTTCAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112874 G...CAGCACCTGGGGCTCATGGATTGGCCCCGACCACGACAAGTTCAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372 GCCATGAAGTATGAGCAAGGCACGGGCTGCTGGCAGGGCCCCAACCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113002 GCCATGAAGTATGAGCAAGGCACGGGCTGCTGGCAGGGCCCCAACCGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1422 CACCACC         GTGCGCCTCCTGTGCGGGAAAGAGACCATGGTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113052 CACCACCGTG...CAGGTGCGCCTCCTGTGCGGGAAAGAGACCATGGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1463 CCAGCACCACAGAGCCCAGTCGCTGCGAGTACCTCATGGAGCTGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113183 CCAGCACCACAGAGCCCAGTCGCTGCGAGTACCTCATGGAGCTGATGACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1513 CCAGCCGCCTGCCCGGAGCCACCGCCTGAAGCACCCACCGAAGACGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113233 CCAGCCGCCTGCCCGGAGCCACCGCCTGAAGCACCCACCGAAGACGACCA

   1700     .    :
   1563 TGACGAGCTC
        ||||||||||
 113283 TGACGAGCTC