seq1 = pF1KB9425.tfa, 2211 bp
seq2 = pF1KB9425/gi568815596f_45552101.tfa (gi568815596f:45552101_46284878), 732778 bp

>pF1KB9425 2211
>gi568815596f:45552101_46284878 (Chr2)

1-348  (100001-100348)   100% ->
349-412  (290900-290963)   100% ->
413-572  (424329-424488)   100% ->
573-607  (426876-426910)   100% ->
608-693  (428196-428281)   100% ->
694-823  (432451-432580)   100% ->
824-966  (449304-449446)   100% ->
967-1063  (452442-452538)   100% ->
1064-1263  (455362-455561)   100% ->
1264-1437  (458244-458417)   100% ->
1438-1592  (534108-534262)   100% ->
1593-1731  (592993-593131)   100% ->
1732-1920  (598941-599129)   100% ->
1921-2067  (607506-607652)   100% ->
2068-2211  (632635-632778)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGTGTTCAATGGCCTTCTTAAGATCAAAATCTGCGAGGCCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAGTGTTCAATGGCCTTCTTAAGATCAAAATCTGCGAGGCCGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGAAGCCCACAGCCTGGTCGCTGCGCCATGCGGTGGGACCCCGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGAAGCCCACAGCCTGGTCGCTGCGCCATGCGGTGGGACCCCGGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACTTTCCTTCTCGACCCCTACATTGCCCTCAATGTGGACGACTCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGACTTTCCTTCTCGACCCCTACATTGCCCTCAATGTGGACGACTCGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGGCCAAACGGCCACCAAGCAGAAGACCAACAGCCCGGCCTGGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCGGCCAAACGGCCACCAAGCAGAAGACCAACAGCCCGGCCTGGCACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGTTCGTCACCGATGTGTGCAACGGACGCAAGATCGAGCTGGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGTTCGTCACCGATGTGTGCAACGGACGCAAGATCGAGCTGGCTGTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCACGATGCCCCCATAGGCTACGACGACTTCGTGGCCAACTGCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCACGATGCCCCCATAGGCTACGACGACTTCGTGGCCAACTGCACCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTTTGAGGAGCTGCTGCAGAACGGGAGCCGCCACTTCGAGGACTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100301 CAGTTTGAGGAGCTGCTGCAGAACGGGAGCCGCCACTTCGAGGACTGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349        ATTGATCTGGAGCCAGAAGGAAGAGTGTATGTGATCATCGATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 G...CAGATTGATCTGGAGCCAGAAGGAAGAGTGTATGTGATCATCGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTCAGGGTCGTCGGGTGAAG         CCCCTAAAGACAATGAAGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 290943 TCTCAGGGTCGTCGGGTGAAGGTA...CAGCCCCTAAAGACAATGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGTGTGTTCAGGGAACGCATGCGGCCGAGGAAGCGGCAGGGGGCCGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 424349 CGTGTGTTCAGGGAACGCATGCGGCCGAGGAAGCGGCAGGGGGCCGTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCGCAGGGTCCATCAGGTCAACGGCCACAAGTTCATGGCCACCTATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 424399 GCGCAGGGTCCATCAGGTCAACGGCCACAAGTTCATGGCCACCTATCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGCAGCCCACCTACTGCTCCCATTGCAGAGACTTCATCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 424449 GGCAGCCCACCTACTGCTCCCATTGCAGAGACTTCATCTGGTA...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTGTCATAGGAAAGCAGGGATACCAGTGTCAAG         TCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 426877 GGTGTCATAGGAAAGCAGGGATACCAGTGTCAAGGTA...CAGTCTGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGCGTGGTCCACAAGCGGTGCCACGAGCTCATAATCACAAAGTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 428203 CTGCGTGGTCCACAAGCGGTGCCACGAGCTCATAATCACAAAGTGTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGTTAAAGAAGCAGGAGACCCCCGACCAG         GTGGGCTCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 428253 GGTTAAAGAAGCAGGAGACCCCCGACCAGGTA...CAGGTGGGCTCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGTTCAGCGTCAACATGCCCCACAAGTTCGGTATCCACAACTACAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432463 CGGTTCAGCGTCAACATGCCCCACAAGTTCGGTATCCACAACTACAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCTACCTTCTGCGATCACTGTGGGTCCCTGCTCTGGGGACTCTTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432513 CCCTACCTTCTGCGATCACTGTGGGTCCCTGCTCTGGGGACTCTTGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGGTTTGCAGTGTAAAG         TCTGCAAAATGAATGTTCACCGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 432563 AGGGTTTGCAGTGTAAAGGTA...CAGTCTGCAAAATGAATGTTCACCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGATGTGAGACCAACGTGGCTCCCAACTGTGGAGTGGATGCCAGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449327 CGATGTGAGACCAACGTGGCTCCCAACTGTGGAGTGGATGCCAGAGGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGCCAAAGTACTGGCCGACCTGGGCGTTACCCCAGACAAAATCACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 449377 CGCCAAAGTACTGGCCGACCTGGGCGTTACCCCAGACAAAATCACCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCGGCCAGAGAAGGAAAAAG         CTCATTGCTGGTGCCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 449427 GCGGCCAGAGAAGGAAAAAGGTA...TAGCTCATTGCTGGTGCCGAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCGCAGCCTGCTTCTGGAAGCTCACCATCTGAGGAAGATCGATCCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 452463 CCGCAGCCTGCTTCTGGAAGCTCACCATCTGAGGAAGATCGATCCAAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCACCCACCTCCCCTTGTGACCAGG         AAATAAAAGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 452513 AGCACCCACCTCCCCTTGTGACCAGGGTG...TAGAAATAAAAGAACTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGAACAACATTCGGAAAGCCTTGTCATTTGACAACCGAGGAGAGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455377 AGAACAACATTCGGAAAGCCTTGTCATTTGACAACCGAGGAGAGGAGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGGGCAGCATCGTCTCCTGATGGCCAGCTGATGAGCCCCGGTGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455427 CGGGCAGCATCGTCTCCTGATGGCCAGCTGATGAGCCCCGGTGAGAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGAAGTCCGGCAAGGCCAGGCCAAGCGCCTGGGCCTGGATGAGTTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 455477 CGAAGTCCGGCAAGGCCAGGCCAAGCGCCTGGGCCTGGATGAGTTCAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCATCAAGGTGTTGGGCAAAGGCAGCTTTGGCAAG         GTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 455527 TCATCAAGGTGTTGGGCAAAGGCAGCTTTGGCAAGGTC...CAGGTCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGGCAGAACTCAAGGGCAAAGATGAAGTATATGCTGTGAAGGTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 458250 TTGGCAGAACTCAAGGGCAAAGATGAAGTATATGCTGTGAAGGTCTTAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAAGGACGTCATCCTTCAGGATGATGACGTGGACTGCACAATGACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 458300 GAAGGACGTCATCCTTCAGGATGATGACGTGGACTGCACAATGACAGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGAGGATTTTGGCTCTGGCACGGAAACACCCGTACCTTACCCAACTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 458350 AGAGGATTTTGGCTCTGGCACGGAAACACCCGTACCTTACCCAACTCTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGCTGCTTCCAGACCAAG         GACCGCCTCTTTTTCGTCATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 458400 TGCTGCTTCCAGACCAAGGTA...CAGGACCGCCTCTTTTTCGTCATGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATATGTAAATGGTGGAGACCTCATGTTTCAGATTCAGCGCTCCCGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 534131 ATATGTAAATGGTGGAGACCTCATGTTTCAGATTCAGCGCTCCCGAAAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TCGACGAGCCTCGTTCACGGTTCTATGCTGCAGAGGTCACATCGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 534181 TCGACGAGCCTCGTTCACGGTTCTATGCTGCAGAGGTCACATCGGCCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATGTTCCTCCACCAGCATGGAGTCATCTACAG         GGATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 534231 ATGTTCCTCCACCAGCATGGAGTCATCTACAGGTA...CAGGGATTTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACTGGACAACATCCTTCTGGATGCAGAAGGTCACTGCAAGCTGGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 593002 ACTGGACAACATCCTTCTGGATGCAGAAGGTCACTGCAAGCTGGCTGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCGGGATGTGCAAGGAAGGGATTCTGAATGGTGTGACGACCACCACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 593052 TCGGGATGTGCAAGGAAGGGATTCTGAATGGTGTGACGACCACCACGTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TGTGGGACTCCTGACTACATAGCTCCTGAG         ATCCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 593102 TGTGGGACTCCTGACTACATAGCTCCTGAGGTA...CAGATCCTGCAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GTTGGAGTATGGCCCCTCCGTGGACTGGTGGGCCCTGGGGGTGCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 598952 GTTGGAGTATGGCCCCTCCGTGGACTGGTGGGCCCTGGGGGTGCTGATGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACGAGATGATGGCTGGACAGCCTCCCTTTGAGGCCGACAATGAGGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 599002 ACGAGATGATGGCTGGACAGCCTCCCTTTGAGGCCGACAATGAGGACGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTATTTGAGTCCATCCTCCATGACGACGTGCTGTACCCAGTCTGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 599052 CTATTTGAGTCCATCCTCCATGACGACGTGCTGTACCCAGTCTGGCTCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CAAGGAGGCTGTCAGCATCTTGAAAGCT         TTCATGACGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 599102 CAAGGAGGCTGTCAGCATCTTGAAAGCTGTG...CAGTTCATGACGAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ATCCCCACAAGCGCCTGGGCTGTGTGGCATCGCAGAATGGCGAGGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 607519 ATCCCCACAAGCGCCTGGGCTGTGTGGCATCGCAGAATGGCGAGGACGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 ATCAAGCAGCACCCATTCTTCAAAGAGATTGACTGGGTGCTCCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 607569 ATCAAGCAGCACCCATTCTTCAAAGAGATTGACTGGGTGCTCCTGGAGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GAAGAAGATCAAGCCACCCTTCAAACCACGCATT         AAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 607619 GAAGAAGATCAAGCCACCCTTCAAACCACGCATTGTA...CAGAAAACCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AAAGAGACGTCAATAATTTTGACCAAGACTTTACCCGGGAAGAGCCGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 632642 AAAGAGACGTCAATAATTTTGACCAAGACTTTACCCGGGAAGAGCCGGTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CTCACCCTTGTGGACGAAGCAATTGTAAAGCAGATCAACCAGGAGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 632692 CTCACCCTTGTGGACGAAGCAATTGTAAAGCAGATCAACCAGGAGGAATT

   2300     .    :    .    :    .    :    .
   2175 CAAAGGTTTCTCCTACTTTGGTGAAGACCTGATGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 632742 CAAAGGTTTCTCCTACTTTGGTGAAGACCTGATGCCC