seq1 = pF1KB9422.tfa, 1713 bp
seq2 = pF1KB9422/gi568815588f_13009123.tfa (gi568815588f:13009123_13236863), 227741 bp

>pF1KB9422 1713
>gi568815588f:13009123_13236863 (Chr10)

1-166  (100001-100166)   100% ->
167-369  (101152-101354)   100% ->
370-552  (103331-103513)   100% ->
553-626  (107145-107218)   100% ->
627-761  (109784-109918)   100% ->
762-864  (113263-113365)   100% ->
865-980  (114873-114988)   100% ->
981-1130  (116296-116445)   100% ->
1131-1224  (116824-116917)   100% ->
1225-1383  (118623-118781)   100% ->
1384-1514  (122945-123075)   100% ->
1515-1594  (124380-124459)   100% ->
1595-1713  (127623-127741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCATCAACCTCTCAGCTGCCTCACTGAAAAGGAGGACAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCATCAACCTCTCAGCTGCCTCACTGAAAAGGAGGACAGCCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAAGCACAGGAAATGGACCCCCCCACCTGGCCCACCCAAACCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAAGCACAGGAAATGGACCCCCCCACCTGGCCCACCCAAACCTGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTTTACCCCGGAGGAGCTGCTGCAGCAGATGAAAGAGCTCCTGACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTTTACCCCGGAGGAGCTGCTGCAGCAGATGAAAGAGCTCCTGACCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCACCAGCTGAAAG         AAGCCATGAAGCTAAATAATCAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCACCAGCTGAAAGGTG...CAGAAGCCATGAAGCTAAATAATCAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGAAAGGGAGATTTGAGGAGCTTTCGGCCTGGACAGAGAAACAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101177 CATGAAAGGGAGATTTGAGGAGCTTTCGGCCTGGACAGAGAAACAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAACGCCAGTTTTTTGAGATACAGAGCAAAGAAGCAAAAGAGCGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101227 AAGAACGCCAGTTTTTTGAGATACAGAGCAAAGAAGCAAAAGAGCGTCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGCCTTGAGTCATGAGAATGAGAAATTGAAGGAAGAGCTTGGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101277 ATGGCCTTGAGTCATGAGAATGAGAAATTGAAGGAAGAGCTTGGAAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAAGGGAAATCAGAAAGGTCATCTGAG         GACCCCACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101327 AAAAGGGAAATCAGAAAGGTCATCTGAGGTG...CAGGACCCCACTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTCCAGGCTTCCCAGGGCCGAAGCGGAGCAGGAAAAGGACCAGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103344 ACTCCAGGCTTCCCAGGGCCGAAGCGGAGCAGGAAAAGGACCAGCTCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCCAGGTGGTGAGGCTACAAGCAGAGAAGGCAGACCTGTTGGGCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103394 ACCCAGGTGGTGAGGCTACAAGCAGAGAAGGCAGACCTGTTGGGCATCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCTGAACTGCAGCTCAAGCTGAACTCCAGCGGCTCCTCAGAAGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103444 GTCTGAACTGCAGCTCAAGCTGAACTCCAGCGGCTCCTCAGAAGATTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGTTGAAATTAGGATGGCT         GAAGGAGAAGCAGAAGGGTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103494 TTGTTGAAATTAGGATGGCTGTG...CAGGAAGGAGAAGCAGAAGGGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTAAAAGAAATCAAGCATAGTCCTGGGCCCACGAGAACAGTCTCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107166 GTAAAAGAAATCAAGCATAGTCCTGGGCCCACGAGAACAGTCTCCACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAC         GAGCAGATCTGCAGATGGGGCCAAGAATTACTTCGAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107216 CACGTA...TAGGAGCAGATCTGCAGATGGGGCCAAGAATTACTTCGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGAGGAGTTAACTGTGAGCCAGCTCCTGCTGTGCCTAAGGGAAGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109822 ATGAGGAGTTAACTGTGAGCCAGCTCCTGCTGTGCCTAAGGGAAGGGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGAAGGTGGAGAGACTTGAAGTTGCACTCAAGGAGGCCAAAGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109872 CAGAAGGTGGAGAGACTTGAAGTTGCACTCAAGGAGGCCAAAGAAAGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762       AGTTTCAGATTTTGAAAAGAAAACAAGTAATCGTTCTGAGATTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109922 ...CAGAGTTTCAGATTTTGAAAAGAAAACAAGTAATCGTTCTGAGATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAACCCAGACAGAGGGGAGCACAGAGAAAGAGAATGATGAAGAGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113307 AAACCCAGACAGAGGGGAGCACAGAGAAAGAGAATGATGAAGAGAAAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCGGAGACT         GTTGGAAGCGAAGTGGAAGCACTGAACCTCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113357 CCGGAGACTGTG...TAGGTTGGAAGCGAAGTGGAAGCACTGAACCTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTGACATCTCTGTTTAAGGAGCTTCAAGAGGCTCATACAAAACTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114905 GGTGACATCTCTGTTTAAGGAGCTTCAAGAGGCTCATACAAAACTCAGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGCTGAGCTAATGAAGAAGAGACTTCAAGAAAA         GTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114955 AAGCTGAGCTAATGAAGAAGAGACTTCAAGAAAAGTA...TAGGTGTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCCTTGAAAGGAAAAATTCTGCAATTCCATCAGAGTTGAATGAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116303 GCCCTTGAAAGGAAAAATTCTGCAATTCCATCAGAGTTGAATGAAAAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGCTTGTTTATACTAACAAAAAGTTAGAGCTACAAGTGGAAAGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116353 AGAGCTTGTTTATACTAACAAAAAGTTAGAGCTACAAGTGGAAAGCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TATCAGAAATCAAAATGGAACAGGCTAAAACAGAGGATGAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116403 TATCAGAAATCAAAATGGAACAGGCTAAAACAGAGGATGAAAAGTG...T

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131   GTCCAAATTAACTGTGCTACAGATGACACACAACAAGCTTCTTCAAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116822 AGGTCCAAATTAACTGTGCTACAGATGACACACAACAAGCTTCTTCAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ACATAATAATGCATTGAAAACAATTGAGGAACTAACAAGAAAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116872 ACATAATAATGCATTGAAAACAATTGAGGAACTAACAAGAAAAGAGGTA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225      TCAGAAAAAGTGGACAGGGCAGTGCTGAAGGAACTGAGTGAAAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116922 ..CAGTCAGAAAAAGTGGACAGGGCAGTGCTGAAGGAACTGAGTGAAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGGAACTGGCAGAGAAGGCTCTGGCTTCCAAACAGCTGCAAATGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118668 CTGGAACTGGCAGAGAAGGCTCTGGCTTCCAAACAGCTGCAAATGGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AATGAAGCAAACCATTGCCAAGCAGGAAGAGGACCTGGAAACCATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118718 AATGAAGCAAACCATTGCCAAGCAGGAAGAGGACCTGGAAACCATGACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCCTCAGGGCTCAG         ATGGAAGTTTACTGTTCTGATTTTCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 118768 TCCTCAGGGCTCAGGTG...CAGATGGAAGTTTACTGTTCTGATTTTCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCTGAAAGAGCAGCGAGAGAGAAAATTCATGAGGAAAAGGAGCAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122972 GCTGAAAGAGCAGCGAGAGAGAAAATTCATGAGGAAAAGGAGCAACTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATTGCAGCTGGCAGTTCTGCTGAAAGAGAATGATGCTTTCGAAGACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123022 ATTGCAGCTGGCAGTTCTGCTGAAAGAGAATGATGCTTTCGAAGACGGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCAG         GCAGTCCTTGATGGAGATGCAGAGTCGTCATGGGGCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123072 GCAGGTA...CAGGCAGTCCTTGATGGAGATGCAGAGTCGTCATGGGGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGAACAAGTGACTCTGACCAGCAGGCTTACCTTGTTCAAAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124417 AGAACAAGTGACTCTGACCAGCAGGCTTACCTTGTTCAAAGAGGTG...C

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1595   GAGCTGAGGACAGGGACTGGCGGCAACAGCGGAATATTCCGATTCATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127621 AGGAGCTGAGGACAGGGACTGGCGGCAACAGCGGAATATTCCGATTCATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCTGCCCCAAGTGTGGAGAGGTTCTGCCTGACATAGACACGTTACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127671 CCTGCCCCAAGTGTGGAGAGGTTCTGCCTGACATAGACACGTTACAGATT

   1800     .    :    .    :
   1693 CACGTGATGGATTGCATCATT
        |||||||||||||||||||||
 127721 CACGTGATGGATTGCATCATT