seq1 = pF1KB9409.tfa, 867 bp
seq2 = pF1KB9409/gi568815586f_4174041.tfa (gi568815586f:4174041_4400006), 225966 bp

>pF1KB9409 867
>gi568815586f:4174041_4400006 (Chr12)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-411  (101965-102180)   100% ->
412-571  (104720-104879)   100% ->
572-720  (114802-114950)   100% ->
721-867  (125820-125966)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGCTGTGCCACGAGGTGGACCCGGTCCGCAGGGCCGTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGCTGTGCCACGAGGTGGACCCGGTCCGCAGGGCCGTGCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCAACCTGCTCCGAGACGACCGCGTCCTGCAGAACCTGCTCACCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCAACCTGCTCCGAGACGACCGCGTCCTGCAGAACCTGCTCACCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCGCTACCTTCCGCAGTGCTCCTACTTCAAGTGCGTGCAGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCGCTACCTTCCGCAGTGCTCCTACTTCAAGTGCGTGCAGAAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCAACCCTACATGCGCAGAATGGTGGCCACCTGGATGCTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 ATCCAACCCTACATGCGCAGAATGGTGGCCACCTGGATGCTGGAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GTCTGTGAGGAACAGAAGTGCGAAGAAGAGGTCTTCCCTCTGGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .TAGGTCTGTGAGGAACAGAAGTGCGAAGAAGAGGTCTTCCCTCTGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAATTACCTGGACCGTTTCTTGGCTGGGGTCCCGACTCCGAAGTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102011 TGAATTACCTGGACCGTTTCTTGGCTGGGGTCCCGACTCCGAAGTCCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCAACTCCTGGGTGCTGTCTGCATGTTCCTGGCCTCCAAACTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102061 CTGCAACTCCTGGGTGCTGTCTGCATGTTCCTGGCCTCCAAACTCAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACCAGCCCGCTGACCGCGGAGAAGCTGTGCATTTACACCGACAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102111 GACCAGCCCGCTGACCGCGGAGAAGCTGTGCATTTACACCGACAACTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAAGCCTCAGGAGCTGCTG         GAGTGGGAACTGGTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102161 TCAAGCCTCAGGAGCTGCTGGTA...CAGGAGTGGGAACTGGTGGTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGAAGTTGAAGTGGAACCTGGCAGCTGTCACTCCTCATGACTTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104741 GGGAAGTTGAAGTGGAACCTGGCAGCTGTCACTCCTCATGACTTCATTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCACATCTTGCGCAAGCTGCCCCAGCAGCGGGAGAAGCTGTCTCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104791 GCACATCTTGCGCAAGCTGCCCCAGCAGCGGGAGAAGCTGTCTCTGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCAAGCATGCTCAGACCTTCATTGCTCTGTGTGCCACCG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104841 GCAAGCATGCTCAGACCTTCATTGCTCTGTGTGCCACCGGTA...CAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTAAGTTTGCCATGTACCCACCGTCGATGATCGCAACTGGAAGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114804 TTTAAGTTTGCCATGTACCCACCGTCGATGATCGCAACTGGAAGTGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGCAGCCATCTGTGGGCTCCAGCAGGATGAGGAAGTGAGCTCGCTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114854 AGCAGCCATCTGTGGGCTCCAGCAGGATGAGGAAGTGAGCTCGCTCACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTGATGCCCTGACTGAGCTGCTGGCTAAGATCACCAACACAGACGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114904 GTGATGCCCTGACTGAGCTGCTGGCTAAGATCACCAACACAGACGTGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721       GATTGTCTCAAAGCTTGCCAGGAGCAGATTGAGGCGGTGCTCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114954 ...TAGGATTGTCTCAAAGCTTGCCAGGAGCAGATTGAGGCGGTGCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAATAGCCTGCAGCAGTACCGTCAGGACCAACGTGACGGATCCAAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125864 CAATAGCCTGCAGCAGTACCGTCAGGACCAACGTGACGGATCCAAGTCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGATGAACTGGACCAAGCCAGCACCCCTACAGACGTGCGGGATATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125914 AGGATGAACTGGACCAAGCCAGCACCCCTACAGACGTGCGGGATATCGAC

    900 
    865 CTG
        |||
 125964 CTG