seq1 = pF1KB9405.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB9405/gi568815587f_102010849.tfa (gi568815587f:102010849_102329937), 319089 bp

>pF1KB9405 1512
>gi568815587f:102010849_102329937 (Chr11)

1-321  (100001-100321)   100% ->
322-572  (103296-103546)   100% ->
573-688  (151608-151723)   100% ->
689-802  (175170-175283)   100% ->
803-984  (195045-195226)   100% ->
985-1032  (198669-198716)   100% ->
1033-1163  (212774-212904)   100% ->
1164-1276  (216621-216733)   100% ->
1277-1512  (218854-219089)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCCGGGCAGCAGCCGCCGCCTCAACCGGCCCCCCAGGGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCCGGGCAGCAGCCGCCGCCTCAACCGGCCCCCCAGGGCCAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGCCTTCGCAGCCCCCGCAGGGGCAGGGCCCGCCGTCCGGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCGCCTTCGCAGCCCCCGCAGGGGCAGGGCCCGCCGTCCGGACCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCAACCGGCACCCGCGGCGACCCAGGCGGCGCCGCAGGCACCCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCAACCGGCACCCGCGGCGACCCAGGCGGCGCCGCAGGCACCCCCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCATCAGATCGTGCACGTCCGCGGGGACTCGGAGACCGACCTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCATCAGATCGTGCACGTCCGCGGGGACTCGGAGACCGACCTGGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCTTCAACGCCGTCATGAACCCCAAGACGGCCAACGTGCCCCAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCTTCAACGCCGTCATGAACCCCAAGACGGCCAACGTGCCCCAGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCCATGAGGCTCCGGAAGCTGCCCGACTCCTTCTTCAAGCCGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCCATGAGGCTCCGGAAGCTGCCCGACTCCTTCTTCAAGCCGCCGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCAAATCCCACTCCCGACAG         GCCAGTACTGATGCAGGCAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100301 CCCAAATCCCACTCCCGACAGGTA...TAGGCCAGTACTGATGCAGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCAGGAGCCCTGACTCCACAGCATGTTCGAGCTCATTCCTCTCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103316 TGCAGGAGCCCTGACTCCACAGCATGTTCGAGCTCATTCCTCTCCAGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCTGCAGTTGGGAGCTGTTTCTCCTGGGACACTGACCCCCACTGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103366 CTCTGCAGTTGGGAGCTGTTTCTCCTGGGACACTGACCCCCACTGGAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTCTCTGGCCCAGCAGCTACACCCACAGCTCAGCATCTTCGACAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103416 GTCTCTGGCCCAGCAGCTACACCCACAGCTCAGCATCTTCGACAGTCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTTGAGATACCTGATGATGTACCTCTGCCAGCAGGTTGGGAGATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103466 TTTTGAGATACCTGATGATGTACCTCTGCCAGCAGGTTGGGAGATGGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGACATCTTCTGGTCAGAGATACTTCTTAAA         TCACATCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103516 AGACATCTTCTGGTCAGAGATACTTCTTAAAGTA...TAGTCACATCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGACAACAACATGGCAGGACCCCAGGAAGGCCATGCTGTCCCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151618 CAGACAACAACATGGCAGGACCCCAGGAAGGCCATGCTGTCCCAGATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGTCACAGCCCCCACCAGTCCACCAGTGCAGCAGAATATGATGAACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151668 CGTCACAGCCCCCACCAGTCCACCAGTGCAGCAGAATATGATGAACTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTTCAG         GTCCTCTTCCTGATGGATGGGAACAAGCCATGACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151718 CTTCAGGTG...TAGGTCCTCTTCCTGATGGATGGGAACAAGCCATGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGGATGGAGAAATTTACTATATAAACCATAAGAACAAGACCACCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175205 CAGGATGGAGAAATTTACTATATAAACCATAAGAACAAGACCACCTCTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTAGACCCAAGGCTTGACCCTCGTTTTG         CCATGAACCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 175255 GCTAGACCCAAGGCTTGACCCTCGTTTTGGTA...CAGCCATGAACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAATCAGTCAGAGTGCTCCAGTGAAACAGCCACCACCCCTGGCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195057 GAATCAGTCAGAGTGCTCCAGTGAAACAGCCACCACCCCTGGCTCCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGCCCACAGGGAGGCGTCATGGGTGGCAGCAACTCCAACCAGCAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195107 AGCCCACAGGGAGGCGTCATGGGTGGCAGCAACTCCAACCAGCAGCAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GATGCGACTGCAGCAACTGCAGATGGAGAAGGAGAGGCTGCGGCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195157 GATGCGACTGCAGCAACTGCAGATGGAGAAGGAGAGGCTGCGGCTGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGCAAGAACTGCTTCGGCAG         GCAATGCGGAATATCAATCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 195207 AGCAAGAACTGCTTCGGCAGGTG...TAGGCAATGCGGAATATCAATCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCACAGCAAATTCTCCAAAATGTCAG         GAGTTAGCCCTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 198690 AGCACAGCAAATTCTCCAAAATGTCAGGTA...TAGGAGTTAGCCCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TAGCCAGTTACCAACACTGGAGCAGGATGGTGGGACTCAAAATCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212788 TAGCCAGTTACCAACACTGGAGCAGGATGGTGGGACTCAAAATCCAGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTTCTCCCGGGATGTCTCAGGAATTGAGAACAATGACGACCAATAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212838 CTTCTCCCGGGATGTCTCAGGAATTGAGAACAATGACGACCAATAGCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GATCCTTTCCTTAACAG         TGGCACCTATCACTCTCGAGATGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 212888 GATCCTTTCCTTAACAGGTT...TAGTGGCACCTATCACTCTCGAGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAGTACAGACAGTGGACTAAGCATGAGCAGCTACAGTGTCCCTCGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216645 GAGTACAGACAGTGGACTAAGCATGAGCAGCTACAGTGTCCCTCGAACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CAGATGACTTCCTGAACAGTGTGGATGAGATGGATACAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 216695 CAGATGACTTCCTGAACAGTGTGGATGAGATGGATACAGGTT...TAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GATACTATCAACCAAAGCACCCTGCCCTCACAGCAGAACCGTTTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218856 GATACTATCAACCAAAGCACCCTGCCCTCACAGCAGAACCGTTTCCCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTACCTTGAAGCCATTCCTGGGACAAATGTGGACCTTGGAACACTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218906 CTACCTTGAAGCCATTCCTGGGACAAATGTGGACCTTGGAACACTGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GAGATGGAATGAACATAGAAGGAGAGGAGCTGATGCCAAGTCTGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218956 GAGATGGAATGAACATAGAAGGAGAGGAGCTGATGCCAAGTCTGCAGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCTTTGAGTTCTGACATCCTTAATGACATGGAGTCTGTTTTGGCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219006 GCTTTGAGTTCTGACATCCTTAATGACATGGAGTCTGTTTTGGCTGCCAC

   1550     .    :    .    :    .    :
   1479 CAAGCTAGATAAAGAAAGCTTTCTTACATGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219056 CAAGCTAGATAAAGAAAGCTTTCTTACATGGTTA