seq1 = pF1KB9404.tfa, 2382 bp
seq2 = pF1KB9404/gi568815588r_31707661.tfa (gi568815588r:31707661_32008855), 301195 bp

>pF1KB9404 2382
>gi568815588r:31707661_32008855 (Chr10)

(complement)

1-684  (100001-100684)   100% ->
685-948  (147198-147461)   100% ->
949-1029  (156259-156339)   100% ->
1030-1155  (165270-165395)   100% ->
1156-1230  (169145-169219)   100% ->
1231-1292  (177056-177117)   100% ->
1293-1374  (182471-182552)   100% ->
1375-1476  (188368-188469)   100% ->
1477-1575  (190970-191068)   100% ->
1576-1678  (194495-194597)   100% ->
1679-1795  (196033-196149)   100% ->
1796-1894  (198109-198207)   100% ->
1895-1972  (199549-199626)   100% ->
1973-2107  (199728-199862)   100% ->
2108-2210  (200105-200207)   100% ->
2211-2382  (201024-201195)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAATGGCTGACAGAAGTGGGAAGATTATTCCAGGACAAGTGTATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGTGGAATATGATTATGAATATGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGTGGAATATGATTATGAATATGAAGCAAAGGACAGAAAGATTGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAAAACAAGGGGAGAGGTACATCTTGGTGAAAAAGACCAATGATGACTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGCAAGTCAAGCCAGATGAAAACTCCAAAGCGTTTTATGTGCCAGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTATGTGAAGGAGGTCACGCGCAAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTATGTGAAGGAGGTCACGCGCAAAGCTCTCATGCCACCTGTTAAGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGCTGGTCTGCCAAATAACTCCACGAAAATAATGCAGAGTTTGCATCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGAGATCAACAGAAAATGTGAACAAATTGCCTGAGCTTTCAAGTTTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAAGCCATCGTCATCTGTTCAAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAAGCCATCGTCATCTGTTCAAGGAACAGGTCTTATTCGTGATGCCAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAATTTTGGACCCAGTTATAATCAAGGTCAGACTGTCAACCTAAGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACCTGACCCATAATAACGGAAAGTTTAACAATGACTCACATTCTCCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTTTCCAGCCAGAATAGGACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTTTCCAGCCAGAATAGGACACGCTCATTTGGTCATTTTCCCGGTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAATCTTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGTTCTTGGATGTAGAGAAAACTAGCTTCTCCCAGGAACAATCTTGTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCGCAGGAGAAGGCTCTGAAAGAATACATCAAGATTCTGAATCTGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAACTTAGCAGCAGCTCCACTGAACAGATAAGG         GCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100651 TGAACTTAGCAGCAGCTCCACTGAACAGATAAGGGTA...CAGGCAACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147205 CACCTCCAAATCAAGGAAGGCCAGATTCTCCTGTCTATGCTAACCTTCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147255 GAACTGAAAATATCCCAGTCTGCTCTTCCCCCACTTCCTGGGAGCCCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AATTCAGATTAATGGAGAATGGGAAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147305 AATTCAGATTAATGGAGAATGGGAAACTCATAAAGACAGCTCAGGGCGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147355 GCTATTACTATAACAGAGGGACACAGGAAAGAACTTGGAAACCTCCTCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147405 TGGACTCGGGATGCAAGCATCAGCAAAGGAGATTTCCAAAATCCAGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCAAGAG         TGGCTCAAGCATGTTGATGATCAAGGTAGACAAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147455 TCAAGAGGTA...TAGTGGCTCAAGCATGTTGATGATCAAGGTAGACAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 156293 ATTACTACAGTGCAGACGGATCTCGGTCAGAATGGGAATTGCCAAAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030       TATAATGCTTCATCCCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156343 ...TAGTATAATGCTTCATCCCAGCAGCAAAGAGAAATAATTAAAAGTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165314 GAGCCTGGACAGGCGGCTGCAAGAACCAATAGTATTAACAAAGTGGAGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAG         GAATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 165364 ATAGCACCATTGTATTGGACACTAATGATAAGGTA...TAGGAATCTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACTGCCTCAAAACCCTGCTTTCCTGAAAATGAGTCTTCTCCCTCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169154 ACTGCCTCAAAACCCTGCTTTCCTGAAAATGAGTCTTCTCCCTCCTCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAAGCACCAAGATACA         GATCAAGAGAAATATGGATTATTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 169204 AAAGCACCAAGATACAGTT...TAGGATCAAGAGAAATATGGATTATTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 ATGTAACAAAAATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCG         AAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 177081 ATGTAACAAAAATTGCTGAAAATGGGAAAAAGGTTCGGTA...CAGAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGCAGGGTTCATCTTTACTTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182475 AACTGGTTGTCTTCTTGGGCGGTGTTGCAGGGTTCATCTTTACTTTTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGG         TTTGGCAGTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 182525 CAAAACTCAAGGAAGTAGCACAAGTTGGGTA...AAGTTTGGCAGTAATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGTCCAAACCAGAGTTCACAGTGGACCTCAAGGGGGCAACAATTGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188381 AGTCCAAACCAGAGTTCACAGTGGACCTCAAGGGGGCAACAATTGAGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATTTGAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 188431 GCTTCAAAGGATAAATCCAGCAAAAAGAATGTATTTGAGGTA...AAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GAAAACTCGTCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190972 GAAAACTCGTCAAGGAACAGAACTGCTAATTCAGTCTGACAATGACACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TTATTAATGATTGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTACAATCAATAATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 191022 TTATTAATGATTGGTTTAAAGTTCTTAGTAGTACAATCAATAATCAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1576       GCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191072 ...TAGGCAGTAGAAACTGATGAAGGAATTGAAGAGGAGATACCGGATTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 ACCAGGAATAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194539 ACCAGGAATAGAAAAGCATGATAAAGAAAAGGAACAAAAGGATCCCAAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGCTTCGTT         CCTTTAAAGTATCTAGCATAGATTCTTCAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 194589 AGCTTCGTTGTA...AAGCCTTTAAAGTATCTAGCATAGATTCTTCAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196065 CAGAAAAAAACCAAGAAAAACTTAAAGAAGTTTCTTACACGACGCCCCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TTTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAGGTTATATTAAAG         ATCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 196115 TTTGCAAGCTGTTCGTGAAAAAGGTTATATTAAAGGTT...CAGATCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAATGGCACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198115 TATTTGGATCCAATCTCGCTAATCTGTGTCAGAGAGAGAATGGCACAGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CCAAAGTTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 198165 CCAAAGTTTGTGAAGTTATGTATTGAACATGTTGAAGAACATGGTA...T

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1895   GTTTGGATATTGATGGGATATACAGAGTAAGTGGCAACCTCGCAGTGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199547 AGGTTTGGATATTGATGGGATATACAGAGTAAGTGGCAACCTCGCAGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATG         ATGAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 199597 TCCAGAAACTAAGGTTTGCAGTCAATCATGGTA...CAGATGAGAAATTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GACTTGAATGACAGTAAATGGGAAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199739 GACTTGAATGACAGTAAATGGGAAGATATTCATGTCATTACTGGAGCCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCTCTTTTTACATTTAATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199789 CAAAATGTTTTTTCGAGAATTACCAGAACCTCTTTTTACATTTAATCATT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TTAATGATTTTGTTAATGCAATTA         AGCAAGAACCAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 199839 TTAATGATTTTGTTAATGCAATTAGTA...CAGAGCAAGAACCAAGACAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CGAGTCGCTGCTGTTAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200122 CGAGTCGCTGCTGTTAAGGACCTAATCAGACAGTTGCCAAAGCCAAACCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAG         AGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 200172 AGACACAATGCAGATTCTTTTCCGACATCTCAGAAGGTA...CAGAGTTA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TAGAAAATGGAGAGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201029 TAGAAAATGGAGAGAAAAATCGAATGACCTATCAGAGTATAGCAATTGTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TTTGGTCCCACTCTATTAAAACCAGAAAAAGAGACTGGTAATATAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201079 TTTGGTCCCACTCTATTAAAACCAGAAAAAGAGACTGGTAATATAGCAGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201129 TCATACTGTGTACCAGAATCAGATTGTAGAATTAATTCTTCTGGAACTGA

   2500     .    :    .
   2366 GTTCCATCTTCGGACGT
        |||||||||||||||||
 201179 GTTCCATCTTCGGACGT