seq1 = pF1KB9400.tfa, 2523 bp
seq2 = pF1KB9400/gi568815597f_6455374.tfa (gi568815597f:6455374_6679581), 224208 bp

>pF1KB9400 2523
>gi568815597f:6455374_6679581 (Chr1)

1-191  (100001-100191)   100% ->
192-498  (115536-115842)   100% ->
499-1260  (119258-120019)   99% ->
1261-1473  (121042-121254)   100% ->
1474-1594  (121577-121697)   100% ->
1595-2523  (123280-124208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTCTGCACGGCTCGCCTGGTCGGCCTGCAGCTTCTCATTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTCTGCACGGCTCGCCTGGTCGGCCTGCAGCTTCTCATTTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCTGGGCCTTTGCCTGCCATAGCACGGAGTCTTCTCCTGACTTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCTGGGCCTTTGCCTGCCATAGCACGGAGTCTTCTCCTGACTTCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCCGGAGATTACCTCCTGGCAGGCCTGTTCCCTCTCCATTCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCCCGGAGATTACCTCCTGGCAGGCCTGTTCCCTCTCCATTCTGGCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCAGGTGAGGCACAGACCCGAGGTGACCCTGTGTGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100151 CTGCAGGTGAGGCACAGACCCGAGGTGACCCTGTGTGACAGGTG...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCTTGTAGCTTCAATGAGCATGGCTACCACCTCTTCCAGGCTATGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115536 GTCTTGTAGCTTCAATGAGCATGGCTACCACCTCTTCCAGGCTATGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGGGGTTGAGGAGATAAACAACTCCACGGCCCTGCTGCCCAACATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115586 TTGGGGTTGAGGAGATAAACAACTCCACGGCCCTGCTGCCCAACATCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGGGTACCAGCTGTATGATGTGTGTTCTGACTCTGCCAATGTGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115636 CTGGGGTACCAGCTGTATGATGTGTGTTCTGACTCTGCCAATGTGTATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACGCTGAGAGTGCTCTCCCTGCCAGGGCAACACCACATAGAGCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115686 CACGCTGAGAGTGCTCTCCCTGCCAGGGCAACACCACATAGAGCTCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAGACCTTCTCCACTATTCCCCTACGGTGCTGGCAGTGATTGGGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115736 GAGACCTTCTCCACTATTCCCCTACGGTGCTGGCAGTGATTGGGCCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCACCAACCGTGCTGCCACCACAGCCGCCCTGCTGAGCCCTTTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115786 AGCACCAACCGTGCTGCCACCACAGCCGCCCTGCTGAGCCCTTTCCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCCATG         ATTAGCTATGCGGCCAGCAGCGAGACGCTCAGCG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115836 GCCCATGGTA...TAGATTAGCTATGCGGCCAGCAGCGAGACGCTCAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAAGCGGCAGTATCCCTCTTTCCTGCGCACCATCCCCAATGACAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119292 TGAAGCGGCAGTATCCCTCTTTCCTGCGCACCATCCCCAATGACAAGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGGTGGAGACCATGGTGCTGCTGCTGCAGAAGTTCGGGTGGACCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119342 CAGGTGGAGACCATGGTGCTGCTGCTGCAGAAGTTCGGGTGGACCTGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCTCTGGTTGGCAGCAGTGACGACTATGGGCAGCTAGGGGTGCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119392 CTCTCTGGTTGGCAGCAGTGACGACTATGGGCAGCTAGGGGTGCAGGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGGAGAACCAGGCCACTGGTCAGGGGATCTGCATTGCTTTCAAGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119442 TGGAGAACCAGGCCACTGGTCAGGGGATCTGCATTGCTTTCAAGGACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATGCCCTTCTCTGCCCAGGTGGGCGATGAGAGGATGCAGTGCCTCATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119492 ATGCCCTTCTCTGCCCAGGTGGGCGATGAGAGGATGCAGTGCCTCATGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCACCTGGCCCAGGCCGGGGCCACCGTCGTGGTTGTTTTTTCCAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119542 CCACCTGGCCCAGGCCGGGGCCACCGTCGTGGTTGTTTTTTCCAGCCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGTTGGCCAGGGTGTTTTTCGAGTCCGTGGTGCTGACCAACCTGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119592 AGTTGGCCAGGGTGTTTTTCGAGTCCGTGGTGCTGACCAACCTGACTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAGGTGTGGGTCGCCTCAGAAGCCTGGGCCCTCTCCAGGCACATCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119642 AAGGTGTGGGTCGCCTCAGAAGCCTGGGCCCTCTCCAGGCACATCACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGTGCCCGGGATCCAGCGCATTGGGATGGTGCTGGGCGTGGCCATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119692 GGTGCCCGGGATCCAGCGCATTGGGATGGTGCTGGGCGTGGCCATCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGAGGGCTGTCCCTGGCCTGAAGGCGTTTGAAGAAGCCTATGCCCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119742 AGAGGGCTGTCCCTGGCCTGAAGGCGTTTGAAGAAGCCTATGCCCGGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GACAAGGAGGCCCCTAGGCCTTGCCACAAGGGCTCCTGGTGCAGCAGCAA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119792 GACAAGAAGGCCCCTAGGCCTTGCCACAAGGGCTCCTGGTGCAGCAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCAGCTCTGCAGAGAATGCCAAGCTTTCATGGCACACACGATGCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119842 TCAGCTCTGCAGAGAATGCCAAGCTTTCATGGCACACACGATGCCCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCAAAGCCTTCTCCATGAGTTCTGCCTACAACGCATACCGGGCTGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119892 TCAAAGCCTTCTCCATGAGTTCTGCCTACAACGCATACCGGGCTGTGTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GCGGTGGCCCATGGCCTCCACCAGCTCCTGGGCTGTGCCTCTGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119942 GCGGTGGCCCATGGCCTCCACCAGCTCCTGGGCTGTGCCTCTGGAGCTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TTCCAGGGGCCGAGTCTACCCCTGGCAG         CTTTTGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119992 TTCCAGGGGCCGAGTCTACCCCTGGCAGGTA...CAGCTTTTGGAGCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TCCACAAGGTGCATTTCCTTCTACACAAGGACACTGTGGCGTTTAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121055 TCCACAAGGTGCATTTCCTTCTACACAAGGACACTGTGGCGTTTAATGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AACAGAGATCCCCTCAGTAGCTATAACATAATTGCCTGGGACTGGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121105 AACAGAGATCCCCTCAGTAGCTATAACATAATTGCCTGGGACTGGAATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 ACCCAAGTGGACCTTCACGGTCCTCGGTTCCTCCACATGGTCTCCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121155 ACCCAAGTGGACCTTCACGGTCCTCGGTTCCTCCACATGGTCTCCAGTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGCTAAACATAAATGAGACCAAAATCCAGTGGCACGGAAAGGACAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121205 AGCTAAACATAAATGAGACCAAAATCCAGTGGCACGGAAAGGACAACCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474          GTGCCTAAGTCTGTGTGTTCCAGCGACTGTCTTGAAGGGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121255 GTA...CAGGTGCCTAAGTCTGTGTGTTCCAGCGACTGTCTTGAAGGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCAGCGAGTGGTTACGGGTTTCCATCACTGCTGCTTTGAGTGTGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121618 CCAGCGAGTGGTTACGGGTTTCCATCACTGCTGCTTTGAGTGTGTGCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GTGGGGCTGGGACCTTCCTCAACAAGAGTG         ACCTCTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121668 GTGGGGCTGGGACCTTCCTCAACAAGAGTGGTG...CAGACCTCTACAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TGCCAGCCTTGTGGGAAAGAAGAGTGGGCACCTGAGGGAAGCCAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123291 TGCCAGCCTTGTGGGAAAGAAGAGTGGGCACCTGAGGGAAGCCAGACCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CTTCCCGCGCACTGTGGTGTTTTTGGCTTTGCGTGAGCACACCTCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123341 CTTCCCGCGCACTGTGGTGTTTTTGGCTTTGCGTGAGCACACCTCTTGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TGCTGCTGGCAGCTAACACGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGGGACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123391 TGCTGCTGGCAGCTAACACGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGGGACTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GGCCTGTTTGCCTGGCACCTAGACACCCCTGTGGTGAGGTCAGCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123441 GGCCTGTTTGCCTGGCACCTAGACACCCCTGTGGTGAGGTCAGCAGGGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CCGCCTGTGCTTTCTTATGCTGGGCTCCCTGGCAGCAGGTAGTGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123491 CCGCCTGTGCTTTCTTATGCTGGGCTCCCTGGCAGCAGGTAGTGGCAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TCTATGGCTTCTTTGGGGAACCCACAAGGCCTGCGTGCTTGCTACGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123541 TCTATGGCTTCTTTGGGGAACCCACAAGGCCTGCGTGCTTGCTACGCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 GCCCTCTTTGCCCTTGGTTTCACCATCTTCCTGTCCTGCCTGACAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123591 GCCCTCTTTGCCCTTGGTTTCACCATCTTCCTGTCCTGCCTGACAGTTCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CTCATTCCAACTAATCATCATCTTCAAGTTTTCCACCAAGGTACCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123641 CTCATTCCAACTAATCATCATCTTCAAGTTTTCCACCAAGGTACCTACAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TCTACCACGCCTGGGTCCAAAACCACGGTGCTGGCCTGTTTGTGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123691 TCTACCACGCCTGGGTCCAAAACCACGGTGCTGGCCTGTTTGTGATGATC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 AGCTCAGCGGCCCAGCTGCTTATCTGTCTAACTTGGCTGGTGGTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123741 AGCTCAGCGGCCCAGCTGCTTATCTGTCTAACTTGGCTGGTGGTGTGGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 CCCACTGCCTGCTAGGGAATACCAGCGCTTCCCCCATCTGGTGATGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123791 CCCACTGCCTGCTAGGGAATACCAGCGCTTCCCCCATCTGGTGATGCTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 AGTGCACAGAGACCAACTCCCTGGGCTTCATACTGGCCTTCCTCTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123841 AGTGCACAGAGACCAACTCCCTGGGCTTCATACTGGCCTTCCTCTACAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 GGCCTCCTCTCCATCAGTGCCTTTGCCTGCAGCTACCTGGGTAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123891 GGCCTCCTCTCCATCAGTGCCTTTGCCTGCAGCTACCTGGGTAAGGACTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 GCCAGAGAACTACAACGAGGCCAAATGTGTCACCTTCAGCCTGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123941 GCCAGAGAACTACAACGAGGCCAAATGTGTCACCTTCAGCCTGCTCTTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 ACTTCGTGTCCTGGATCGCCTTCTTCACCACGGCCAGCGTCTACGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123991 ACTTCGTGTCCTGGATCGCCTTCTTCACCACGGCCAGCGTCTACGACGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 AAGTACCTGCCTGCGGCCAACATGATGGCTGGGCTGAGCAGCCTGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124041 AAGTACCTGCCTGCGGCCAACATGATGGCTGGGCTGAGCAGCCTGAGCAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2406 CGGCTTCGGTGGGTATTTTCTGCCTAAGTGCTACGTGATCCTCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124091 CGGCTTCGGTGGGTATTTTCTGCCTAAGTGCTACGTGATCCTCTGCCGCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2456 CAGACCTCAACAGCACAGAGCACTTCCAGGCCTCCATTCAGGACTACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124141 CAGACCTCAACAGCACAGAGCACTTCCAGGCCTCCATTCAGGACTACACG

   2550     .    :    .
   2506 AGGCGCTGCGGCTCCACC
        ||||||||||||||||||
 124191 AGGCGCTGCGGCTCCACC