seq1 = pF1KB9397.tfa, 1950 bp
seq2 = pF1KB9397/gi568815597r_50341443.tfa (gi568815597r:50341443_51059811), 718369 bp

>pF1KB9397 1950
>gi568815597r:50341443_51059811 (Chr1)

(complement)

39-114  (201808-201883)   98% ->
115-161  (258135-258181)   100% ->
162-367  (271607-271812)   100% ->
368-459  (315037-315128)   100% ->
460-551  (320858-320949)   100% ->
552-657  (353921-354026)   100% ->
658-744  (404284-404370)   100% ->
745-840  (463596-463691)   100% ->
841-967  (475001-475127)   100% ->
968-1031  (476097-476160)   100% ->
1032-1113  (477113-477194)   100% ->
1114-1268  (492581-492735)   100% ->
1269-1405  (520084-520220)   100% ->
1406-1494  (524355-524443)   100% ->
1495-1575  (568011-568091)   100% ->
1576-1653  (569147-569224)   100% ->
1654-1869  (584133-584348)   100% ->
1870-1950  (618289-618369)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     39 TTTTCAGGCATGTACTGGCATTGAAAACATTGACGAAGCTATTACATTGC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201808 TTTCCAGGCATGTACTGGCATTGAAAACATTGACGAAGCTATTACATTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     89 TTGAACAAAATAATTGGGACTTAGTG         GCAGCTATCAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 201858 TTGAACAAAATAATTGGGACTTAGTGGTA...CAGGCAGCTATCAATGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    130 GTAATACCACAGGAAAATGGCATTCTACAAAG         TGAATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 258150 GTAATACCACAGGAAAATGGCATTCTACAAAGGTA...TAGTGAATATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    171 AGGTGAGACCATACCAGGACCTGCATTTAATCCAGCAAGTCATCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271616 AGGTGAGACCATACCAGGACCTGCATTTAATCCAGCAAGTCATCCAGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    221 CAGCTCCTACTTCCTCTTCTTCTTCAGCGTTTCGACCTGTAATGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271666 CAGCTCCTACTTCCTCTTCTTCTTCAGCGTTTCGACCTGTAATGCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271 AGGCAGATTGTAGAAAGGCAACCTCGGATGCTGGACTTCAGGGTTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271716 AGGCAGATTGTAGAAAGGCAACCTCGGATGCTGGACTTCAGGGTTGAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    321 CAGAGACAGAAATGTTGATGTGGTACTTGAAGACACCTGTACTGTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 271766 CAGAGACAGAAATGTTGATGTGGTACTTGAAGACACCTGTACTGTTGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368       GAGAGATTAAACAGATTCTAGAAAATGAACTTCAGATACCTGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271816 ...CAGGAGAGATTAAACAGATTCTAGAAAATGAACTTCAGATACCTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    412 TCCAAAATGCTGTTAAAAGGCTGGAAGACGGGAGATGTGGAAGACAGT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 315081 TCCAAAATGCTGTTAAAAGGCTGGAAGACGGGAGATGTGGAAGACAGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460        ACGGTCCTAAAATCTCTACACTTGCCAAAAAACAACAGTCTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315131 G...CAGACGGTCCTAAAATCTCTACACTTGCCAAAAAACAACAGTCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503 ATGTCCTTACACCAGATTTGCCACCACCTTCATCATCTAGTCATGCTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 320901 ATGTCCTTACACCAGATTTGCCACCACCTTCATCATCTAGTCATGCTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552         TGCCCTGCAGGAGTCATTAAATCAAAACTTCATGCTGATCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320951 TA...CAGTGCCCTGCAGGAGTCATTAAATCAAAACTTCATGCTGATCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    594 CACCCACCGAGAAGTCCAGCGGGAGTACAACCTGAACTTCTCAGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353963 CACCCACCGAGAAGTCCAGCGGGAGTACAACCTGAACTTCTCAGGAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644 GTACTATTCAAGAG         GTAAAGAGAAATGTGTATGACCTTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 354013 GTACTATTCAAGAGGTG...TAGGTAAAGAGAAATGTGTATGACCTTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    685 AGTATCCCCGTTCGCCACCAATTATGGGAGGGCTGGCCAACTTCTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 404311 AGTATCCCCGTTCGCCACCAATTATGGGAGGGCTGGCCAACTTCTGCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    735 AGACGACTCA         ATGTGTCTTGCTGAATCAGGGCTCTCTTATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 404361 AGACGACTCAGTA...CAGATGTGTCTTGCTGAATCAGGGCTCTCTTATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776 CCTGCCATCGACTTACAGTGGGAAGAAGATCTTCACCTGCACAGACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 463627 CCTGCCATCGACTTACAGTGGGAAGAAGATCTTCACCTGCACAGACCCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    826 GAACAGTCGGAAGAA         CAAATCACCGATGTTCATATGGTTAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 463677 GAACAGTCGGAAGAAGTA...TAGCAAATCACCGATGTTCATATGGTTAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    867 TGATAGCGATGGAGATGACTTTGAAGATGCTACAGAATTTGGGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475027 TGATAGCGATGGAGATGACTTTGAAGATGCTACAGAATTTGGGGTGGATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    917 ATGGAGAAGTATTTGGCATGGCGTCATCTGCCTTGAGAAAATCTCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475077 ATGGAGAAGTATTTGGCATGGCGTCATCTGCCTTGAGAAAATCTCCAATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    967 A         TGCCAGAAAACGCAGAAAATGAAGGAGATGCCTTATTACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 475127 AGTG...TAGTGCCAGAAAACGCAGAAAATGAAGGAGATGCCTTATTACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1008 ATTTACAGCAGAGTTTTCTTCAAG         ATATGGTGATTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 476137 ATTTACAGCAGAGTTTTCTTCAAGGTA...TAGATATGGTGATTGCCATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1049 CTGTATTTTTTATTGGCTCATTAGAAGCTGCTTTTCAAGAGGCCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 477130 CTGTATTTTTTATTGGCTCATTAGAAGCTGCTTTTCAAGAGGCCTTCTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099 GTGAAAGCCCGAGAT         AGAAAGCTTCTTGCTATCTACCTCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 477180 GTGAAAGCCCGAGATGTA...CAGAGAAAGCTTCTTGCTATCTACCTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1140 CCATGATGAAAGTGTGTTAACCAACGTGTTCTGCTCACAAATGCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 492607 CCATGATGAAAGTGTGTTAACCAACGTGTTCTGCTCACAAATGCTTTGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1190 CTGAATCCATTGTTTCTTATCTGAGTCAAAATTTTATAACCTGGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 492657 CTGAATCCATTGTTTCTTATCTGAGTCAAAATTTTATAACCTGGGCTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 GATCTGACAAAGGACTCCAACAGAGCAAG         ATTTCTCACTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 492707 GATCTGACAAAGGACTCCAACAGAGCAAGGTA...TAGATTTCTCACTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1281 GTGCAATAGACACTTTGGCAGTGTTGTGGCACAAACCATTCGGACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 520096 GTGCAATAGACACTTTGGCAGTGTTGTGGCACAAACCATTCGGACTCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1331 AAACGGATCAGTTTCCGCTTTTCCTGATTATTATGGGAAAGCGATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 520146 AAACGGATCAGTTTCCGCTTTTCCTGATTATTATGGGAAAGCGATCATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1381 AATGAAGTGTTGAATGTGATACAAG         GGAACACAACAGTAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 520196 AATGAAGTGTTGAATGTGATACAAGGTA...TAGGGAACACAACAGTAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1422 TGAGTTAATGATGAGACTCATGGCTGCAATGGAGATCTTCACAGCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 524371 TGAGTTAATGATGAGACTCATGGCTGCAATGGAGATCTTCACAGCCCAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1472 AACAGGAAGATATAAAGGACGAG         GATGAACGTGAAGCCAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 524421 AACAGGAAGATATAAAGGACGAGGTA...AAGGATGAACGTGAAGCCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1513 GAAAATGTGAAGAGAGAGCAAGATGAGGCCTATCGCCTTTCACTTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568029 GAAAATGTGAAGAGAGAGCAAGATGAGGCCTATCGCCTTTCACTTGAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1563 TGACAGAGCAAAG         AGGGAAGCTCACGAGAGAGAGATGGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 568079 TGACAGAGCAAAGGTA...CAGAGGGAAGCTCACGAGAGAGAGATGGCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1604 AACAGTTTCGTTTGGAGCAGATTCGCAAAGAACAAGAAGAGGAACGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569175 AACAGTTTCGTTTGGAGCAGATTCGCAAAGAACAAGAAGAGGAACGTGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1654          GCCATCCGGCTGTCCTTAGAGCAAGCCCTGCCTCCTGAGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569225 GTG...TAGGCCATCCGGCTGTCCTTAGAGCAAGCCCTGCCTCCTGAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1695 AAAGGAAGAAAATGCTGAGCCTGTGAGCAAACTGCGGATCCGGACCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584174 AAAGGAAGAAAATGCTGAGCCTGTGAGCAAACTGCGGATCCGGACCCCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1745 GTGGCGAGTTCTTGGAGCGGCGTTTCCTGGCCAGCAACAAGCTCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584224 GTGGCGAGTTCTTGGAGCGGCGTTTCCTGGCCAGCAACAAGCTCCAGATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1795 GTCTTTGATTTTGTAGCTTCCAAAGGATTTCCATGGGATGAGTACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 584274 GTCTTTGATTTTGTAGCTTCCAAAGGATTTCCATGGGATGAGTACAAGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1845 ACTGAGCACCTTTCCTAGGAGAGAC         GTAACTCAACTGGACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 584324 ACTGAGCACCTTTCCTAGGAGAGACGTA...TAGGTAACTCAACTGGACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1886 CAAATAAATCATTATTGGAGGTAAAGTTGTTCCCTCAAGAAACCCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 618305 CAAATAAATCATTATTGGAGGTAAAGTTGTTCCCTCAAGAAACCCTTTTC

   2050     .    :    .
   1936 CTTGAAGCAAAAGAG
        |||||||||||||||
 618355 CTTGAAGCAAAAGAG