seq1 = pF1KB9394.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KB9394/gi568815578r_49536315.tfa (gi568815578r:49536315_49813634), 277320 bp

>pF1KB9394 1164
>gi568815578r:49536315_49813634 (Chr20)

(complement)

1-115  (99945-100059)   100% ->
116-250  (156933-157067)   100% ->
251-364  (166557-166670)   100% ->
365-489  (169985-170109)   100% ->
490-606  (171051-171167)   99% ->
607-794  (172970-173157)   99% ->
795-917  (173835-173957)   100% ->
918-1019  (176193-176294)   100% ->
1020-1164  (177176-177320)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCGCCCGCCGGGGGCTGCTGCGGCTGCCGCGCCGCTCGCTGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99945 ATGCGCGCCCGCCGGGGGCTGCTGCGGCTGCCGCGCCGCTCGCTGCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCTCTTCTTCTTTTCTCTCTCGTCCTCGCTGCTGTACTTCGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 CGCGCTCTTCTTCTTTTCTCTCTCGTCCTCGCTGCTGTACTTCGTCTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCGCCCGGCATAG         TGAACACCTACCTCTTCATGATGCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100045 TGGCGCCCGGCATAGGTA...CAGTGAACACCTACCTCTTCATGATGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCAAGGCATTCTGATCCGGGACAACGTGAGAACAATCGGTGCTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156959 GCCCAAGGCATTCTGATCCGGGACAACGTGAGAACAATCGGTGCTCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATGAGCAGGTGCTTCGGAGTGCTTATGCCAAGAGGAACAGCAGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157009 TTATGAGCAGGTGCTTCGGAGTGCTTATGCCAAGAGGAACAGCAGTGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGACTCAG         ATTATCCTCTTGACTTGAACCACAGTGAAACC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 157059 ATGACTCAGGTA...TAGATTATCCTCTTGACTTGAACCACAGTGAAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCTGCAAACTACAACATTTCTTCCTGAAGACTTCACCTACTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166589 TTCCTGCAAACTACAACATTTCTTCCTGAAGACTTCACCTACTTTGCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCATACCTGCCCTGAAAGACTCCCTTCCATGA         AGGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 166639 CCATACCTGCCCTGAAAGACTCCCTTCCATGAGTG...CAGAGGGCCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGACATAAACATGAGTGAAATTGGAATGGATTACATTCATGAACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169994 TAGACATAAACATGAGTGAAATTGGAATGGATTACATTCATGAACTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCAAAGACCCAACCATCAAGCTCGGAGGTCACTGGAAGCCTTCTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170044 TCCAAAGACCCAACCATCAAGCTCGGAGGTCACTGGAAGCCTTCTGATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGCCTCGGTGGAAG         GTGGCGATCCTTATCCCCTTCCGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 170094 CATGCCTCGGTGGAAGGTA...CAGGTGGCGATCCTTATCCCCTTCCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCGCCACGAGCACCTCCCAGTCCTGTTCAGACACCTGCTTCCCATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171076 ACCGCCACGAGCACCTCCCAGTCCTGTTCAGACACCTGCTTCCCATGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCGCCAGCGCCTGCAGTTTGCATTTTATGTGGTTGAACAA        
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 171126 CAGCGCCAGCGCTTGCAGTTTGCATTTTATGTGGTTGAACAAGTG...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  GTTGGTACCCAACCCTTTAATCGAGCCATGCTTTTCAACGTTGGCTTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172969 GGTTGGTACCCAACCCTTTAATCGAGCCATGCTTTTCAACGTTGGCTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGAAGCAATGAAAGACTTGGATTGGGACTGTTTGATTTTTCATGATGTA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173019 AAGAGGCAATGAAAGACTTGGATTGGGACTGTTTGATTTTTCATGATGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATCACATACCGGAAAGTGATCGCAACTATTATGGATGTGGACAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173069 GATCACATACCGGAAAGTGATCGCAACTATTATGGATGTGGACAGATGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAGGCATTTTGCAACCAAATTGGATAAGTATATGTATCT         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 173119 GAGGCATTTTGCAACCAAATTGGATAAGTATATGTATCTGTG...TAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCTTATACCGAGTTCTTTGGCGGAGTGAGTGGCTTAACAGTGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173837 TTCCTTATACCGAGTTCTTTGGCGGAGTGAGTGGCTTAACAGTGGAACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTCGGAAAATCAATGGCTTTCCTAATGCTTTCTGGGGTTGGGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173887 TTTCGGAAAATCAATGGCTTTCCTAATGCTTTCTGGGGTTGGGGTGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGATGACGACCTCTGGAACAG         AGTACAGAATGCAGGCTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 173937 AGATGACGACCTCTGGAACAGGTA...CAGAGTACAGAATGCAGGCTATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGTGAGCCGGCCAGAGGGTGACACAGGAAAGTACAAGTCCATTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176213 CTGTGAGCCGGCCAGAGGGTGACACAGGAAAGTACAAGTCCATTCCTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACCATCGAGGAGAAGTCCAGTTTCTTGGAAG         GTATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 176263 CACCATCGAGGAGAAGTCCAGTTTCTTGGAAGGTT...CAGGTATGCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTGAGGAAGTCAAAAGAACGGCAAGGGCTGGATGGCCTCAACAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177185 GCTGAGGAAGTCAAAAGAACGGCAAGGGCTGGATGGCCTCAACAACCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTACTTTGCAAACATCACATACGACGCCTTGTATAAAAACATAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177235 ACTACTTTGCAAACATCACATACGACGCCTTGTATAAAAACATAACTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1129 AACCTGACACCCGAGCTGGCTCAGGTGAACGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177285 AACCTGACACCCGAGCTGGCTCAGGTGAACGAGTAC