seq1 = pF1KB9392.tfa, 2406 bp
seq2 = pF1KB9392/gi568815589f_6313491.tfa (gi568815589f:6313491_6606176), 292686 bp

>pF1KB9392 2406
>gi568815589f:6313491_6606176 (Chr9)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-384  (107422-107652)   100% ->
385-644  (120424-120683)   100% ->
645-863  (147083-147301)   100% ->
864-973  (161901-162010)   100% ->
974-1160  (164132-164318)   100% ->
1161-1284  (168153-168276)   100% ->
1285-1392  (168502-168609)   100% ->
1393-1497  (173331-173435)   100% ->
1498-1604  (180336-180442)   100% ->
1605-1767  (183708-183870)   100% ->
1768-1908  (184528-184668)   100% ->
1909-2005  (186345-186441)   100% ->
2006-2163  (187062-187219)   100% ->
2164-2262  (191103-191201)   100% ->
2263-2406  (192543-192686)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGATACAGGTTCGCACCATTGATGGCTCCAAGACGTGCACCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGATACAGGTTCGCACCATTGATGGCTCCAAGACGTGCACCATTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGTGTCTCGCAAAGCCACGATTGAGGAGCTGCGCGAGCGGGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGTGTCTCGCAAAGCCACGATTGAGGAGCTGCGCGAGCGGGTGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTGTTCGACGTGCGGCCCGAATGCCAGCGCCTCTTCTACCGGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTGTTCGACGTGCGGCCCGAATGCCAGCGCCTCTTCTACCGGGGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAG         TTGGAAAATGGATATACCTTATTTGATTATGATGTTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGTG...TAGTTGGAAAATGGATATACCTTATTTGATTATGATGTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGAATGATATAATTCAGCTGCTAGTTCGCCCAGACCCTGATCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107460 ACTGAATGATATAATTCAGCTGCTAGTTCGCCCAGACCCTGATCATCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGCACATCTACACAGATTGAGGCTAAACCCTGTTCTAATAGTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107510 CTGGCACATCTACACAGATTGAGGCTAAACCCTGTTCTAATAGTCCACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGTAAAGAAAGCTCCGAGGGTAGGACCTTCCAATCAGCCATCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107560 AAAGTAAAGAAAGCTCCGAGGGTAGGACCTTCCAATCAGCCATCTACATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCTCGTGCCCGTCTTATTGATCCTGGCTTTGGAATATATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107610 AGCTCGTGCCCGTCTTATTGATCCTGGCTTTGGAATATATAAGGTA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385   GTAAATGAATTGGTGGATGCCAGAGATGTCGGCCTTGGTGCTTGGTTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120422 AGGTAAATGAATTGGTGGATGCCAGAGATGTCGGCCTTGGTGCTTGGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGCACACATACATAGTGTTACTAGAGCTTCTGATGGACAGTCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120472 GAAGCACACATACATAGTGTTACTAGAGCTTCTGATGGACAGTCACGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAAACTCCACTGAAGAATGGCAGTTCTTGTAAAAGGACTAATGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120522 CAAAACTCCACTGAAGAATGGCAGTTCTTGTAAAAGGACTAATGGAAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAAAGCATAAATCCAAAGAGAACACAAATAAATTGGACAGTGTACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120572 TAAAGCATAAATCCAAAGAGAACACAAATAAATTGGACAGTGTACCCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACGTCTAATTCAGACTGTGTTGCTGCTGATGAAGACGTTATTTACCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120622 ACGTCTAATTCAGACTGTGTTGCTGCTGATGAAGACGTTATTTACCATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGTATGATGA         ATACCCAGAAAGCGGTACTCTAGAAATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120672 CCAGTATGATGAGTA...CAGATACCCAGAAAGCGGTACTCTAGAAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGTCAAGGATCTTAGACCACGAGCTAGAACCATTTTGAAATGGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147112 ATGTCAAGGATCTTAGACCACGAGCTAGAACCATTTTGAAATGGAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTAAATGTTGGTGATGTGGTAATGGTTAATTATAATGTAGAAAGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147162 CTAAATGTTGGTGATGTGGTAATGGTTAATTATAATGTAGAAAGTCCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACAAAGAGGATTCTGGTTTGATGCAGAAATTACCACATTGAAGACAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147212 ACAAAGAGGATTCTGGTTTGATGCAGAAATTACCACATTGAAGACAATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAAGGACCAAAAAAGAACTTCGTGTGAAAATTTTCCTGGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 147262 CAAGGACCAAAAAAGAACTTCGTGTGAAAATTTTCCTGGGGTA...CAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGTTCTGAAGGAACATTAAATGACTGCAAGATAATATCTGTAGATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161902 GGTTCTGAAGGAACATTAAATGACTGCAAGATAATATCTGTAGATGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTTCAAGATTGAGAGACCTGGAGCCCATCCCCTTTCATTTGCAGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161952 CTTCAAGATTGAGAGACCTGGAGCCCATCCCCTTTCATTTGCAGATGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGTTTTTAA         GGCGAAATGACCCTGAATGTGACCTGTGTGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 162002 AGTTTTTAAGTA...TAGGGCGAAATGACCCTGAATGTGACCTGTGTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGAGACCCAGAAAAGAAATGTCATTCTTGCTCCTGTCGTGTATGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164164 GGAGACCCAGAAAAGAAATGTCATTCTTGCTCCTGTCGTGTATGTGGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAAACATGAACCCAACATGCAGCTTCTGTGTGATGAATGTAATGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164214 GAAACATGAACCCAACATGCAGCTTCTGTGTGATGAATGTAATGTGGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATCATATTTACTGTCTGAATCCACCTTTGGATAAAGTCCCAGAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164264 ATCATATTTACTGTCTGAATCCACCTTTGGATAAAGTCCCAGAAGAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TACTG         GTATTGTCCTTCTTGTAAAACTGATTCCAGTGAAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164314 TACTGGTA...AAGGTATTGTCCTTCTTGTAAAACTGATTCCAGTGAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGTAAAGGCTGGTGAAAGACTCAAGATGAGTAAAAAGAAAGCAAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168189 TGTAAAGGCTGGTGAAAGACTCAAGATGAGTAAAAAGAAAGCAAAGATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CGTCAGCTAGTACTGAAAGCCGAAGAGACTGGGGCAGG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 168239 CGTCAGCTAGTACTGAAAGCCGAAGAGACTGGGGCAGGGTA...TAGGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATGGCTTGTGTTGGTCGTACGAGAGAATGTACTATTGTCCCTTCTAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168505 ATGGCTTGTGTTGGTCGTACGAGAGAATGTACTATTGTCCCTTCTAATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TTATGGACCCATTCCTGGTATTCCTGTTGGATCAACTTGGAGATTTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168555 TTATGGACCCATTCCTGGTATTCCTGTTGGATCAACTTGGAGATTTAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTCAG         GTGAGCGAAGCAGGTGTTCACAGACCCCATGTTGGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168605 TTCAGGTA...TAGGTGAGCGAAGCAGGTGTTCACAGACCCCATGTTGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGAATTCATGGTCGAAGTAATGATGGGGCTTATTCTCTTGTACTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173367 GGAATTCATGGTCGAAGTAATGATGGGGCTTATTCTCTTGTACTGGCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGGATTTGCGGATGAAGTC         GACCGAGGTGATGAGTTCACAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 173417 TGGATTTGCGGATGAAGTCGTA...CAGGACCGAGGTGATGAGTTCACAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACACTGGAAGCGGTGGTAAAAATCTTGCTGGTAACAAAAGAATTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180358 ACACTGGAAGCGGTGGTAAAAATCTTGCTGGTAACAAAAGAATTGGTGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CCTTCAGCTGATCAAACATTAACAAACATGAACAG         GGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 180408 CCTTCAGCTGATCAAACATTAACAAACATGAACAGGTA...TAGGGCATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGCCCTAAACTGTGATGCTCCATTGGATGATAAAATTGGAGCAGAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183714 GGCCCTAAACTGTGATGCTCCATTGGATGATAAAATTGGAGCAGAGTCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GGAATTGGAGAGCTGGTAAGCCAGTCAGAGTGATACGCAGTTTTAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183764 GGAATTGGAGAGCTGGTAAGCCAGTCAGAGTGATACGCAGTTTTAAAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AGGAAGATCAGCAAATATGCTCCTGAAGAAGGCAACAGATATGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183814 AGGAAGATCAGCAAATATGCTCCTGAAGAAGGCAACAGATATGATGGCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TTATAAG         GTGGTGAAATACTGGCCAGAGATTTCATCAAGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183864 TTATAAGGTG...TAGGTGGTGAAATACTGGCCAGAGATTTCATCAAGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ATGGATTCTTGGTTTGGCGCTATCTTTTAAGAAGAGATGATGTTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184562 ATGGATTCTTGGTTTGGCGCTATCTTTTAAGAAGAGATGATGTTGAACCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GCTCCTTGGACCTCTGAAGGAATAGAACGGTCAAGGAGATTATGTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184612 GCTCCTTGGACCTCTGAAGGAATAGAACGGTCAAGGAGATTATGTCTACG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TTTACAG         TATCCAGCAGGTTACCCTTCAGATAAAGAAGGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184662 TTTACAGGTT...CAGTATCCAGCAGGTTACCCTTCAGATAAAGAAGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AGAAGCCTAAAGGACAGTCAAAGAAGCAGCCCAGTGGAACCACAAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186379 AGAAGCCTAAAGGACAGTCAAAGAAGCAGCCCAGTGGAACCACAAAAAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CCAATTTCAGATG         ATGACTGTCCAAGTGCCTCCAAAGTGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 186429 CCAATTTCAGATGGTA...TAGATGACTGTCCAAGTGCCTCCAAAGTGTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CAAAGCATCAGATTCAGCAGAAGCAATTGAGGCTTTTCAACTAACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187090 CAAAGCATCAGATTCAGCAGAAGCAATTGAGGCTTTTCAACTAACTCCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AACAGCAACATCTCATCAGAGAAGATTGTCAAAACCAGAAGCTGTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187140 AACAGCAACATCTCATCAGAGAAGATTGTCAAAACCAGAAGCTGTGGGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GAAGTGCTTTCACATCTTGTGGAAGGACCA         AATTTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 187190 GAAGTGCTTTCACATCTTGTGGAAGGACCAGTA...TAGAATTTTCTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AAAATTGGAACAATCTTTTATGTGCGTTTGCTGTCAGGAGCTAGTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191114 AAAATTGGAACAATCTTTTATGTGCGTTTGCTGTCAGGAGCTAGTTTACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 AGCCTGTGACAACTGAGTGCTTCCACAATGTCTGTAAA         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 191164 AGCCTGTGACAACTGAGTGCTTCCACAATGTCTGTAAAGTA...TAGGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 TGCCTACAGCGCTCCTTTAAGGCACAGGTTTTCTCCTGCCCTGCTTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192546 TGCCTACAGCGCTCCTTTAAGGCACAGGTTTTCTCCTGCCCTGCTTGCCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GCATGATCTTGGCCAGAATTACATCATGATTCCCAATGAGATTCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192596 GCATGATCTTGGCCAGAATTACATCATGATTCCCAATGAGATTCTGCAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 CTCTACTTGACCTTTTCTTCCCTGGCTACAGCAAAGGACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192646 CTCTACTTGACCTTTTCTTCCCTGGCTACAGCAAAGGACGA