seq1 = pF1KB9389.tfa, 2085 bp
seq2 = pF1KB9389/gi568815593f_96626792.tfa (gi568815593f:96626792_96870602), 243811 bp

>pF1KB9389 2085
>gi568815593f:96626792_96870602 (Chr5)

1-21  (95887-95907)   100% ->
22-87  (100003-100068)   100% ->
88-129  (100698-100739)   100% ->
130-186  (102362-102418)   100% ->
187-300  (102821-102934)   100% ->
301-381  (103989-104069)   100% ->
382-450  (109381-109449)   100% ->
451-549  (111058-111156)   100% ->
550-630  (113247-113327)   100% ->
631-723  (114475-114567)   100% ->
724-810  (114703-114789)   100% ->
811-912  (115864-115965)   100% ->
913-996  (119551-119634)   100% ->
997-1044  (120554-120601)   100% ->
1045-1140  (121727-121822)   100% ->
1141-1236  (123796-123891)   98% ->
1237-1338  (127269-127370)   100% ->
1339-1422  (127867-127950)   100% ->
1423-1473  (130653-130703)   100% ->
1474-1545  (130792-130863)   100% ->
1546-1644  (135483-135581)   100% ->
1645-1749  (138430-138534)   100% ->
1750-1842  (139262-139354)   100% ->
1843-1887  (140647-140691)   100% ->
1888-1980  (141116-141208)   100% ->
1981-2052  (143740-143811)   100% ->
2053-2085  (144853-144885)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCCACAGAAACCAAG         GCCATTCCAGTCAGCCAACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  95887 ATGAATCCCACAGAAACCAAGGTA...TAGGCCATTCCAGTCAGCCAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATGGAAGGACCACATCTTCCTAACAAGAAAAAACACAAAAAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100023 GATGGAAGGACCACATCTTCCTAACAAGAAAAAACACAAAAAACAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88      GCTGTAAAAACAGAACCTGAGAAGAAGTCACAGTCAACCAAG   
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100073 ..TAGGCTGTAAAAACAGAACCTGAGAAGAAGTCACAGTCAACCAAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    130       CTGTCTGTGGTTCATGAGAAAAAATCCCAAGAAGGAAAGCCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100743 ...CAGCTGTCTGTGGTTCATGAGAAAAAATCCCAAGAAGGAAAGCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGAACACACAGAG         CCAAAAAGCCTACCCAAGCAGGCATCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102406 AGAACACACAGAGGTA...CAGCCAAAAAGCCTACCCAAGCAGGCATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 ATACAGGAAGTAACGATGCTCACAATAAAAAAGCAGTTTCCAGATCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102849 ATACAGGAAGTAACGATGCTCACAATAAAAAAGCAGTTTCCAGATCAGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAACAGCAGCCATCAGAGAAATCAACAGAACCAAAG         ACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102899 GAACAGCAGCCATCAGAGAAATCAACAGAACCAAAGGTA...TAGACTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 ACCACAAGACATGATTTCTGCTGGTGGAGAGAGTGTTGCTGGTATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103994 ACCACAAGACATGATTTCTGCTGGTGGAGAGAGTGTTGCTGGTATCACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CAATATCTGGCAAGCCGGGTGACAAG         AAAAAAGAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104044 CAATATCTGGCAAGCCGGGTGACAAGGTG...CAGAAAAAAGAAAAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 TCATTAACCCCAGCTGTGCCAGTTGAATCTAAACCGGATAAACCATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109396 TCATTAACCCCAGCTGTGCCAGTTGAATCTAAACCGGATAAACCATCGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AAAG         TCAGGCATGGATGCTGCTTTGGATGACTTAATAGATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109446 AAAGGTA...CAGTCAGGCATGGATGCTGCTTTGGATGACTTAATAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 CTTTAGGAGGACCTGAAGAAACTGAAGAAGAAAATACAACGTATACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111095 CTTTAGGAGGACCTGAAGAAACTGAAGAAGAAAATACAACGTATACTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CCAGAAGTTTCA         GATCCAATGAGTTCCACCTACATAGAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111145 CCAGAAGTTTCAGTA...CAGGATCCAATGAGTTCCACCTACATAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 ATTGGGTAAAAGAGAAGTCACAATTCCTCCAAAATATAGGGAACTATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113276 ATTGGGTAAAAGAGAAGTCACAATTCCTCCAAAATATAGGGAACTATTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CT         AAACCCATAGGGCCAGATGATGCTATAGACGCCTTGTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113326 CTGTA...TAGAAACCCATAGGGCCAGATGATGCTATAGACGCCTTGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 TCTGACTTCACCTGTGGGTCGCCTACAGCTGCTGGAAAGAAAACTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114514 TCTGACTTCACCTGTGGGTCGCCTACAGCTGCTGGAAAGAAAACTGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AGAG         GAATCTACAGAAGTTTTAAAAGCTCAGTCAGCAGGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114564 AGAGGTA...CAGGAATCTACAGAAGTTTTAAAAGCTCAGTCAGCAGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 CAGTCAGAAGTGCTGCTCCACCCCAAGAGAAGAAAAGAAAGGTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114740 CAGTCAGAAGTGCTGCTCCACCCCAAGAGAAGAAAAGAAAGGTGGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811          GATACAATGAGTGATCAAGCACTCGAGGCTCTGTCGGCTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114790 GTA...CAGGATACAATGAGTGATCAAGCACTCGAGGCTCTGTCGGCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 ACTGGGCACCCGGCAAGCAGAACCTGAGCTCGACCTCCGCTCAATTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115905 ACTGGGCACCCGGCAAGCAGAACCTGAGCTCGACCTCCGCTCAATTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AAGTCGATGAG         GCAAAAGCTAAAGAAGAAAAACTAGAGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115955 AAGTCGATGAGGTA...CAGGCAAAAGCTAAAGAAGAAAAACTAGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 TGTGGTGAGGATGATGAAACAATCCCATCTGAGTACAGATTAAAACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119581 TGTGGTGAGGATGATGAAACAATCCCATCTGAGTACAGATTAAAACCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CACG         GATAAAGATGGAAAACCACTATTGCCAGAGCCTGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119631 CACGGTA...CAGGATAAAGATGGAAAACCACTATTGCCAGAGCCTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AAAAACCCAAG         CCTCGGAGTGAATCAGAACTCATTGATGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 120591 AAAAACCCAAGGTT...CAGCCTCGGAGTGAATCAGAACTCATTGATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 CTTTCAGAAGATTTTGACCGGTCTGAATGTAAAGAGAAACCATCTAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121757 CTTTCAGAAGATTTTGACCGGTCTGAATGTAAAGAGAAACCATCTAAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 AACTGAAAAGACAGAA         GAATCTAAGGCCGCTGCTCCAGCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 121807 AACTGAAAAGACAGAAGTA...CAGGAATCTAAGGCCGCTGCTCCAGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 CTGTGTCGGAGGCTGTGTCTCGGACCTCCATGTGTAGTATACAGTCAGCA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 123821 CTGTGTCGGAGGCTGTGTGTCGGACCTCCATGTGTAGTATACAGTCAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 CCCCCTGAGCCGGCTACCTTG         AAGGGCACAGTGCCAGATGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123871 CCCCCTGAGCCGGCTACCTTGGTG...CAGAAGGGCACAGTGCCAGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 TGCTGTAGAAGCCTTGGCTGATAGCCTGGGGAAAAAGGAAGCAGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127289 TGCTGTAGAAGCCTTGGCTGATAGCCTGGGGAAAAAGGAAGCAGATCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 AAGATGGAAAACCTGTGATGGATAAAGTCAAG         GAGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 127339 AAGATGGAAAACCTGTGATGGATAAAGTCAAGGTA...CAGGAGAAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1348 AAAGAAGAAGACCGTGAAAAGCTTGGTGAAAAAGAAGAAACAATTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127876 AAAGAAGAAGACCGTGAAAAGCTTGGTGAAAAAGAAGAAACAATTCCTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1398 TGATTATAGATTAGAAGAGGTCAAG         GATAAAGATGGAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127926 TGATTATAGATTAGAAGAGGTCAAGGTA...TAGGATAAAGATGGAAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439 CACTCCTGCCAAAAGAGTCTAAGGAACAGCTTCCA         CCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130669 CACTCCTGCCAAAAGAGTCTAAGGAACAGCTTCCAGTA...CAGCCCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480 AGTGAAGACTTCCTTCTGGATGCTTTGTCTGAGGACTTCTCTGGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130798 AGTGAAGACTTCCTTCTGGATGCTTTGTCTGAGGACTTCTCTGGTCCACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1530 AAATGCTTCATCTCTT         AAATTTGAAGATGCTAAACTTGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130848 AAATGCTTCATCTCTTGTA...AAGAAATTTGAAGATGCTAAACTTGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1571 CTGCCATCTCTGAAGTGGTTTCCCAAACCCCAGCTTCAACGACCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135508 CTGCCATCTCTGAAGTGGTTTCCCAAACCCCAGCTTCAACGACCCAAGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1621 GGAGCCCCACCCCGTGATACCTCG         CAGAGTGACAAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 135558 GGAGCCCCACCCCGTGATACCTCGGTA...CAGCAGAGTGACAAAGACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1662 CGATGATGCCTTGGATAAACTCTCTGACAGTCTAGGACAAAGGCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138447 CGATGATGCCTTGGATAAACTCTCTGACAGTCTAGGACAAAGGCAGCCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1712 ACCCAGATGAGAACAAACCAATGGAAGATAAAGTAAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138497 ACCCAGATGAGAACAAACCAATGGAAGATAAAGTAAAGGTA...TAGGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1753 AAAGCTAAAGCTGAACATAGAGACAAGCTTGGAGAAAGAGATGACACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139265 AAAGCTAAAGCTGAACATAGAGACAAGCTTGGAGAAAGAGATGACACTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1803 CCCACCTGAATACAGACATCTCCTGGATGATAATGGACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139315 CCCACCTGAATACAGACATCTCCTGGATGATAATGGACAGGTA...AAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1844 ACAAACCAGTGAAGCCACCTACAAAGAAATCAGAGGATTCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 140648 ACAAACCAGTGAAGCCACCTACAAAGAAATCAGAGGATTCAAAGGTA...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888    AAACCTGCAGATGACCAAGACCCCATTGATGCTCTCTCAGGAGATCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141113 CAGAAACCTGCAGATGACCAAGACCCCATTGATGCTCTCTCAGGAGATCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1935 GGACAGCTGTCCCTCCACTACAGAAACCTCACAGAACACAGCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 141163 GGACAGCTGTCCCTCCACTACAGAAACCTCACAGAACACAGCAAAGGTA.

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1981      GATAAGTGCAAGAAGGCTGCTTCCAGCTCCAAAGCACCTAAGAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141213 ..TAGGATAAGTGCAAGAAGGCTGCTTCCAGCTCCAAAGCACCTAAGAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2026 GGAGGTAAAGCGAAGGATTCAGCAAAG         ACAACAGAGGAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 143785 GGAGGTAAAGCGAAGGATTCAGCAAAGGTA...TAGACAACAGAGGAAAC

   2300     .    :    .
   2067 TTCCAAGCCAAAAGATGAC
        |||||||||||||||||||
 144867 TTCCAAGCCAAAAGATGAC