seq1 = pF1KB9385.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KB9385/gi568815588f_123054918.tfa (gi568815588f:123054918_123262829), 207912 bp

>pF1KB9385 972
>gi568815588f:123054918_123262829 (Chr10)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-265  (100741-100810)   100% ->
266-417  (102812-102963)   100% ->
418-576  (105490-105648)   100% ->
577-754  (107319-107496)   100% ->
755-972  (107695-107912)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGGTTCTAACGAGTTCAAGCTGAACCAGCCACCCGAGGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGGTTCTAACGAGTTCAAGCTGAACCAGCCACCCGAGGATGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTCCGTGAAGTTCAGCCCCAACACCTCCCAGTTCCTGCTTGTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTCCGTGAAGTTCAGCCCCAACACCTCCCAGTTCCTGCTTGTCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGGACACGTCCGTGCGTCTCTACGATGTGCCGGCCAACTCCATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGGGACACGTCCGTGCGTCTCTACGATGTGCCGGCCAACTCCATGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCAAGTACCAGCACACCGGCGCCGTCCTGGACTGCGCCTTCTAC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 CTCAAGTACCAGCACACCGGCGCCGTCCTGGACTGCGCCTTCTACGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GATCCAACGCATGCCTGGAGTGGAGGACTAGATCATCAATTGAAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .TAGGATCCAACGCATGCCTGGAGTGGAGGACTAGATCATCAATTGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCATGATTTGAACACTGATCAAG         AAAATCTTGTTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100787 TGCATGATTTGAACACTGATCAAGGTA...TAGAAAATCTTGTTGGGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATGATGCCCCTATCAGATGTGTTGAATACTGTCCAGAAGTGAATGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102829 CATGATGCCCCTATCAGATGTGTTGAATACTGTCCAGAAGTGAATGTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTCACTGGAAGTTGGGATCAGACAGTTAAACTGTGGGATCCCAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102879 GGTCACTGGAAGTTGGGATCAGACAGTTAAACTGTGGGATCCCAGAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTGTAATGCTGGGACCTTCTCTCAGCCTGAAAAG         GTATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102929 CTTGTAATGCTGGGACCTTCTCTCAGCCTGAAAAGGTA...AAGGTATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCTCTCAGTGTCTGGAGACCGGCTGATTGTGGGAACAGCAGGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105496 ACCCTCTCAGTGTCTGGAGACCGGCTGATTGTGGGAACAGCAGGCCGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTGTTGGTGTGGGACTTACGGAACATGGGTTACGTGCAGCAGCGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105546 AGTGTTGGTGTGGGACTTACGGAACATGGGTTACGTGCAGCAGCGCAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTCCAGCCTGAAATACCAGACTCGCTGCATACGAGCGTTTCCAAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105596 AGTCCAGCCTGAAATACCAGACTCGCTGCATACGAGCGTTTCCAAACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAG         GGTTATGTATTAAGCTCTATTGAAGGCCGAGTGGCAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105646 CAGGTA...CAGGGTTATGTATTAAGCTCTATTGAAGGCCGAGTGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGTATTTGGACCCAAGCCCTGAGGTACAGAAGAAGAAGTATGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107357 TGAGTATTTGGACCCAAGCCCTGAGGTACAGAAGAAGAAGTATGCCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATGTCACAGACTAAAAGAAAATAATATTGAGCAGATTTACCCAGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107407 AATGTCACAGACTAAAAGAAAATAATATTGAGCAGATTTACCCAGTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCATTTCTTTTCACAATATCCACAATACATTTGCCACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107457 GCCATTTCTTTTCACAATATCCACAATACATTTGCCACAGGTA...CAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGTTCTGATGGCTTTGTAAATATTTGGGATCCATTTAACAAAAAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107696 TGGTTCTGATGGCTTTGTAAATATTTGGGATCCATTTAACAAAAAGCGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTGCCAATTCCATCGGTACCCCACGAGCATCGCATCACTTGCCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107746 TGTGCCAATTCCATCGGTACCCCACGAGCATCGCATCACTTGCCTTCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGATGGGACTACGCTTGCAATAGCGTCATCATATATGTATGAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107796 AATGATGGGACTACGCTTGCAATAGCGTCATCATATATGTATGAAATGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGACACAGAACATCCTGAAGATGGTATCTTCATTCGCCAAGTGACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107846 TGACACAGAACATCCTGAAGATGGTATCTTCATTCGCCAAGTGACAGATG

   1000     .    :    .
    956 CAGAAACAAAACCCAAG
        |||||||||||||||||
 107896 CAGAAACAAAACCCAAG