seq1 = pF1KB9376.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KB9376/gi568815575r_120328487.tfa (gi568815575r:120328487_120569169), 240683 bp

>pF1KB9376 1233
>gi568815575r:120328487_120569169 (ChrX)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-183  (112401-112519)   100% ->
184-397  (113600-113813)   100% ->
398-556  (120042-120200)   100% ->
557-741  (121145-121329)   100% ->
742-864  (122743-122865)   100% ->
865-928  (126508-126571)   100% ->
929-1093  (127276-127440)   100% ->
1094-1233  (140544-140683)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGCTTCCGCCTCTTCCCGGTTCCGGGCTCAGGGCTCGTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTGCTTCCGCCTCTTCCCGGTTCCGGGCTCAGGGCTCGTTCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCCTAGTCCTGG         GAGCTGTGCGGTCTTATGCATTGGAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCCTAGTCCTGGGTG...CAGGAGCTGTGCGGTCTTATGCATTGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAATTTGACAGATTCAGAAAATGCCACTTGCCTTTATGCAAAATGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112428 TTAATTTGACAGATTCAGAAAATGCCACTTGCCTTTATGCAAAATGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGAATTTCACAGTACGCTATGAAACTACAAATAAAACTTAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112478 ATGAATTTCACAGTACGCTATGAAACTACAAATAAAACTTATGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  AAAACTGTAACCATTTCAGACCATGGCACTGTGACATATAATGGAAGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113599 GAAAACTGTAACCATTTCAGACCATGGCACTGTGACATATAATGGAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTGTGGGGATGATCAGAATGGTCCCAAAATAGCAGTGCAGTTCGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113649 TTTGTGGGGATGATCAGAATGGTCCCAAAATAGCAGTGCAGTTCGGACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTTTTCCTGGATTGCGAATTTTACCAAGGCAGCATCTACTTATTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113699 GGCTTTTCCTGGATTGCGAATTTTACCAAGGCAGCATCTACTTATTCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACAGCGTCTCATTTTCCTACAACACTGGTGATAACACAACATTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113749 TGACAGCGTCTCATTTTCCTACAACACTGGTGATAACACAACATTTCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCTGAAGATAAAG         GAATTCTTACTGTTGATGAACTTTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113799 ATGCTGAAGATAAAGGTA...TAGGAATTCTTACTGTTGATGAACTTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCATCAGAATTCCATTGAATGACCTTTTTAGATGCAATAGTTTATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120068 GCCATCAGAATTCCATTGAATGACCTTTTTAGATGCAATAGTTTATCAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTGGAAAAGAATGATGTTGTCCAACACTACTGGGATGTTCTTGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120118 TTTGGAAAAGAATGATGTTGTCCAACACTACTGGGATGTTCTTGTACAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTTTGTCCAAAATGGCACAGTGAGCACAAATG         AGTTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120168 CTTTTGTCCAAAATGGCACAGTGAGCACAAATGGTG...TAGAGTTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGTGATAAAGACAAAACTTCAACAGTGGCACCCACCATACACACCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121153 TGTGATAAAGACAAAACTTCAACAGTGGCACCCACCATACACACCACTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCATCTCCTACTACAACACCTACTCCAAAGGAAAAACCAGAAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121203 GCCATCTCCTACTACAACACCTACTCCAAAGGAAAAACCAGAAGCTGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTATTCAGTTAATAATGGCAATGATACTTGTCTGCTGGCTACCATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121253 CCTATTCAGTTAATAATGGCAATGATACTTGTCTGCTGGCTACCATGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGCAGCTGAACATCACTCAGGATAAG         GTTGCTTCAGTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121303 CTGCAGCTGAACATCACTCAGGATAAGGTA...AAGGTTGCTTCAGTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAACATCAACCCCAATACAACTCACTCCACAGGCAGCTGCCGTTCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122757 TAACATCAACCCCAATACAACTCACTCCACAGGCAGCTGCCGTTCTCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGCTCTACTTAGACTCAATAGCAGCACCATTAAGTATCTAGACTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122807 CTGCTCTACTTAGACTCAATAGCAGCACCATTAAGTATCTAGACTTTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTGCTGTG         AAAAATGAAAACCGATTTTATCTGAAGGAAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 122857 TTTGCTGTGGTG...CAGAAAAATGAAAACCGATTTTATCTGAAGGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAACATCAGCATGTATTTGGTTAATGGCTCCG         TTTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126540 GAACATCAGCATGTATTTGGTTAATGGCTCCGGTA...AAGTTTTCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGCAAATAACAATCTCAGCTACTGGGATGCCCCCCTGGGAAGTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127285 TTGCAAATAACAATCTCAGCTACTGGGATGCCCCCCTGGGAAGTTCTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGTGCAACAAAGAGCAGACTGTTTCAGTGTCTGGAGCATTTCAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127335 ATGTGCAACAAAGAGCAGACTGTTTCAGTGTCTGGAGCATTTCAGATAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TACCTTTGATCTAAGGGTTCAGCCTTTCAATGTGACACAAGGAAAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127385 TACCTTTGATCTAAGGGTTCAGCCTTTCAATGTGACACAAGGAAAGTATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTACAG         CTGAAGAATGTTCTGCTGACTCTGACCTCAACTTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127435 CTACAGGTA...CAGCTGAAGAATGTTCTGCTGACTCTGACCTCAACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTTATTCCTGTTGCAGTGGGTGTGGCCTTGGGCTTCCTTATAATTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140579 CTTATTCCTGTTGCAGTGGGTGTGGCCTTGGGCTTCCTTATAATTGTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTTATCTCTTATATGATTGGAAGAAGGAAAAGTCGTACTGGTTATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140629 CTTTATCTCTTATATGATTGGAAGAAGGAAAAGTCGTACTGGTTATCAGT

   1300     .
   1229 CTGTG
        |||||
 140679 CTGTG