seq1 = pF1KB9348.tfa, 819 bp
seq2 = pF1KB9348/gi568815576f_41267533.tfa (gi568815576f:41267533_41495957), 228425 bp

>pF1KB9348 819
>gi568815576f:41267533_41495957 (Chr22)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-385  (119819-120136)   100% ->
386-606  (126564-126784)   100% ->
607-819  (128213-128425)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACATGCCTGAGGTCCTCAAGTCCCTGCTGGAGCACTCTCTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACATGCCTGAGGTCCTCAAGTCCCTGCTGGAGCACTCTCTGCCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCAGAGAAGAGAACAG         ATAAGGAAAAGGGGAAGGAAAAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCAGAGAAGAGAACAGGTA...CAGATAAGGAAAAGGGGAAGGAAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGGAGGACGAGGCCGCAGCCGCCAGCACCATGGCTGTCTCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119843 TGGAGGAGGACGAGGCCGCAGCCGCCAGCACCATGGCTGTCTCAGCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCATGCCACCCATCTGGGACAAGACCATCCCATATGATGGCGAATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119893 CTCATGCCACCCATCTGGGACAAGACCATCCCATATGATGGCGAATCTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACCTGGAGTACATGGACCTGGATGAGTTCCTGCTGGAGAATGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119943 CCACCTGGAGTACATGGACCTGGATGAGTTCCTGCTGGAGAATGGCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCCAGCCCCACCCACCTGGCCCACAACCTGCTGCTGCCTGTAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119993 CCGCCAGCCCCACCCACCTGGCCCACAACCTGCTGCTGCCTGTAGCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTAGAAGGGAAGGAGTCTGCCAGCTCTTCCACAGCATCCCCACCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120043 CTAGAAGGGAAGGAGTCTGCCAGCTCTTCCACAGCATCCCCACCATCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCCACTGCCATCTTTCAGCCCTCTGAAACCGTGTCCAGCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120093 CTCCACTGCCATCTTTCAGCCCTCTGAAACCGTGTCCAGCACAGGTT...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386    AATCTTCCCTGGAGAAGGAGAGGGAGACTCCCAGTCCCATCGACCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126561 TAGAATCTTCCCTGGAGAAGGAGAGGGAGACTCCCAGTCCCATCGACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATTGTGTGGAAGTGGATGTGAACTTCAATCCGGACCCCGCCGACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126611 AATTGTGTGGAAGTGGATGTGAACTTCAATCCGGACCCCGCCGACCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTCTCCAGTGTGCCAGGCGGGGAGCTCTTCAACCCTCGGAAGCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126661 GCTCTCCAGTGTGCCAGGCGGGGAGCTCTTCAACCCTCGGAAGCACAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTGCTGAGGAGGACCTGAAGCCCCAGCCTATGATCAAAAAGGCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126711 TTGCTGAGGAGGACCTGAAGCCCCAGCCTATGATCAAAAAGGCCAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTCTTTGTCCCCGACGAGCAGAAG         GATGAAAAGTACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126761 GTCTTTGTCCCCGACGAGCAGAAGGTA...CAGGATGAAAAGTACTGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAGACGCAAGAAGAACAACGTGGCAGCTAAACGGTCACGGGATGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128230 AAGACGCAAGAAGAACAACGTGGCAGCTAAACGGTCACGGGATGCCCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCTGAAAGAGAATCAGATCACCATCCGGGCAGCCTTCCTGGAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128280 GCCTGAAAGAGAATCAGATCACCATCCGGGCAGCCTTCCTGGAGAAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACACAGCCCTGCGGACGGAGGTGGCCGAGCTACGCAAGGAGGTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128330 AACACAGCCCTGCGGACGGAGGTGGCCGAGCTACGCAAGGAGGTGGGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    774 GTGCAAGACCATCGTGTCCAAGTATGAGACCAAATACGGGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128380 GTGCAAGACCATCGTGTCCAAGTATGAGACCAAATACGGGCCCTTG