seq1 = pF1KB9340.tfa, 2298 bp
seq2 = pF1KB9340/gi568815586f_32476358.tfa (gi568815586f:32476358_32740530), 264173 bp

>pF1KB9340 2298
>gi568815586f:32476358_32740530 (Chr12)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-600  (105603-106110)   99% ->
601-690  (122140-122229)   100% ->
691-836  (124921-125066)   100% ->
837-993  (125804-125960)   100% ->
994-1132  (131600-131738)   100% ->
1133-1191  (134419-134477)   100% ->
1192-1338  (134780-134926)   100% ->
1339-1511  (143341-143513)   100% ->
1512-1542  (148065-148095)   100% ->
1543-1635  (148619-148711)   100% ->
1636-1761  (149297-149422)   100% ->
1762-1902  (157192-157332)   100% ->
1903-2043  (162298-162438)   100% ->
2044-2298  (163919-164173)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAAATTAAACCTGCCTCTGCTTCTTGTGTCTCAAAAGAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAAATTAAACCTGCCTCTGCTTCTTGTGTCTCAAAAGAAAAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTAAGGTATCAGATCTCATCAGTCGCTTTGAAGGAGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CAGTAAGGTATCAGATCTCATCAGTCGCTTTGAAGGAGGCAGGTA...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  CTCATTATCAAATTATAGTGATTTGAAGAAAGAGTCTGCTGTGAACCTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105602 GCTCATTATCAAATTATAGTGATTTGAAGAAAGAGTCTGCTGTGAACCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGCTCCTAGAACCCCAGGAAGGCATGGATTGACAACCACACCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105652 AATGCTCCTAGAACCCCAGGAAGGCATGGATTGACAACCACACCTCAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAACTCCTCTCCCAGCACTTGCCACAGAGGCAGGGAAATGATACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105702 AAAACTCCTCTCCCAGCACTTGCCACAGAGGCAGGGAAATGATACAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACTCAGGGTGCACAGACTTGTGTGGCCAACGGTGTAATGGCAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105752 AGACTCAGGGTGCACAGACTTGTGTGGCCAACGGTGTAATGGCAGCACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACCAGATGGAATGTGAGGAGGAGAAAGCTGCCACTCTTAGCTCAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105802 AACCAGATGGAATGTGAGGAGGAGAAAGCTGCCACTCTTAGCTCAGATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCTATTCAAGCTTCTGAACCCTTGCTTGATACGCACATAGTGAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105852 TTCTATTCAAGCTTCTGAACCCTTGCTTGATACGCACATAGTGAATGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAGAGATGAAACTGCCACAGCTCCTGCATCACCCACAACAGATAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 105902 AAAGAGATGAAACTGCCACAGCTCCTGCATCACCCACAACAGACAGCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGGAAATGCTTCTGACAGTAGCTACAGGACTCCAGGCATAGGCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105952 GATGGAAATGCTTCTGACAGTAGCTACAGGACTCCAGGCATAGGCCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTCCCCCTAGAAGAAAGAGGGGCAGAAACAGAAACCAAGGTACAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106002 GCTCCCCCTAGAAGAAAGAGGGGCAGAAACAGAAACCAAGGTACAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGAAAATGGGGAAAGCCCTCTGGAACTGGAGCAGCTGGACCAGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106052 GGGAAAATGGGGAAAGCCCTCTGGAACTGGAGCAGCTGGACCAGCACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGATGAAG         GAGACTAATGAGCAAAAACTTCACAAAATAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106102 GAGATGAAGGTA...TAGGAGACTAATGAGCAAAAACTTCACAAAATAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAATGAACTTTTGCTTACTGAAAGAGCTTATGTCAACCGACTTGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122172 CAATGAACTTTTGCTTACTGAAAGAGCTTATGTCAACCGACTTGACCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TAGATCAG         GTATTTTATTGCAAACTGTTGGAAGAAGCAAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122222 TAGATCAGGTA...CAGGTATTTTATTGCAAACTGTTGGAAGAAGCAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGAGGCTCGTTTCCAGCAGAGATGGTGAATAAAATCTTTTCTAATATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124954 CGAGGCTCGTTTCCAGCAGAGATGGTGAATAAAATCTTTTCTAATATTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATCAATAAATGCCTTCCATAGTAAATTCCTCTTGCCAGAGCTGGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125004 ATCAATAAATGCCTTCCATAGTAAATTCCTCTTGCCAGAGCTGGAGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GAATGCAAGAATG         GGAAACTACTCCTAGAATTGGAGACATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125054 GAATGCAAGAATGGTA...CAGGGAAACTACTCCTAGAATTGGAGACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTTCAGAAATTGGCACCATTCCTTAAGATGTATGGAGAATATGTGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125832 CTTCAGAAATTGGCACCATTCCTTAAGATGTATGGAGAATATGTGAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATTTGATAATGCAATGGAATTGGTTAAAAACATGACAGAACGTATTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125882 ATTTGATAATGCAATGGAATTGGTTAAAAACATGACAGAACGTATTCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGTTCAAATCAGTGGTTGAAGAAATTCAG         AAACAGAAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 125932 AGTTCAAATCAGTGGTTGAAGAAATTCAGGTA...CAGAAACAGAAAATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGTGGGAGCTTAACTTTGCAGCATCACATGCTAGAACCTGTTCAGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131612 TGTGGGAGCTTAACTTTGCAGCATCACATGCTAGAACCTGTTCAGCGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCCCCGGTATGAGATGCTCCTTAAGGACTATCTAAGGAAATTGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131662 TCCCCGGTATGAGATGCTCCTTAAGGACTATCTAAGGAAATTGCCTCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATTCCCTGGACTGGAATGATGCTAAAA         AATCACTTGAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131712 ATTCCCTGGACTGGAATGATGCTAAAAGTA...TAGAATCACTTGAAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATATCTACAGCAGCAAGCCATTCTAATAGTGCAATAAGGAAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 134433 ATATCTACAGCAGCAAGCCATTCTAATAGTGCAATAAGGAAAATGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192     GAGAACCTAAAGAAACTCTTAGAGATTTATGAAATGTTGGGAGAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134483 .TAGGAGAACCTAAAGAAACTCTTAGAGATTTATGAAATGTTGGGAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAGAAGACATTGTAAACCCTTCAAATGAACTAATAAAAGAAGGACAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134826 AAGAAGACATTGTAAACCCTTCAAATGAACTAATAAAAGAAGGACAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTCAAACTAGCTGCTCGGAACACTTCAGCACAAGAACGCTACCTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134876 CTCAAACTAGCTGCTCGGAACACTTCAGCACAAGAACGCTACCTTTTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 A         TTCAACAACATGTTGCTGTACTGTGTGCCCAAATTCAGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134926 AGTG...CAGTTCAACAACATGTTGCTGTACTGTGTGCCCAAATTCAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGTAGGCTCTAAATTCACAGTTCGAACCAGGGTTGGCATTGATGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143381 TGGTAGGCTCTAAATTCACAGTTCGAACCAGGGTTGGCATTGATGGAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAAATTGTAGAGACTCAAAATGAAGAATATCCACATACTTTCCAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143431 AAAATTGTAGAGACTCAAAATGAAGAATATCCACATACTTTCCAGGTGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGGGAAAGAGAGAACACTGGAACTGCAGGCCAG         TTCTGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 143481 TGGGAAAGAGAGAACACTGGAACTGCAGGCCAGGTA...TAGTTCTGCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AAGACAAAGAAGAATGGATCAAG         GCCCTTCAAGAAACCATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 148073 AAGACAAAGAAGAATGGATCAAGGTA...TAGGCCCTTCAAGAAACCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GATGCTTTTCATCAAAGGCATGAAACCTTCAGAAATGCAATTGCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148637 GATGCTTTTCATCAAAGGCATGAAACCTTCAGAAATGCAATTGCAAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TAATGACATTCACTCAGAGGTTTCT         ACTGCTGAGCTAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 148687 TAATGACATTCACTCAGAGGTTTCTGTG...TAGACTGCTGAGCTAGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAAGAGCCCCAAGATGGATCCGAGATAATGAAGTGACAATGTGTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149313 AAAGAGCCCCAAGATGGATCCGAGATAATGAAGTGACAATGTGTATGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TGTAAAGAACCTTTCAATGCACTGACACGAAGGAGGCATCATTGTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149363 TGTAAAGAACCTTTCAATGCACTGACACGAAGGAGGCATCATTGTCGAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 ATGTGGATAT         GTGGTTTGTTGGAAATGCTCCGACTACAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 149413 ATGTGGATATGTA...AAGGTGGTTTGTTGGAAATGCTCCGACTACAAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTCAACTTGAATATGATGGTGGTAAATTGAGCAAAGTTTGTAAAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157223 CTCAACTTGAATATGATGGTGGTAAATTGAGCAAAGTTTGTAAAGACTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TATCAAATCATAAGTGGATTCACAGACAGTGAAGAAAAGAAAAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157273 TATCAAATCATAAGTGGATTCACAGACAGTGAAGAAAAGAAAAGAAAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AATTTTAGAG         ATTGAATCAGCAGAAGTATCTGGAAACAGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 157323 AATTTTAGAGGTA...TAGATTGAATCAGCAGAAGTATCTGGAAACAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGGTGTGCAGCTTTCTTCAGTATATGGAGAAGTCAAAACCTTGGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162329 TGGTGTGCAGCTTTCTTCAGTATATGGAGAAGTCAAAACCTTGGCAGAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GCTTGGTGTGTGATCCCCAAGCAAGACCCTCTTGTGCTGTACATGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162379 GCTTGGTGTGTGATCCCCAAGCAAGACCCTCTTGTGCTGTACATGTATGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGCCCCCCAG         GACGTCAGAGCCCAGGCCACCATTCCACTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 162429 TGCCCCCCAGGTA...TAGGACGTCAGAGCCCAGGCCACCATTCCACTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TGGGCTATGTGGTGGATGAAATGCCAAGGAGCGCAGACCTGCCACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163950 TGGGCTATGTGGTGGATGAAATGCCAAGGAGCGCAGACCTGCCACACAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TTCAAACTGACCCAGTCTAAGTCCGTGCACAGCTTTGCTGCAGACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164000 TTCAAACTGACCCAGTCTAAGTCCGTGCACAGCTTTGCTGCAGACAGTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GGAACTGAAGCAGAAGTGGCTGAAAGTCATCCTTTTAGCTGTCACAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164050 GGAACTGAAGCAGAAGTGGCTGAAAGTCATCCTTTTAGCTGTCACAGGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 AGACACCAGGTGGTCCAAATGAGCATCCAGCCACCTTGGATGATCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164100 AGACACCAGGTGGTCCAAATGAGCATCCAGCCACCTTGGATGATCATCCT

   2400     .    :    .    :
   2275 GAACCTAAGAAAAAATCAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||
 164150 GAACCTAAGAAAAAATCAGAATGC