seq1 = pF1KB9290.tfa, 891 bp
seq2 = pF1KB9290/gi568815597r_111626971.tfa (gi568815597r:111626971_111839242), 212272 bp

>pF1KB9290 891
>gi568815597r:111626971_111839242 (Chr1)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-891  (111439-112272)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGATGGAGAGCAGGGAAATGGACTGCTATCTCCGTCGCCTCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGATGGAGAGCAGGGAAATGGACTGCTATCTCCGTCGCCTCAAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTG         ATGTCCATGAAGGAGGTGGGTGATGGCTTACAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCTGGTA...CAGATGTCCATGAAGGAGGTGGGTGATGGCTTACAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCAGATGAACTGCATGATGGGTGCACTGCAAGAACTGAAGCTCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111473 ATCAGATGAACTGCATGATGGGTGCACTGCAAGAACTGAAGCTCCTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCAGACAGCACTGGAACAGCTGGAGATCTCTGGAGGGGGTCCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111523 GTGCAGACAGCACTGGAACAGCTGGAGATCTCTGGAGGGGGTCCTGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGCAGCCCTGAAGGTCCCAGGACCCAGTGCGAGCACCCTTGTTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111573 AGGCAGCCCTGAAGGTCCCAGGACCCAGTGCGAGCACCCTTGTTGGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGGCAGAGGTCCTGCCAGGCCCACAGTCTGTTCCCCCTCCAGTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111623 GTGGCAGAGGTCCTGCCAGGCCCACAGTCTGTTCCCCCTCCAGTCAACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTCTTGGCAGCAGCACCAAGTTTCCATCCCATAGGAGTGTCTGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111673 TCTCTTGGCAGCAGCACCAAGTTTCCATCCCATAGGAGTGTCTGTGGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATTTAGCCCCCTTGCCCAGGACACAGCCACATCAAAGCTGTGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111723 GGATTTAGCCCCCTTGCCCAGGACACAGCCACATCAAAGCTGTGCTCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGGGCCAGAGCGAGTGGAACCGGATGACTGGACCTCCACGTTGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111773 AGGGGCCAGAGCGAGTGGAACCGGATGACTGGACCTCCACGTTGATGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGGGGCCGGAATCGACAGCCTCTGGTGTTAGGGGACAACGTTTTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111823 CGGGGCCGGAATCGACAGCCTCTGGTGTTAGGGGACAACGTTTTTGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGGTGGGCAATTGGCTAGACTTGCCAGAACTGGAGAAGGGTGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111873 CCTGGTGGGCAATTGGCTAGACTTGCCAGAACTGGAGAAGGGTGGGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGGTGAGACTGGGGGGGCACGTGAACCCAAAGGAGAGAAAGGCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111923 AGGGTGAGACTGGGGGGGCACGTGAACCCAAAGGAGAGAAAGGCCAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGGAGCTGGGCCGCAGGTTCGCCCTGACAGCAAACATCTTTAAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111973 CAGGAGCTGGGCCGCAGGTTCGCCCTGACAGCAAACATCTTTAAGAAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTGCGTAGTGTGCGGCCTGACCGTGACCGGCTGCTGAAGGAGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112023 CTTGCGTAGTGTGCGGCCTGACCGTGACCGGCTGCTGAAGGAGAAGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCTGGGTGACACCCATGGTCCCTGAGTCCCGAACCGGCCGCTCACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112073 GCTGGGTGACACCCATGGTCCCTGAGTCCCGAACCGGCCGCTCACAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTCAAGAAGCGGAGCCTTTCCAAGGGCTCTGGACATTTCCCCTTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112123 GTCAAGAAGCGGAGCCTTTCCAAGGGCTCTGGACATTTCCCCTTCCCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACCGGGGAGCACAGGCGAGGGGAGAATCCCCCCACAAGCTGCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112173 CACCGGGGAGCACAGGCGAGGGGAGAATCCCCCCACAAGCTGCCCCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCTGGAGCACTCACCCTCAGGATTTGATATTAACACAGCTGTTTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112223 CCCTGGAGCACTCACCCTCAGGATTTGATATTAACACAGCTGTTTGGGTC