seq1 = pF1KB9288.tfa, 3093 bp
seq2 = pF1KB9288/gi568815595r_44346578.tfa (gi568815595r:44346578_44555549), 208972 bp

>pF1KB9288 3093
>gi568815595r:44346578_44555549 (Chr3)

(complement)

1-429  (100001-100429)   100% ->
430-598  (104068-104236)   100% ->
599-693  (104588-104682)   100% ->
694-820  (104977-105103)   100% ->
821-931  (105927-106037)   100% ->
932-3093  (106811-108972)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCCAGGCAGGTGGCATGCTGCCTATCCAGCTCAGGCCCAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCCAGGCAGGTGGCATGCTGCCTATCCAGCTCAGGCCCAGTCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGGAGCGAGGGCGGCTTCAGACAGTAAAGAAGGAAGAAGAGGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGGAGCGAGGGCGGCTTCAGACAGTAAAGAAGGAAGAAGAGGATGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTATACTCCAGTGCAGGCTGCCAGGCCACAGACTCTCAACCGCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTATACTCCAGTGCAGGCTGCCAGGCCACAGACTCTCAACCGCCCTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGAGCTGTTCCGCCAGCTCTTCAGACAGCTTCGCTACCATGAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGAGCTGTTCCGCCAGCTCTTCAGACAGCTTCGCTACCATGAGTCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGGGCCCCTAGAAACTCTGAGCCGGCTCCGGGAACTCTGTCGCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGGCCCCTAGAAACTCTGAGCCGGCTCCGGGAACTCTGTCGCTGGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAGGCCTGACGTTCTCTCCAAGGCACAGATCCTAGAGCTGCTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAGGCCTGACGTTCTCTCCAAGGCACAGATCCTAGAGCTGCTGGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAACAGTTCCTGAGCATCCTGCCTGGGGAGCTCCGGGTTTGGGTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAACAGTTCCTGAGCATCCTGCCTGGGGAGCTCCGGGTTTGGGTGCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCATAACCCTGAGAGTGGCGAGGAGGCTGTGGCCTTGCTGGAGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCATAACCCTGAGAGTGGCGAGGAGGCTGTGGCCTTGCTGGAGGAGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAGGGACCTTGATGGGACATCCTGGAGG         GACCCGGGCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100401 AGAGGGACCTTGATGGGACATCCTGGAGGGTG...CAGGACCCGGGCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCCAGAGCCCAGATGTGCATTGGATGGGTACAGGAGCCCTGCGATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104080 GCCCAGAGCCCAGATGTGCATTGGATGGGTACAGGAGCCCTGCGATCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACAGATATGGTCCCTTGCTTCACCTCTCAGGAGCAGCTCTGCTCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 ACAGATATGGTCCCTTGCTTCACCTCTCAGGAGCAGCTCTGCTCTGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCACCTGGAGCCTCCCTATGAAATAGAAGCACGTGACTTCCTGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 ACCACCTGGAGCCTCCCTATGAAATAGAAGCACGTGACTTCCTGGCTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAATCCG         ATACTCCTGCTGCCCAGATGCCTGCCCTTTTCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104230 CAATCCGGTA...CAGATACTCCTGCTGCCCAGATGCCTGCCCTTTTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAGAGAGGGGTGCCCGGGAGACCAGGTAACACCAACCAGGTCCCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104622 GAGAGAGGGGTGCCCGGGAGACCAGGTAACACCAACCAGGTCCCTGACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCCAGCTCCAG         GAGACCATGACTTTCAAGGATGTGGAGGTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104672 CCCAGCTCCAGGTG...CAGGAGACCATGACTTTCAAGGATGTGGAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACCTTCTCCCAGGACGAGTGGGGGTGGCTGGACTCTGCTCAGAGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105007 ACCTTCTCCCAGGACGAGTGGGGGTGGCTGGACTCTGCTCAGAGGAACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTATAGGAACATGGCTTCCCTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105057 GTACAGGGATGTGATGCTGGAGAATTATAGGAACATGGCTTCCCTGGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821       TGGGACCATTCACCAAACCTGCTCTGATCTCCTGGTTGGAAGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105107 ...CAGTGGGACCATTCACCAAACCTGCTCTGATCTCCTGGTTGGAAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGGGAGCCATGGGGCCTGAACATGCAGGCAGCTCAGCCTAAGGGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105971 AGGGAGCCATGGGGCCTGAACATGCAGGCAGCTCAGCCTAAGGGGAATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGTTGCTGCTCCTACAG         GAGATGACCTCCAGAGTAAAACAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106021 AGTTGCTGCTCCTACAGGTG...CAGGAGATGACCTCCAGAGTAAAACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACAAATTCATCTTAAATCAGGAACCTTTGGAAGAAGCAGAAACCTTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106835 ACAAATTCATCTTAAATCAGGAACCTTTGGAAGAAGCAGAAACCTTAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTGTCATCAGGATGTCCTGCGACAAGTGTTTCTGAGGGAATTGGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106885 GTGTCATCAGGATGTCCTGCGACAAGTGTTTCTGAGGGAATTGGGCTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAATCTTTTCAACAGAAGAGCAGGCAGAAGGATCAATGTGAAAATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106935 AGAATCTTTTCAACAGAAGAGCAGGCAGAAGGATCAATGTGAAAATCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TACAAGTAAGAGTTAAGAAAGAAGAGACCAATTTCAGTCACAGGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106985 TACAAGTAAGAGTTAAGAAAGAAGAGACCAATTTCAGTCACAGGACAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAAGACTCTGAAGTATCAGGAAGTAATAGTCTTGACTTAAAACATGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107035 AAAGACTCTGAAGTATCAGGAAGTAATAGTCTTGACTTAAAACATGTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ATATTTGAGAGTTTCTGGAAGAAAGGAATCCCTTAAACATGGCTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107085 ATATTTGAGAGTTTCTGGAAGAAAGGAATCCCTTAAACATGGCTGTGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AACACTTCAGAATGAGTTCACACCACTATGACTACAAGAAATATGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107135 AACACTTCAGAATGAGTTCACACCACTATGACTACAAGAAATATGGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GGGCTCAGACACATGATTGGGGGCTTCAGCCTACATCAGAGAATTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107185 GGGCTCAGACACATGATTGGGGGCTTCAGCCTACATCAGAGAATTCATAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TGGACTGAAAGGGAACAAAAAGGACGTGTGTGGAAAAGACTTCAGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107235 TGGACTGAAAGGGAACAAAAAGGACGTGTGTGGAAAAGACTTCAGCCTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GCTCTCATCACCAACGTGGGCAGAGTCTTCACACAGTGGGAGTGTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107285 GCTCTCATCACCAACGTGGGCAGAGTCTTCACACAGTGGGAGTGTCATTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AAGTGCAGTGACTGTGGAAGGACTTTCAGTCATAGCTCCCATCTTGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107335 AAGTGCAGTGACTGTGGAAGGACTTTCAGTCATAGCTCCCATCTTGCGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 TCATCAGAGACTTCACACTCAAGAGAAAGCATTTAAATGTAGGGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107385 TCATCAGAGACTTCACACTCAAGAGAAAGCATTTAAATGTAGGGTGTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GGAAAGCCTTCCGGTGGAGTTCCAACTGTGCGCGGCATGAGAAAATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107435 GGAAAGCCTTCCGGTGGAGTTCCAACTGTGCGCGGCATGAGAAAATTCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ACTGGAGTGAAGCCTTATAAATGCGATTTATGTGAGAAAGCTTTCCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107485 ACTGGAGTGAAGCCTTATAAATGCGATTTATGTGAGAAAGCTTTCCGACG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTGTCAGCCTACCGTCTGCACCGAGAAACCCATGCTAAGAAGAAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107535 CCTGTCAGCCTACCGTCTGCACCGAGAAACCCATGCTAAGAAGAAATTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TTGAATTGAATCAGTATAGGGCAGCTCTCACCTACAGCTCAGGGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107585 TTGAATTGAATCAGTATAGGGCAGCTCTCACCTACAGCTCAGGGTTTGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CATCATTTGGGAGACCAAAGTGGGGAGAAACTCTTTGACTGCAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 CATCATTTGGGAGACCAAAGTGGGGAGAAACTCTTTGACTGCAGCCAGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CAGGAAATCCTTCCACTGTAAGTCATATGTTCTTGAACATCAAAGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107685 CAGGAAATCCTTCCACTGTAAGTCATATGTTCTTGAACATCAAAGGATTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 ACACCCAGGAGAAGCCCTATAAATGTACCAAATGTAGGAAAACCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107735 ACACCCAGGAGAAGCCCTATAAATGTACCAAATGTAGGAAAACCTTTAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 TGGAGATCAAACTTTACTCGTCATATGAGGTTGCATGAGGAGGAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107785 TGGAGATCAAACTTTACTCGTCATATGAGGTTGCATGAGGAGGAAAAATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CTACAAACAAGATGAATGTCGTGAAGGCTTCAGGCAATCTCCTGACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107835 CTACAAACAAGATGAATGTCGTGAAGGCTTCAGGCAATCTCCTGACTGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 GTCAGCCCCAGGGTGCTCCCGCTGTGGAGAAAACATTTCTGTGTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107885 GTCAGCCCCAGGGTGCTCCCGCTGTGGAGAAAACATTTCTGTGTCAGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 TGTGGGAAAACTTTTACTAGAAAGAAAACTCTCGTTGACCACCAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107935 TGTGGGAAAACTTTTACTAGAAAGAAAACTCTCGTTGACCACCAGAGAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 TCACACAGGTGAGAAACCTTACCAGTGTAGCGATTGTGGGAAGGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 TCACACAGGTGAGAAACCTTACCAGTGTAGCGATTGTGGGAAGGACTTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 CCTATAGGTCAGCCTTTATTGTTCATAAGAAGAAGCATGCCATGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108035 CCTATAGGTCAGCCTTTATTGTTCATAAGAAGAAGCATGCCATGAAAAGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 AAACCTGAGGGCGGGCCATCTTTTAGTCAGGACACAGTGTTCCAGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108085 AAACCTGAGGGCGGGCCATCTTTTAGTCAGGACACAGTGTTCCAGGTTCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2256 TCAGAGCAGTCACTCCAAAGAGGAGCCCTACAAATGCAGCCAGTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108135 TCAGAGCAGTCACTCCAAAGAGGAGCCCTACAAATGCAGCCAGTGTGGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 AGGCCTTCCGCAATCACTCATTCCTCCTCATCCATCAGAGAGTTCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108185 AGGCCTTCCGCAATCACTCATTCCTCCTCATCCATCAGAGAGTTCACACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 GGAGAGAAGCCATATAAGTGCAGGGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108235 GGAGAGAAGCCATATAAGTGCAGGGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGATGGAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2406 TTCCAATCTCTACCGACATCAGAGGATTCACTCTCTTCAAAAACAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108285 TTCCAATCTCTACCGACATCAGAGGATTCACTCTCTTCAAAAACAGTATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2456 ATTGCCATGAAAGTGAAAAGACTCCAAATGTGGAGCCAAAAATCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108335 ATTGCCATGAAAGTGAAAAGACTCCAAATGTGGAGCCAAAAATCCTCACT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2506 GGTGAGAAACGTTTTTGGTGTCAAGAATGTGGGAAAACCTTTACACGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108385 GGTGAGAAACGTTTTTGGTGTCAAGAATGTGGGAAAACCTTTACACGTAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2556 AAGAACCCTTTTAGATCATAAGGGAATACACAGTGGAGAGAAGCGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108435 AAGAACCCTTTTAGATCATAAGGGAATACACAGTGGAGAGAAGCGCTATA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2606 AATGTAATCTATGTGGGAAATCTTATGATAGAAACTATCGCCTTGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108485 AATGTAATCTATGTGGGAAATCTTATGATAGAAACTATCGCCTTGTTAAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2656 CATCAGAGGATCCACTCTACAGAGAGACCTTTCAAATGTCAGTGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108535 CATCAGAGGATCCACTCTACAGAGAGACCTTTCAAATGTCAGTGGTGTGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2706 GAAAGAGTTCATTGGGAGACATACCCTTTCCAGTCACCAGAGGAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108585 GAAAGAGTTCATTGGGAGACATACCCTTTCCAGTCACCAGAGGAAACACA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2756 CCAGAGCAGCACAGGCTGAACGTAGCCCGCCTGCACGGTCTTCCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108635 CCAGAGCAGCACAGGCTGAACGTAGCCCGCCTGCACGGTCTTCCTCTCAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2806 GACACAAAGTTGAGATTACAGAAGCTAAAACCAAGTGAAGAGATGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108685 GACACAAAGTTGAGATTACAGAAGCTAAAACCAAGTGAAGAGATGCCCCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2856 CGAAGACTGCAAAGAAGCTTGCAGCCAGAGCTCCAGGCTCACTGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108735 CGAAGACTGCAAAGAAGCTTGCAGCCAGAGCTCCAGGCTCACTGGACTCC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2906 AGGACATAAGCATTGGGAAAAAGTGCCACAAATGCAGCATATGTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108785 AGGACATAAGCATTGGGAAAAAGTGCCACAAATGCAGCATATGTGGGAAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2956 ACTTTTAACAAGAGTTCACAACTCATTAGCCACAAGAGATTTCATACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108835 ACTTTTAACAAGAGTTCACAACTCATTAGCCACAAGAGATTTCATACTCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3006 AGAGAGGCCCTTCAAATGCAGCAAGTGTGGAAAGACCTTCAGGTGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108885 AGAGAGGCCCTTCAAATGCAGCAAGTGTGGAAAGACCTTCAGGTGGTCTT

   3100     .    :    .    :    .    :    .
   3056 CGAACCTGGCTCGGCATATGAAAAACCATATTAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108935 CGAACCTGGCTCGGCATATGAAAAACCATATTAGAGAT