seq1 = pF1KB9280.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KB9280/gi568815593f_114262776.tfa (gi568815593f:114262776_114596179), 333404 bp

>pF1KB9280 1737
>gi568815593f:114262776_114596179 (Chr5)

1-486  (100001-100486)   99% ->
487-582  (101131-101226)   100% ->
583-1001  (141663-142081)   100% ->
1002-1143  (200274-200415)   100% ->
1144-1254  (210279-210389)   100% ->
1255-1382  (224275-224402)   100% ->
1383-1452  (230628-230697)   100% ->
1453-1737  (233120-233404)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGCTGCAGGTACAACGGGGGCGTCATGCGGCCGCTCAGCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAGCTGCAGGTACAACGGGGGCGTCATGCGGCCGCTCAGCAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGCGTCCCGCCGGAACCTCCACGAGATGGACTCAGAGGCGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCGCGTCCCGCCGGAACCTGCACGAGATGGACTCAGAGGCGCAGCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGCCCCCCGCGTCTGTCGGAGGAGGTGGCGGCGCGTCCTCCCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGCCCCCCGCGTCTGTCGGAGGAGGTGGCGGCGCGTCCTCCCCGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCTGTTTCGTCCTCAGCCCCCGAGATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCTGTTTCGTCCTCAGCCCCCGAGATCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGTCTAAGCCCGAGCACAACAACTCCAACAACCTGGCGCTCTATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGTCTAAGCCCGAGCACAACAACTCCAACAACCTGGCGCTCTATGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGCGGCGGAGGCAGCACTGGAGGAGGCGGCGGCGGTGGCGGGAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGGCGGCGGAGGCAGCACTGGAGGAGGCGGCGGCGGTGGCGGGAGCGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACGGCAGCAGCAGTGGCACCAAGTCCAGCAAAAAGAAAAACCAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACGGCAGCAGCAGTGGCACCAAGTCCAGCAAAAAGAAAAACCAGAACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCTACAAGCTGGGCCACCGGCGCGCCCTGTTCGAAAAGCGCAAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCTACAAGCTGGGCCACCGGCGCGCCCTGTTCGAAAAGCGCAAGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAGCGACTACGCGCTCATCTTCGGCATGTTCGGCATCGTGGTCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAGCGACTACGCGCTCATCTTCGGCATGTTCGGCATCGTGGTCATGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCGAGACCGAGCTGTCGTGGGGCGCCTACGACAAG         GCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100451 ATCGAGACCGAGCTGTCGTGGGGCGCCTACGACAAGGTA...CAGGCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGTATTCCTTAGCTCTGAAATGCCTTATCAGTCTCTCCACGATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101136 GCTGTATTCCTTAGCTCTGAAATGCCTTATCAGTCTCTCCACGATCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCTCGGTCTGATCATCGTGTACCACGCCAGGGAAATACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101186 TGCTCGGTCTGATCATCGTGTACCACGCCAGGGAAATACAGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGTTCATGGTGGACAATGGAGCAGATGACTGGAGAATAGCCATGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141663 TTGTTCATGGTGGACAATGGAGCAGATGACTGGAGAATAGCCATGACTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGAGCGTATTTTCTTCATCTGCTTGGAAATACTGGTGTGTGCTATTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141713 TGAGCGTATTTTCTTCATCTGCTTGGAAATACTGGTGTGTGCTATTCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCATACCTGGGAATTATACATTCACATGGACGGCCCGGCTTGCCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141763 CCATACCTGGGAATTATACATTCACATGGACGGCCCGGCTTGCCTTCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TATGCCCCATCCACAACCACCGCTGATGTGGATATTATTTTATCTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141813 TATGCCCCATCCACAACCACCGCTGATGTGGATATTATTTTATCTATACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AATGTTCTTAAGACTCTATCTGATTGCCAGAGTCATGCTTTTACATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141863 AATGTTCTTAAGACTCTATCTGATTGCCAGAGTCATGCTTTTACATAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AACTTTTCACTGATGCCTCCTCTAGAAGCATTGGAGCACTTAATAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141913 AACTTTTCACTGATGCCTCCTCTAGAAGCATTGGAGCACTTAATAAGATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AACTTCAATACACGTTTTGTTATGAAGACTTTAATGACTATATGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141963 AACTTCAATACACGTTTTGTTATGAAGACTTTAATGACTATATGCCCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AACTGTACTCTTGGTTTTTAGTATCTCATTATGGATAATTGCCGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142013 AACTGTACTCTTGGTTTTTAGTATCTCATTATGGATAATTGCCGCATGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTGTCCGAGCTTGTGAAAG         GTACCATGATCAACAGGATGTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 142063 CTGTCCGAGCTTGTGAAAGGTA...CAGGTACCATGATCAACAGGATGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACTAGCAACTTCCTTGGAGCGATGTGGTTGATATCAATAACTTTTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200296 ACTAGCAACTTCCTTGGAGCGATGTGGTTGATATCAATAACTTTTCTCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CATTGGTTATGGTGACATGGTACCTAACACATACTGTGGAAAAGGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200346 CATTGGTTATGGTGACATGGTACCTAACACATACTGTGGAAAAGGAGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GCTTACTTACTGGAATTATG         GGTGCTGGTTGCACAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 200396 GCTTACTTACTGGAATTATGGTA...CAGGGTGCTGGTTGCACAGCCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTGGTAGCTGTAGTGGCAAGGAAGCTAGAACTTACCAAAGCAGAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210300 GTGGTAGCTGTAGTGGCAAGGAAGCTAGAACTTACCAAAGCAGAAAAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGTGCACAATTTCATGATGGATACTCAGCTGACTAAAAGA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 210350 CGTGCACAATTTCATGATGGATACTCAGCTGACTAAAAGAGTA...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TAAAAAATGCAGCTGCCAATGTACTCAGGGAAACATGGCTAATTTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224276 TAAAAAATGCAGCTGCCAATGTACTCAGGGAAACATGGCTAATTTACAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AATACAAAGCTAGTGAAAAAGATAGATCATGCAAAAGTAAGAAAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224326 AATACAAAGCTAGTGAAAAAGATAGATCATGCAAAAGTAAGAAAACATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 ACGAAAATTCCTGCAAGCTATTCATCA         ATTAAGAAGTGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 224376 ACGAAAATTCCTGCAAGCTATTCATCAGTA...TAGATTAAGAAGTGTAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAATGGAGCAGAGGAAACTGAATGACCAAGCAAACACTTTGGTGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230642 AAATGGAGCAGAGGAAACTGAATGACCAAGCAAACACTTTGGTGGACTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GCAAAG         ACCCAGAACATCATGTATGATATGATTTCTGACTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230692 GCAAAGGTA...CAGACCCAGAACATCATGTATGATATGATTTCTGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AAACGAAAGGAGTGAAGACTTCGAGAAGAGGATTGTTACCCTGGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233155 AAACGAAAGGAGTGAAGACTTCGAGAAGAGGATTGTTACCCTGGAAACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AACTAGAGACTTTGATTGGTAGCATCCACGCCCTCCCTGGGCTCATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233205 AACTAGAGACTTTGATTGGTAGCATCCACGCCCTCCCTGGGCTCATAAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CAGACCATCAGGCAGCAGCAGAGAGATTTCATTGAGGCTCAGATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233255 CAGACCATCAGGCAGCAGCAGAGAGATTTCATTGAGGCTCAGATGGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CTACGACAAGCACGTCACTTACAATGCTGAGCGGTCCCGGTCCTCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233305 CTACGACAAGCACGTCACTTACAATGCTGAGCGGTCCCGGTCCTCGTCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 GGAGGCGGCGGTCCTCTTCCACAGCACCACCAACTTCATCAGAGAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233355 GGAGGCGGCGGTCCTCTTCCACAGCACCACCAACTTCATCAGAGAGTAGC