seq1 = pF1KB9279.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KB9279/gi568815595f_140842055.tfa (gi568815595f:140842055_141076450), 234396 bp

>pF1KB9279 933
>gi568815595f:140842055_141076450 (Chr3)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-206  (114473-114637)   100% ->
207-284  (117409-117486)   100% ->
285-385  (121073-121173)   99% ->
386-452  (128873-128939)   100% ->
453-742  (131662-131951)   100% ->
743-933  (134206-134396)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCAGAGGGACACGCTGGTGCATCTGTTTGCCGGAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGAGCCAGAGGGACACGCTGGTGCATCTGTTTGCCGGAGGGTA...TAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATGTGGTGGTACAGTGGGAGCTATTCTGACATGTCCACTGGAAGTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114473 ATGTGGTGGTACAGTGGGAGCTATTCTGACATGTCCACTGGAAGTTGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACACGACTGCAGTCATCTTCTGTGACGCTTTATATTTCTGAAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114523 AAACACGACTGCAGTCATCTTCTGTGACGCTTTATATTTCTGAAGTTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAACACCATGGCTGGAGCCAGTGTCAACCGAGTAGTGTCTCCCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114573 CTGAACACCATGGCTGGAGCCAGTGTCAACCGAGTAGTGTCTCCCGGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTCATTGCCTAAA         GGTGATCTTGGAAAAAGAAGGGCCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114623 TCTTCATTGCCTAAAGTG...CAGGGTGATCTTGGAAAAAGAAGGGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTCCTTGTTTAGAGGACTAGGCCCCAATTTAGTGGGGGTAGCCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117435 GTTCCTTGTTTAGAGGACTAGGCCCCAATTTAGTGGGGGTAGCCCCTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AG         AGCAATATACTTTGCTGCTTATTCAAACTGCAAGGAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117485 AGGTA...TAGAGCAATATACTTTGCTGCTTATTCAAACTGCAAGGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTGAATGATGTATTTGATCCTGATTCTACTCAAGTACATATGATTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 121112 GTTGAATGATGTATTTGATCCTGATTCTACCCAAGTACATATGATTTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCAATGGCAG         GTTTTACTGCAATCACAGCAACCAACCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 121162 CTGCAATGGCAGGTA...TAGGTTTTACTGCAATCACAGCAACCAACCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATTTGGCTTATAAAGACTCGGTTACAGCTTGATGCAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 128902 ATTTGGCTTATAAAGACTCGGTTACAGCTTGATGCAAGGTA...CAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCGCGGGGAAAGGCGAATGGGTGCTTTTGAATGTGTTCGTAAAGTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131665 CCGCGGGGAAAGGCGAATGGGTGCTTTTGAATGTGTTCGTAAAGTGTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGACAGATGGACTAAAAGGATTTTATAGGGGCATGTCTGCTTCATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131715 AGACAGATGGACTAAAAGGATTTTATAGGGGCATGTCTGCTTCATATGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGTATATCAGAGACTGTTATCCATTTTGTTATTTATGAAAGTATAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131765 GGTATATCAGAGACTGTTATCCATTTTGTTATTTATGAAAGTATAAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAACTACTGGAATATAAGACTGCTTCTACAATGGAAAATGATGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131815 AAAACTACTGGAATATAAGACTGCTTCTACAATGGAAAATGATGAAGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGTGAAAGAAGCATCAGATTTTGTGGGAATGATGCTAGCTGCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131865 CTGTGAAAGAAGCATCAGATTTTGTGGGAATGATGCTAGCTGCTGCCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCAAAAACTTGTGCCACAACTATAGCATATCCACATG         AAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 131915 TCAAAAACTTGTGCCACAACTATAGCATATCCACATGGTA...CAGAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTAAGAACAAGACTACGTGAAGAGGGAACAAAATACAGATCTTTTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134210 TGTAAGAACAAGACTACGTGAAGAGGGAACAAAATACAGATCTTTTTTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGACTCTATCTTTGCTTGTTCAAGAAGAAGGTTATGGGTCTCTTTATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134260 AGACTCTATCTTTGCTTGTTCAAGAAGAAGGTTATGGGTCTCTTTATCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGTCTGACAACTCATCTAGTGAGACAGATTCCAAACACAGCCATTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134310 GGTCTGACAACTCATCTAGTGAGACAGATTCCAAACACAGCCATTATGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .
    897 GGCCACCTATGAATTGGTGGTTTACCTACTCAATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134360 GGCCACCTATGAATTGGTGGTTTACCTACTCAATGGA