seq1 = pF1KB9189.tfa, 1287 bp
seq2 = pF1KB9189/gi568815594f_76896425.tfa (gi568815594f:76896425_77130970), 234546 bp

>pF1KB9189 1287
>gi568815594f:76896425_77130970 (Chr4)

1-27  (53480-53506)   100% ->
28-142  (100001-100115)   100% ->
143-338  (109177-109372)   100% ->
339-525  (115311-115497)   100% ->
526-687  (118432-118593)   100% ->
688-784  (122741-122837)   100% ->
785-953  (124078-124246)   100% ->
954-1086  (132205-132337)   100% ->
1087-1281  (134359-134552)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGTGGCCGTGGGGAGACCGTCT         AATGAAGAGCTTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  53480 ATGGCCGTGGCCGTGGGGAGACCGTCTGTG...CAGAATGAAGAGCTTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAACTTGTCTTTGTCTGGCCATGTGGGATTTGACAGCCTCCCTGACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 AAACTTGTCTTTGTCTGGCCATGTGGGATTTGACAGCCTCCCTGACCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTCAACAAGTCTACTTCTCAAGGATTCTGTTTCAACATCCTTTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 TGGTCAACAAGTCTACTTCTCAAGGATTCTGTTTCAACATCCTTTGTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 G         GTGAGACAGGCATTGGCAAATCCACGTTAATGGACACTTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 GGTA...TAGGTGAGACAGGCATTGGCAAATCCACGTTAATGGACACTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTTCAACACCAAATTTGAAAGTGACCCAGCTACTCACAATGAACCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109217 GTTCAACACCAAATTTGAAAGTGACCCAGCTACTCACAATGAACCAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCGGTTAAAAGCCAGAAGTTATGAGCTTCAGGAAAGCAATGTACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109267 TTCGGTTAAAAGCCAGAAGTTATGAGCTTCAGGAAAGCAATGTACGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGTTAACCATTGTTGACACCGTGGGATTTGGAGACCAGATAAATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109317 AAGTTAACCATTGTTGACACCGTGGGATTTGGAGACCAGATAAATAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACAG         CTATAAGCCGATAGTAGAATATATTGATGCCCAGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109367 TGACAGGTA...TAGCTATAAGCCGATAGTAGAATATATTGATGCCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGAGGCCTACCTGCAAGAGGAATTGAAGATTAAACGTTCTCTCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115346 TCGAGGCCTACCTGCAAGAGGAATTGAAGATTAAACGTTCTCTCTTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCATGACACGAGGATCCATGCCTGCCTCTACTTTATTGCCCCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115396 TACCATGACACGAGGATCCATGCCTGCCTCTACTTTATTGCCCCTACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACATTCACTAAAGTCCCTGGATCTGGTCACCATGAAAAAGCTGGACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115446 ACATTCACTAAAGTCCCTGGATCTGGTCACCATGAAAAAGCTGGACAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AG         GTGAACATCATTCCAATAATTGCAAAAGCTGACACCATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115496 AGGTA...CAGGTGAACATCATTCCAATAATTGCAAAAGCTGACACCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCAAGAATGAACTGCACAAATTCAAGAGTAAGATCATGAGTGAACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118471 GCCAAGAATGAACTGCACAAATTCAAGAGTAAGATCATGAGTGAACTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCAATGGGGTCCAGATATATCAGTTTCCCACTGATGAAGAAACGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118521 CAGCAATGGGGTCCAGATATATCAGTTTCCCACTGATGAAGAAACGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGAGATTAACGCAACAATGAGT         GTCCATCTCCCATTTGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118571 CAGAGATTAACGCAACAATGAGTGTA...CAGGTCCATCTCCCATTTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGTTGGCAGCACCGAAGAGGTGAAGATTGGCAACAAGATGGCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122759 GTGGTTGGCAGCACCGAAGAGGTGAAGATTGGCAACAAGATGGCAAAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGGCAGTACCCCTGGGGTGTGGTGCAGG         TTGAGAATGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122809 CAGGCAGTACCCCTGGGGTGTGGTGCAGGGTA...TAGTTGAGAATGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCATTGCGATTTTGTGAAACTTCGAGAGATGCTGATCCGCGTGAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124090 ATCATTGCGATTTTGTGAAACTTCGAGAGATGCTGATCCGCGTGAACATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGACTTGCGAGAGCAGACTCACACCCGCCACTATGAATTGTACCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124140 GAGGACTTGCGAGAGCAGACTCACACCCGCCACTATGAATTGTACCGACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGTAAGCTTGAAGAGATGGGGTTCAAGGACACTGACCCTGACAGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124190 CTGTAAGCTTGAAGAGATGGGGTTCAAGGACACTGACCCTGACAGCAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTTCAG         TCTTCAGGAGACATATGAAGCAAAAAGGAATGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124240 CCTTCAGGTA...TAGTCTTCAGGAGACATATGAAGCAAAAAGGAATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTCCTGGGAGAACTGCAGAAGAAAGAAGAAGAAATGAGACAAATGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132239 TTCCTGGGAGAACTGCAGAAGAAAGAAGAAGAAATGAGACAAATGTTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TATGAGAGTGAAGGAGAAAGAAGCTGAACTTAAGGAGGCAGAGAAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132289 TATGAGAGTGAAGGAGAAAGAAGCTGAACTTAAGGAGGCAGAGAAAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087         CTTCACGAGAAGTTTGACCTTCTAAAGCGGACACACCAAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132339 TA...CAGCTTCACGAGAAGTTTGACCTTCTAAAGCGGACACACCAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAAAGAAGAAAGTGGAAGACAAGAAGAAGGAGCTTGAGGAGGAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134401 GAAAAGAAGAAAGTGGAAGACAAGAAGAAGGAGCTTGAGGAGGAGGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACTTCCAGAAGAAGAAAGCAGCGGCTCAGTTACTACAGTCCCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134451 CAACTTCCAGAAGAAGAAAGCAGCGGCTCAGTTACTACAGTCCCAGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGCAATCTGGGGCCCAGCAAACCAAGAAAGACAAGGATAAGAAAAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| |
 134501 AGCAATCTGGGGCCCAGCAAACCAAGAAAGACAAGGATAAGAAAAA GTA

   1350 
   1279 AGC
        |||
 134550 AGC