seq1 = pF1KB9185.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB9185/gi568815577f_43859682.tfa (gi568815577f:43859682_44082389), 222708 bp

>pF1KB9185 1128
>gi568815577f:43859682_44082389 (Chr21)

1-178  (100001-100178)   100% ->
179-348  (108265-108434)   100% ->
349-510  (109437-109598)   100% ->
511-664  (110972-111125)   100% ->
665-767  (111707-111809)   100% ->
768-843  (118365-118440)   100% ->
844-1042  (121308-121506)   100% ->
1043-1128  (122623-122708)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCTGCTGGCCTTCCTGAAGACCCAGTTCGTGCTGCACCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCTGCTGGCCTTCCTGAAGACCCAGTTCGTGCTGCACCTGCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTTGTCTTCGTGGTGAGTGGTCTGGTCATCAACTTCGTCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTTGTCTTCGTGGTGAGTGGTCTGGTCATCAACTTCGTCCAGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACGCTGGCGCTCTGGCCGGTCAGCAAGCAGCTCTACCGCCGCCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACGCTGGCGCTCTGGCCGGTCAGCAAGCAGCTCTACCGCCGCCTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCGCCTCGCCTACTCACTCTGGAGCC         AACTGGTCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 TGCCGCCTCGCCTACTCACTCTGGAGCCGTG...CAGAACTGGTCATGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGGAGTGGTGGTCCTGCACGGAGTGTACACTGTTCACGGACCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108278 GCTGGAGTGGTGGTCCTGCACGGAGTGTACACTGTTCACGGACCAGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGTAGAGCGCTTTGGGAAGGAGCACGCAGTCATCATCCTCAACCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108328 CGGTAGAGCGCTTTGGGAAGGAGCACGCAGTCATCATCCTCAACCACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCGAGATCGACTTCCTCTGTGGGTGGACCATGTGTGAGCGCTTCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108378 TTCGAGATCGACTTCCTCTGTGGGTGGACCATGTGTGAGCGCTTCGGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGGGG         AGCTCCAAGGTCCTCGCTAAGAAGGAGCTGCTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108428 GCTGGGGGTG...CAGAGCTCCAAGGTCCTCGCTAAGAAGGAGCTGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGTGCCCCTCATCGGCTGGACGTGGTACTTTCTGGAGATTGTGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109471 ACGTGCCCCTCATCGGCTGGACGTGGTACTTTCTGGAGATTGTGTTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGCGGAAGTGGGAGGAGGACCGGGACACCGTGGTCGAAGGGCTGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109521 AAGCGGAAGTGGGAGGAGGACCGGGACACCGTGGTCGAAGGGCTGAGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGTCGGACTACCCCGAGTACATGTGG         TTTCTCCTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109571 CCTGTCGGACTACCCCGAGTACATGTGGGTG...TAGTTTCTCCTGTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGAGGGGACGCGCTTCACGGAGACCAAGCACCGCGTTAGCATGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110985 GCGAGGGGACGCGCTTCACGGAGACCAAGCACCGCGTTAGCATGGAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCGGCTGCTAAGGGGCTTCCTGTCCTCAAGTACCACCTGCTGCCGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111035 GCGGCTGCTAAGGGGCTTCCTGTCCTCAAGTACCACCTGCTGCCGCGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAGGGCTTCACCACCGCAGTCAAGTGCCTCCGGGGGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111085 CAAGGGCTTCACCACCGCAGTCAAGTGCCTCCGGGGGACAGGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCGCAGCTGTCTATGATGTAACCCTGAACTTCAGAGGAAACAAGAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111707 TCGCAGCTGTCTATGATGTAACCCTGAACTTCAGAGGAAACAAGAACCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCCCTGCTGGGGATCCTCTACGGGAAGAAGTACGAGGCGGACATGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111757 TCCCTGCTGGGGATCCTCTACGGGAAGAAGTACGAGGCGGACATGTGCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAG         GAGATTTCCTCTGGAAGACATCCCGCTGGATGAAAAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111807 GAGGTG...CAGGAGATTTCCTCTGGAAGACATCCCGCTGGATGAAAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGCAGCTCAGTGGCTTCATAAACTGTACCAGGAGAAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118403 AAGCAGCTCAGTGGCTTCATAAACTGTACCAGGAGAAGGTA...TAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCGCTCCAGGAGATATATAATCAGAAGGGCATGTTTCCAGGGGAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121311 GCGCTCCAGGAGATATATAATCAGAAGGGCATGTTTCCAGGGGAGCAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAAGCCTGCCCGGAGGCCGTGGACCCTCCTGAACTTCCTGTCCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121361 TAAGCCTGCCCGGAGGCCGTGGACCCTCCTGAACTTCCTGTCCTGGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCATTCTCCTGTCTCCCCTCTTCAGTTTTGTCTTGGGCGTCTTTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121411 CCATTCTCCTGTCTCCCCTCTTCAGTTTTGTCTTGGGCGTCTTTGCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGATCACCTCTCCTGATCCTGACTTTCTTGGGGTTTGTGGGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 121461 GGATCACCTCTCCTGATCCTGACTTTCTTGGGGTTTGTGGGAGCAGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043      CTTCCTTTGGAGTTCGCAGACTGATAGGAGTAACTGAGATAGAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121511 ..AAGCTTCCTTTGGAGTTCGCAGACTGATAGGAGTAACTGAGATAGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAGGCTCCAGCTACGGAAACCAAGAGTTTAAGAAAAAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122668 AAGGCTCCAGCTACGGAAACCAAGAGTTTAAGAAAAAGGAA