seq1 = pF1KB9148.tfa, 1644 bp
seq2 = pF1KB9148/gi568815588f_80013.tfa (gi568815588f:80013_352467), 272455 bp

>pF1KB9148 1644
>gi568815588f:80013_352467 (Chr10)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-276  (129877-130036)   100% ->
277-354  (156826-156903)   100% ->
355-447  (157573-157665)   100% ->
448-535  (159426-159513)   100% ->
536-591  (160044-160099)   100% ->
592-669  (160881-160958)   100% ->
670-788  (162009-162127)   100% ->
789-996  (166754-166961)   100% ->
997-1065  (167386-167454)   100% ->
1066-1338  (168324-168596)   100% ->
1339-1524  (168891-169076)   99% ->
1525-1644  (172336-172455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACGTTTAACAAAAAGACGACAGGCGGATACAAAAGCTATCCAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTGGGCAGCCATTGAGATTATACGGAACCAGAAGCAGATTGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTGGGCAGCCATTGAGATTATACGGAACCAGAAGCAGATTGCCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGACCGTATTACAAA         GTATATGTCTCGAGTCCACGGTATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGACCGTATTACAAAGTA...CAGGTATATGTCTCGAGTCCACGGTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCCTAAAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129902 CACCCTAAAGAGACCACCCGTCAGCTGAGCTTAGCTGTGAAAGATGGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAAGGTTCAAAAGCTGGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129952 TATTGTCGAAACTCTAACAGTGGGCTGCAAAGGTTCAAAAGCTGGTATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATT         AGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130002 AACAAGAAGGATATTGGTTGCCAGGAGATGAGATTGTA...TAGAGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156832 AAGAAGAAGAATACAAACAAACAGGAGATGGGCACATACCTCAGATTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCTCCCGCATGAAGGAGAGG         GCTATAGATCTTAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 156882 TGTCTCCCGCATGAAGGAGAGGGTG...TAGGCTATAGATCTTAATAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157592 AGGGGAAGGACAATAAACACCCGATGTACAGGAGGCTGGTGCACTCAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGACGTTCCCACCATTCAAGAG         AAAGTGAATGAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 157642 GTGGACGTTCCCACCATTCAAGAGGTA...CAGAAAGTGAATGAAGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTGCTTCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159443 ATACCGAAGTTATGAAGAGTTCAAAGCTGATGCCCAATTGCTTCTCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATACCGTGATTTTCTATGGAG         CAGACAGTGAGCAAGCTGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 159493 ATACCGTGATTTTCTATGGAGGTT...CAGCAGACAGTGAGCAAGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTGCGAGGATGCTATATAAAGACACATGTCATGAG         CTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 160064 ATTGCGAGGATGCTATATAAAGACACATGTCATGAGGTA...CAGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160886 TGAACTGCAGCTTTGCAAGAATTGCTTTTACTTGTCAAATGCTCGTCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAACTGGTTCTGTTATCCTTGT         ATACCTAATCATGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 160936 ACAACTGGTTCTGTTATCCTTGTGTA...CAGATACCTAATCATGAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCCAAAGTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162027 GTTTGGGCTAAAATGAAAGGTTTTGGGTTTTGGCCAGCCAAAGTCATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162077 GAAAGAAGACAATCAAGTCGACGTTCGCTTCTTTGGCCACCACCACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 G         GGCCTGGATTCCTTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162127 GGTA...TAGGGCCTGGATTCCTTCTGAAAACATTCAAGATATCACAGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166794 AACATTCATCGGCTGCACGTGAAGCGCAGTATGGGTTGGAAAAAGGCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166844 TGATGAGCTGGAGCTGCATCAGCGTTTCCTACGAGAAGGGAGATTTTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AATCTAAGAATGAGGACCGAGGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166894 AATCTAAGAATGAGGACCGAGGTGAGGAAGAGGCAGAATCCAGTATCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCCACCAGTAATGAGCAG         CTAAAGGTCACTCAAGAACCAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 166944 TCCACCAGTAATGAGCAGGTG...CAGCTAAAGGTCACTCAAGAACCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCAAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 167409 AGCAAAGAAAGGACGACGTAATCAAAGTGTGGAGCCCAAAAAGGAAGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066      GAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTTCTAGCCAGGAAATA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167459 ..TAGGAACCAGAGCCTGAAACAGAAGCAGTAAGTTCTAGCCAGGAAATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168369 CCCACGATGCCTCAGCCCATCGAAAAAGTCTCCGTGTCAACTCAGACAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAAGTTAAGTGCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168419 GAAGTTAAGTGCCTCTTCACCAAGAATGCTGCATCGGAGCACCCAGACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGACAAATACACCAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168469 CAAACGACGGCGTGTGTCAGAGCATGTGCCATGACAAATACACCAAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168519 TTCAATGACTTCAAAGACCGGATGAAGTCGGACCACAAGCGGGAGACAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCGTGTTGTCCGAGAAGCTCTGGAGAAG         CTGCGTTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 168569 GCGTGTTGTCCGAGAAGCTCTGGAGAAGGTA...CAGCTGCGTTCTGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCCAACATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168904 TGGAAGAAGAAAAGAGACAAGCTGTAAATAAAGCTGTAGCCAACATGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 168954 GGTGAGATGGACAGAAAATGTAAGCAAGTAAAGGAAAAGTGTAAGGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATTTGTAGAAGAAATCAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169004 ATTTGTAGAAGAAATCAAGAAGCTGGCAACACAGCACAAGCAACTGATTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGG         TGCTACAACTGTGAGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 169054 CTCAGACCAAGAAGAAGCAGTGGGTA...CAGTGCTACAACTGTGAGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACATCCTACTGCTCCATCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172354 GAGGCCATGTACCACTGCTGCTGGAACACATCCTACTGCTCCATCAAGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCAGCAGGAGCACTGGCACGCGGAGCACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172404 CCAGCAGGAGCACTGGCACGCGGAGCACAAGCGCACCTGCCGCCGGAAAA

   1750 
   1643 GA
        ||
 172454 GA