seq1 = pF1KB9131.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KB9131/gi568815595f_23854535.tfa (gi568815595f:23854535_24077416), 222882 bp

>pF1KB9131 1737
>gi568815595f:23854535_24077416 (Chr3)

1-16  (91045-91060)   100% ->
17-283  (100003-100269)   100% ->
284-372  (101503-101591)   100% ->
373-517  (105137-105281)   100% ->
518-1146  (107443-108071)   100% ->
1147-1332  (110443-110628)   100% ->
1333-1543  (113279-113489)   100% ->
1544-1737  (122689-122882)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGAATGCAG         GAGGTGTGATTGCCTATATCAGTTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  91045 ATGGAGGTGAATGCAGGTA...TAGGAGGTGTGATTGCCTATATCAGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCCAGCTCAGCCTCAAGCCCTGCCTCTTGTCACAGTGAGGGTTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 TTCCAGCTCAGCCTCAAGCCCTGCCTCTTGTCACAGTGAGGGTTCTGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAGTTTCCAGTCCTCCTCCTCTTCTGTTCCATCTTCTCCAAATAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 ATAGTTTCCAGTCCTCCTCCTCTTCTGTTCCATCTTCTCCAAATAGCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTCTGATACCAATGGTAATCCCAAGAATGGTGATCTCGCCAATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 AATTCTGATACCAATGGTAATCCCAAGAATGGTGATCTCGCCAATATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGCATCTTGAAGAATGATCGAATAGATTGTTCTATGAAAACAAGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100178 AGGCATCTTGAAGAATGATCGAATAGATTGTTCTATGAAAACAAGCAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGAGTGCACCTGGGATGACAAAAAGTCATAGTGGTGTGACAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100228 CGAGTGCACCTGGGATGACAAAAAGTCATAGTGGTGTGACAAGTA...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284  AATTTAGTGGCATGGTTCTACTGTGTAAAGTCTGTGGGGATGTGGCGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101502 GAATTTAGTGGCATGGTTCTACTGTGTAAAGTCTGTGGGGATGTGGCGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGATTCCACTATGGAGTTCATGCTTGCGAAGGCTGTAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101552 AGGATTCCACTATGGAGTTCATGCTTGCGAAGGCTGTAAGGTA...TAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTTCTTTCGGAGAAGTATTCAACAAAACATCCAGTACAAGAAGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105138 GTTTCTTTCGGAGAAGTATTCAACAAAACATCCAGTACAAGAAGTGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAATGAAAACTGTTCTATAATGAGAATGAATAGGAACAGATGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105188 AAGAATGAAAACTGTTCTATAATGAGAATGAATAGGAACAGATGTCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATGTCGCTTCAAAAAGTGTCTGTCTGTTGGAATGTCAAGAGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105238 ATGTCGCTTCAAAAAGTGTCTGTCTGTTGGAATGTCAAGAGATGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    CTGTTCGGTTTGGTCGTATTCCTAAGCGTGAAAAACAGAGGATGCTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107440 TAGCTGTTCGGTTTGGTCGTATTCCTAAGCGTGAAAAACAGAGGATGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGAAATGCAAAGTGCAATGAAGACCATGATGAACAGCCAGTTCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107490 ATTGAAATGCAAAGTGCAATGAAGACCATGATGAACAGCCAGTTCAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCACTTGCAAAATGACACATTAGTAGAACATCATGAACAGACAGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107540 TCACTTGCAAAATGACACATTAGTAGAACATCATGAACAGACAGCCTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGCCCAGGAACAGCTGCGACCCAAGCCCCAACTGGAGCAAGAAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107590 CAGCCCAGGAACAGCTGCGACCCAAGCCCCAACTGGAGCAAGAAAACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAAGCTCTTCTCCTCCATCTTCTGATTTTGCAAAGGAAGAAGTGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107640 AAAAGCTCTTCTCCTCCATCTTCTGATTTTGCAAAGGAAGAAGTGATTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATGGTGACCAGAGCTCACAAGGATACCTTTATGTATAATCAAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107690 CATGGTGACCAGAGCTCACAAGGATACCTTTATGTATAATCAAGAGCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGAAAACTCAGCTGAGAGCATGCAGCCCCAGAGAGGAGAACGGATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107740 AAGAAAACTCAGCTGAGAGCATGCAGCCCCAGAGAGGAGAACGGATTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGAACATGGAGCAATATAATTTAAATCATGATCATTGCGGCAATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107790 AAGAACATGGAGCAATATAATTTAAATCATGATCATTGCGGCAATGGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TAGCAGCCATTTTCCCTGTAGTGAGAGCCAGCAGCATCTCAATGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107840 TAGCAGCCATTTTCCCTGTAGTGAGAGCCAGCAGCATCTCAATGGACAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCAAAGGGAGGAATATAATGCATTACCCAAATGGTCATGCCATTTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107890 TCAAAGGGAGGAATATAATGCATTACCCAAATGGTCATGCCATTTGTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCAAATGGACATTGTATGAACTTCTCCAATGCTTATACTCAAAGAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107940 GCAAATGGACATTGTATGAACTTCTCCAATGCTTATACTCAAAGAGTATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGATAGAGTTCCGATAGATGGATTTTCTCAGAATGAGAACAAGAATAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107990 TGATAGAGTTCCGATAGATGGATTTTCTCAGAATGAGAACAAGAATAGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACCTGTGCAACACTGGAGGAAGAATGCATCTG         GTTTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108040 ACCTGTGCAACACTGGAGGAAGAATGCATCTGGTA...TAGGTTTGTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ATGAGTAAGTCTCCATATGTGGATCCTCATAAATCAGGACATGAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110452 ATGAGTAAGTCTCCATATGTGGATCCTCATAAATCAGGACATGAAATCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAAGAATTTTCGATGAGCTTCACTCCAGCAGTGAAAGAAGTGGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110502 GGAAGAATTTTCGATGAGCTTCACTCCAGCAGTGAAAGAAGTGGTGGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TTGCAAAGCGTATTCCTGGGTTCAGAGATCTCTCTCAGCATGACCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110552 TTGCAAAGCGTATTCCTGGGTTCAGAGATCTCTCTCAGCATGACCAGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AACCTTTTAAAGGCTGGGACTTTTGAG         GTTTTAATGGTACG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110602 AACCTTTTAAAGGCTGGGACTTTTGAGGTA...CAGGTTTTAATGGTACG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GTTCGCATCATTATTTGATGCAAAGGAACGTACTGTCACCTTTTTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113293 GTTCGCATCATTATTTGATGCAAAGGAACGTACTGTCACCTTTTTAAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GAAAGAAATATAGTGTGGATGATTTACACTCAATGGGAGCAGGGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113343 GAAAGAAATATAGTGTGGATGATTTACACTCAATGGGAGCAGGGGATCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CTAAACTCTATGTTTGAATTTAGTGAGAAGCTAAATGCCCTCCAACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113393 CTAAACTCTATGTTTGAATTTAGTGAGAAGCTAAATGCCCTCCAACTTAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGATGAAGAGATGAGTTTGTTTACAGCTGTTGTCCTGGTATCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113443 TGATGAAGAGATGAGTTTGTTTACAGCTGTTGTCCTGGTATCTGCAGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1544       ATCGATCTGGAATAGAAAACGTCAACTCTGTGGAGGCTTTGCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113493 ...TAGATCGATCTGGAATAGAAAACGTCAACTCTGTGGAGGCTTTGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GAAACTCTCATTCGTGCACTAAGGACCTTAATAATGAAAAACCATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122733 GAAACTCTCATTCGTGCACTAAGGACCTTAATAATGAAAAACCATCCAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TGAGGCCTCTATTTTTACAAAACTGCTTCTAAAGTTGCCAGATCTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122783 TGAGGCCTCTATTTTTACAAAACTGCTTCTAAAGTTGCCAGATCTTCGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CTTTAAACAACATGCACTCTGAGGAGCTCTTGGCCTTTAAAGTTCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122833 CTTTAAACAACATGCACTCTGAGGAGCTCTTGGCCTTTAAAGTTCACCCT