seq1 = pF1KB9130.tfa, 2283 bp
seq2 = pF1KB9130/gi568815575f_85147573.tfa (gi568815575f:85147573_85371825), 224253 bp

>pF1KB9130 2283
>gi568815575f:85147573_85371825 (ChrX)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-622  (107687-108229)   100% ->
623-778  (116703-116858)   100% ->
779-916  (117546-117683)   100% ->
917-964  (120722-120769)   100% ->
965-1108  (122431-122574)   100% ->
1109-2283  (123079-124253)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCAGGCGGTGGAAGTCTTGGATTGCACACGCCAGACTCTAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCAGGCGGTGGAAGTCTTGGATTGCACACGCCAGACTCTAGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCATACCATGATTATGCAAGATTTTG         TGGCTGGAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GGCCCATACCATGATTATGCAAGATTTTGGTA...TAGTGGCTGGAATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGTACTGCACATATCGATGGAGACCATATTGTTGTTTCAGTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107699 CTGGTACTGCACATATCGATGGAGACCATATTGTTGTTTCAGTTCCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGTTTTAGTTTCTGATGTTGTCACAGATGATGGGATAACTCTTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107749 GCTGTTTTAGTTTCTGATGTTGTCACAGATGATGGGATAACTCTTGATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCCTTGCAGCTGAAGTTGTCCATGGACCTGATATCATCACAGAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107799 TGGCCTTGCAGCTGAAGTTGTCCATGGACCTGATATCATCACAGAGACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTAGTAACAGAAGGTGTGATTGTTCCTGAAGCGGTACTTGAAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107849 ATGTAGTAACAGAAGGTGTGATTGTTCCTGAAGCGGTACTTGAAGCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTGCCATTGAAGAGGATTTAGAGGAAGATGATGGTGATCACATCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107899 GTTGCCATTGAAGAGGATTTAGAGGAAGATGATGGTGATCACATCTTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCTGAACTAATTACAGAAACCGTTAGGGTACCAGAGCAGGTTTTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107949 TTCTGAACTAATTACAGAAACCGTTAGGGTACCAGAGCAGGTTTTCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGACCTTGTTACTGGTCCTAATGGACACTTAGAACATGTGGTCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107999 CTGACCTTGTTACTGGTCCTAATGGACACTTAGAACATGTGGTCCAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTGTTTCAGGAGTCGACTCTCCCACAATGGTATCAGAGGAGGTTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108049 TGTGTTTCAGGAGTCGACTCTCCCACAATGGTATCAGAGGAGGTTCTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AACTAATTCAGATACAGAAACTGTGATTCAAGCAGCTGGAGGTGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108099 AACTAATTCAGATACAGAAACTGTGATTCAAGCAGCTGGAGGTGTTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTTCTACAGTTACTATAAAAACCGAAGATGATGATGATGATGATGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108149 GTTCTACAGTTACTATAAAAACCGAAGATGATGATGATGATGATGTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCACTTCTGAAGACTACTTAATGATATCTT         TGGATGATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108199 AGCACTTCTGAAGACTACTTAATGATATCTTGTA...TAGTGGATGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGAGAAAAATTAGAGCATATGGGGAATACACCATTAAAAATTGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116713 TGGAGAAAAATTAGAGCATATGGGGAATACACCATTAAAAATTGGCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATGGTTCACAAGAAGATGCTAAAGAAGATGGGTTTGGTTCTGAAGTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116763 ATGGTTCACAAGAAGATGCTAAAGAAGATGGGTTTGGTTCTGAAGTTATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAGTGTATATATTTAAAGCGGAGGCTGAAGATGATGTTGAAATAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 116813 AAAGTGTATATATTTAAAGCGGAGGCTGAAGATGATGTTGAAATAGGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779      GTGGAACAGAAATTGTCACAGAGAGTGAGTACACCAGTGGACATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116863 ..AAGGTGGAACAGAAATTGTCACAGAGAGTGAGTACACCAGTGGACATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGTAGCTGGAGTGCTTGACCAGAGCCGAATGCAGCGGGAGAAGATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117591 CAGTAGCTGGAGTGCTTGACCAGAGCCGAATGCAGCGGGAGAAGATGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TACATGGCAGTTAAAGATTCTTCTCAAGAAGAAGATGATATCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117641 TACATGGCAGTTAAAGATTCTTCTCAAGAAGAAGATGATATCAGTA...T

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    917   GAGATGAAAGAAGAGTTTCCCGAAGGTATGAAGATTGTCAAGCATCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120720 AGGAGATGAAAGAAGAGTTTCCCGAAGGTATGAAGATTGTCAAGCATCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965          GAAATACTTTGGACTCAGCATTAGAAAGCAGAAGTAGTACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120770 GTA...CAGGAAATACTTTGGACTCAGCATTAGAAAGCAGAAGTAGTACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCAGCACAGTACCTTCAAATTTGTGACGGCATTAATACAAATAAAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122472 GCAGCACAGTACCTTCAAATTTGTGACGGCATTAATACAAATAAAGTACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TAAACAAAAAGCCAAAAAGAGGAGAAGGGGAGAAACCAGGCAGTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122522 TAAACAAAAAGCCAAAAAGAGGAGAAGGGGAGAAACCAGGCAGTGGCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAG         CTGTTATAATAGGTCCTGATGGACAGCCCCTCACAGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122572 CAGGTA...TAGCTGTTATAATAGGTCCTGATGGACAGCCCCTCACAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TACCCTTGCCATATTTGCACAAAAAAGTTTAAATCCAGGGGATTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123117 TACCCTTGCCATATTTGCACAAAAAAGTTTAAATCCAGGGGATTCTTAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AAGACACATGAAGAATCATCCTGATCATTTAATGAGAAAAAAATATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123167 AAGACACATGAAGAATCATCCTGATCATTTAATGAGAAAAAAATATCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GTACAGATTGTGACTTTACAACTAACAAGAAAGTGAGTTTCCATAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123217 GTACAGATTGTGACTTTACAACTAACAAGAAAGTGAGTTTCCATAACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTAGAAAGCCATAAGCTCATAAACAAAGTCGACAAAACCCATGAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123267 TTAGAAAGCCATAAGCTCATAAACAAAGTCGACAAAACCCATGAATTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGAATACACACGAAGATACAGAGAGGCTAGTCCACTGAGTTCCAATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123317 AGAATACACACGAAGATACAGAGAGGCTAGTCCACTGAGTTCCAATAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TTATTTTAAGAGACAAGGAGCCGAAGATGCACAAGTGCAAATACTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123367 TTATTTTAAGAGACAAGGAGCCGAAGATGCACAAGTGCAAATACTGTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TATGAAACTGCAGAACAAGGACTGTTAAACAGGCATTTGTTGGCCGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123417 TATGAAACTGCAGAACAAGGACTGTTAAACAGGCATTTGTTGGCCGTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CAGCAAGAATTTTCCTCATGTTTGTGTTGAGTGTGGGAAGGGTTTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123467 CAGCAAGAATTTTCCTCATGTTTGTGTTGAGTGTGGGAAGGGTTTTCGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ATCCTTCTGAACTCAAGAAACATATGAGAACCCATACTGGTGAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123517 ATCCTTCTGAACTCAAGAAACATATGAGAACCCATACTGGTGAGAAGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TATCAGTGTCAGTATTGTATTTTCAGGTGTGCAGATCAATCAAATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123567 TATCAGTGTCAGTATTGTATTTTCAGGTGTGCAGATCAATCAAATCTGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AACTCACATTAAGTCTAAACATGGTAACAATTTGCCATATAAATGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123617 AACTCACATTAAGTCTAAACATGGTAACAATTTGCCATATAAATGTGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 ATTGTCCCCAAGCATTTGGTGATGAGAGGGAGCTTCAACGCCATCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123667 ATTGTCCCCAAGCATTTGGTGATGAGAGGGAGCTTCAACGCCATCTGGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 TTGTTTCAAGGACATAAGACACACCAGTGTCCTCATTGTGACCATAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123717 TTGTTTCAAGGACATAAGACACACCAGTGTCCTCATTGTGACCATAAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CACCAATTCAAGTGACCTTAAGCGGCACATCATATCTGTCCATACTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123767 CACCAATTCAAGTGACCTTAAGCGGCACATCATATCTGTCCATACTAAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 ATTTTCCTCACAAATGTGAGGTCTGTGATAAAGGTTTTCATCGTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123817 ATTTTCCTCACAAATGTGAGGTCTGTGATAAAGGTTTTCATCGTCCTTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GAGCTCAAAAAGCATAGTGATATCCATAAGGGTAGGAAGATTCATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123867 GAGCTCAAAAAGCATAGTGATATCCATAAGGGTAGGAAGATTCATCAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CAGGCACTGTGACTTTAAAACATCCGATCCATTTATTCTTAGTGGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123917 CAGGCACTGTGACTTTAAAACATCCGATCCATTTATTCTTAGTGGCCATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TCCTTTCAGTTCATACTAAAGATCAGCCATTGAAATGTAAAAGGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123967 TCCTTTCAGTTCATACTAAAGATCAGCCATTGAAATGTAAAAGGTGCAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 AGAGGATTCAGACAACAAAATGAGCTAAAAAAACATATGAAGACCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124017 AGAGGATTCAGACAACAAAATGAGCTAAAAAAACATATGAAGACCCATAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 TGGAAGGAAGATTTACCAATGTGAGTATTGTGAATACAGCACTACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124067 TGGAAGGAAGATTTACCAATGTGAGTATTGTGAATACAGCACTACAGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 CATCTGGCTTTAAACGACATGTGATATCAATACATACAAAAGACTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124117 CATCTGGCTTTAAACGACATGTGATATCAATACATACAAAAGACTATCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 CACAGGTGTGAATTCTGCAAGAAGGGATTCCGAAGACCATCAGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124167 CACAGGTGTGAATTCTGCAAGAAGGGATTCCGAAGACCATCAGAAAAAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .
   2247 TCAGCATATTATGAGGCACCACAAAGAGGCTCTTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124217 TCAGCATATTATGAGGCACCACAAAGAGGCTCTTATG