seq1 = pF1KB9100.tfa, 3324 bp
seq2 = pF1KB9100/gi568815583r_59037383.tfa (gi568815583r:59037383_59372450), 335068 bp

>pF1KB9100 3324
>gi568815583r:59037383_59372450 (Chr15)

(complement)

1-147  (100000-100145)   99% ->
148-237  (110942-111031)   100% ->
238-332  (116073-116167)   100% ->
333-420  (135779-135866)   100% ->
421-510  (140660-140749)   100% ->
511-642  (144861-144992)   100% ->
643-777  (147628-147762)   100% ->
778-910  (149260-149392)   100% ->
911-1107  (154364-154560)   99% ->
1108-1188  (157731-157811)   100% ->
1189-1275  (158137-158223)   100% ->
1276-1362  (161851-161937)   100% ->
1363-1530  (163603-163770)   100% ->
1531-1616  (166966-167051)   100% ->
1617-1698  (170044-170125)   100% ->
1699-1805  (176884-176990)   100% ->
1806-1904  (184235-184333)   100% ->
1905-2049  (193914-194058)   100% ->
2050-2164  (198211-198325)   100% ->
2165-2334  (198536-198705)   100% ->
2335-2480  (200409-200554)   100% ->
2481-2627  (209148-209294)   100% ->
2628-2785  (211221-211378)   100% ->
2786-2878  (214072-214164)   100% ->
2879-3080  (218660-218861)   100% ->
3081-3250  (234084-234253)   100% ->
3251-3324  (234995-235068)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAGCAAAGGTGTCTACCAGTACCACTGGCAAAGCCACAATGTCAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGAAGCAAAGGTGTCTACCAGTACCACTGGCAAAGCCACAATGTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACAGTGGTGTGGACGACATGGTGCTACTGTCCAAGATCACAGAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GCACAGTGGTGTGGACGACATGGTGCTACTGTCCAAGATCACAGAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCGTGGAGAATCTGAAGAAGAGATACATGGATGACTACATTTTT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100099 CCATCGTGGAGAATCTGAAGAAGAGATACATGGATGACTACATTTTTGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       ACATATATAGGATCTGTATTAATCTCAGTCAACCCTTTCAAGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ...CAGACATATATAGGATCTGTATTAATCTCAGTCAACCCTTTCAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGCCATATTTTGGGGAAAAGGAAATTGAAATGTACCAAGGAGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110986 GATGCCATATTTTGGGGAAAAGGAAATTGAAATGTACCAAGGAGCGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      GCACAGTATGAAAACCCACCACATATCTATGCCCTTGCAGATAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111036 ..TAGGCACAGTATGAAAACCCACCACATATCTATGCCCTTGCAGATAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTACAGAAACATGATCATTGACAGAGAGAACCAGTGCGTCATTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116118 ATGTACAGAAACATGATCATTGACAGAGAGAACCAGTGCGTCATTATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333          TGGTGAAAGTGGTGCTGGAAAAACAGTGGCTGCCAAATATA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116168 GTA...TAGTGGTGAAAGTGGTGCTGGAAAAACAGTGGCTGCCAAATATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCATGAGCTACATCTCCAGAGTGTCTGGAGGAGGGACCAAAGTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 135820 TCATGAGCTACATCTCCAGAGTGTCTGGAGGAGGGACCAAAGTCCAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       CACGTGAAGGACATTATCCTGCAGTCCAACCCGCTGCTGGAGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135870 ...CAGCACGTGAAGGACATTATCCTGCAGTCCAACCCGCTGCTGGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTCGGGAACGCCAAGACCGTCCGGAACAACAACTCCAGCCGATTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 140704 CTTCGGGAACGCCAAGACCGTCCGGAACAACAACTCCAGCCGATTTGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      GGAAAATACTTTGAAATCCAGTTCAGTCCAGGTGGGGAACCAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140754 ..CAGGGAAAATACTTTGAAATCCAGTTCAGTCCAGGTGGGGAACCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGTGGAAAGATCTCCAACTTCCTTCTGGAAAAATCTAGGGTGGTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144906 GGTGGAAAGATCTCCAACTTCCTTCTGGAAAAATCTAGGGTGGTGATGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAACCCAGGAGAGCGGAGTTTTCACATATTTTACCAG         CTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 144956 GAACCCAGGAGAGCGGAGTTTTCACATATTTTACCAGGTT...CAGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCGAGGGCGCCTCTGCAGAGCAGAAACACAGCCTTGGCATCACCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147632 TCGAGGGCGCCTCTGCAGAGCAGAAACACAGCCTTGGCATCACCAGCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACTATTATTACTACCTGAGCCTCTCGGGCTCATACAAGGTTGATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147682 GACTATTATTACTACCTGAGCCTCTCGGGCTCATACAAGGTTGATGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGACGACAGGCGGGAGTTTCAGGAAACTCTG         CACGCCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 147732 TGACGACAGGCGGGAGTTTCAGGAAACTCTGGTA...CAGCACGCCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGTGATTGGGATCTTTGCAGAAGAGCAAACGCTGGTGTTGCAGATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149270 ATGTGATTGGGATCTTTGCAGAAGAGCAAACGCTGGTGTTGCAGATAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCGGGTATTCTCCACCTGGGAAACATCAGCTTCAAAGAAGTTGGCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149320 GCGGGTATTCTCCACCTGGGAAACATCAGCTTCAAAGAAGTTGGCAACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGCGGCTGTGGAGAGTGAAGAGT         TTTTAGCTTTTCCTGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 149370 CGCGGCTGTGGAGAGTGAAGAGTGTG...CAGTTTTAGCTTTTCCTGCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATCTGCTAGGGATAAACCAGGACCGGTTGAAAGAAAAGCTAACAAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154382 ATCTGCTAGGGATAAACCAGGACCGGTTGAAAGAAAAGCTAACAAGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGATGGATAGCAAGTGGGGAGGCAAATCTGAATCCATCCACGTGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 154432 CAGATGGATAGCAAGTGGGGAGGCAAATCCGAATCCATCCACGTGACCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAACGTAGAGCAGGCCTGTTACACCCGGGATGCGCTCGCCAAGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154482 CAACGTAGAGCAGGCCTGTTACACCCGGGATGCGCTCGCCAAGGCCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACGCCCGGGTCTTTGATTTCTTGGTAGAT         TCCATCAATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 154532 ACGCCCGGGTCTTTGATTTCTTGGTAGATGTA...TAGTCCATCAATAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCCATGGAGAAAGACCATGAAGAATACAACATTGGCGTCCTAGACATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157743 GCCATGGAGAAAGACCATGAAGAATACAACATTGGCGTCCTAGACATCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGCTTTGAAATATTCCAG         AAAAATGGCTTTGAACAGTTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 157793 TGGCTTTGAAATATTCCAGGTA...CAGAAAAATGGCTTTGAACAGTTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GTATCAATTTTGTTAATGAAAAACTGCAGCAGATTTTTATTGAACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158159 GTATCAATTTTGTTAATGAAAAACTGCAGCAGATTTTTATTGAACTGACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTAAAGGCAGAACAG         GAAGAATATGTTCAAGAGGGAATAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 158209 TTAAAGGCAGAACAGGTA...CAGGAAGAATATGTTCAAGAGGGAATAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATGGACACCCATTGAGTACTTTAATAATAAAATCGTATGTGACCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161877 ATGGACACCCATTGAGTACTTTAATAATAAAATCGTATGTGACCTCATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGAACAAAGTG         AACCCTCCTGGCATCATGAGCATCCTGGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 161927 AGAACAAAGTGGTA...CAGAACCCTCCTGGCATCATGAGCATCCTGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GACGTGTGCGCCACGATGCATGCGGTGGGTGAGGGGGCAGATCAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163633 GACGTGTGCGCCACGATGCATGCGGTGGGTGAGGGGGCAGATCAGACGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTCCAGAAACTTCAGATGCAGATTGGGAGTCATGAGCACTTCAACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163683 GCTCCAGAAACTTCAGATGCAGATTGGGAGTCATGAGCACTTCAACAGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GGAACCAAGGCTTCATCATTCATCATTATGCTGGGAAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 163733 GGAACCAAGGCTTCATCATTCATCATTATGCTGGGAAGGTA...CAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCTATGACATGGATGGCTTTTGTGAAAGGAACCGGGATGTGCTTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166969 TCCTATGACATGGATGGCTTTTGTGAAAGGAACCGGGATGTGCTTTTTAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGATCTCATCGAGCTTATGCAGAGCAGCGAGCT         GCCTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 167019 GGATCTCATCGAGCTTATGCAGAGCAGCGAGCTGTA...CAGGCCTTTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TAAAGTCTTTATTTCCGGAAAATCTGCAGGCTGACAAGAAAGGGCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170052 TAAAGTCTTTATTTCCGGAAAATCTGCAGGCTGACAAGAAAGGGCGCCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACTACTGCCGGAAGCAAAATAAAG         AAACAAGCCAATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 170102 ACTACTGCCGGAAGCAAAATAAAGGTT...TAGAAACAAGCCAATGACCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGTGAGCACCCTGATGAAATGTACGCCCCACTACATTCGCTGCATCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176901 TGTGAGCACCCTGATGAAATGTACGCCCCACTACATTCGCTGCATCAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CAAACGAAACCAAGAAGCCCAGAGACTGGGAGGAAAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 176951 CAAACGAAACCAAGAAGCCCAGAGACTGGGAGGAAAGCAGGTA...CAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GTAAAGCATCAAGTCGAATATTTGGGTCTGAAAGAGAACATTCGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184236 GTAAAGCATCAAGTCGAATATTTGGGTCTGAAAGAGAACATTCGAGTGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AAGAGCTGGCTATGCCTATCGGCGCATCTTCCAAAAATTCCTACAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 184286 AAGAGCTGGCTATGCCTATCGGCGCATCTTCCAAAAATTCCTACAGAGGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1905        GTATGCCATTCTGACCAAAGCCACCTGGCCTTCTTGGCAGGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184336 A...CAGGTATGCCATTCTGACCAAAGCCACCTGGCCTTCTTGGCAGGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GAGGAGAAGCAAGGCGTCCTGCACCTGCTGCAGTCGGTCAACATGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193957 GAGGAGAAGCAAGGCGTCCTGCACCTGCTGCAGTCGGTCAACATGGACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CGACCAGTTCCAGCTGGGGAGGAGTAAAGTGTTCATCAAAGCCCCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194007 CGACCAGTTCCAGCTGGGGAGGAGTAAAGTGTTCATCAAAGCCCCCGAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CT         CTATTTCTTTTAGAAGAGATGAGAGAGAGAAAGTATGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194057 CTGTG...CAGCTATTTCTTTTAGAAGAGATGAGAGAGAGAAAGTATGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GGGTATGCTCGAGTGATACAGAAATCATGGAGGAAATTCGTGGCCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198250 GGGTATGCTCGAGTGATACAGAAATCATGGAGGAAATTCGTGGCCCGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 GAAATACGTTCAAATGAGAGAAGAAG         CCTCAGACCTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 198300 GAAATACGTTCAAATGAGAGAAGAAGGTA...TAGCCTCAGACCTCTTAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 TGAACAAGAAGGAGAGAAGGAGAAACAGTATTAACAGGAACTTTATAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198551 TGAACAAGAAGGAGAGAAGGAGAAACAGTATTAACAGGAACTTTATAGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GATTATATTGGGATGGAAGAGCACCCAGAACTCCAGCAGTTCGTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198601 GATTATATTGGGATGGAAGAGCACCCAGAACTCCAGCAGTTCGTGGGCAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GAGGGAGAAGATTGATTTCGCAGACACAGTCACCAAGTATGACAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198651 GAGGGAGAAGATTGATTTCGCAGACACAGTCACCAAGTATGACAGGAGGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 TCAAG         GGTGTAAAGCGAGACCTGCTCCTTACCCCAAAGTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198701 TCAAGGTA...CAGGGTGTAAAGCGAGACCTGCTCCTTACCCCAAAGTGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 TTGTACTTAATCGGACGAGAAAAAGTCAAACAGGGCCCAGACAAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200445 TTGTACTTAATCGGACGAGAAAAAGTCAAACAGGGCCCAGACAAGGGCCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 GGTGAAAGAAGTCCTGAAGCGGAAAATCGAGATAGAACGGATCTTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200495 GGTGAAAGAAGTCCTGAAGCGGAAAATCGAGATAGAACGGATCTTGTCTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 TGTCCCTCAG         TACTATGCAGGATGACATTTTTATTCTCCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 200545 TGTCCCTCAGGTG...CAGTACTATGCAGGATGACATTTTTATTCTCCAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 GAGCAAGAGTATGACAGTTTGCTTGAATCTGTCTTCAAAACTGAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209179 GAGCAAGAGTATGACAGTTTGCTTGAATCTGTCTTCAAAACTGAATTCCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 AAGCCTCTTAGCAAAGCGTTACGAGGAGAAGACCCAGAAGCAACTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209229 AAGCCTCTTAGCAAAGCGTTACGAGGAGAAGACCCAGAAGCAACTACCTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 TGAAATTCAGCAATAC         GCTTGAACTGAAGTTGAAAAAGGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 209279 TGAAATTCAGCAATACGTA...CAGGCTTGAACTGAAGTTGAAAAAGGAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 AACTGGGGCCCCTGGAGTGCAGGGGGCTCCCGGCAAGTGCAGTTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211246 AACTGGGGCCCCTGGAGTGCAGGGGGCTCCCGGCAAGTGCAGTTCCACCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 AGGGTTTGGGGACCTGGCTGTCCTCAAGCCCAGTAACAAAGTGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211296 AGGGTTTGGGGACCTGGCTGTCCTCAAGCCCAGTAACAAAGTGCTGCAGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 TCAGCATCGGACCTGGACTGCCCAAGAACTCCC         GTCCTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 211346 TCAGCATCGGACCTGGACTGCCCAAGAACTCCCGTA...CAGGTCCTACC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 AGAAGGAACACTACCCAAAATACAGGTTATTCCAGTGGGACTCAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214080 AGAAGGAACACTACCCAAAATACAGGTTATTCCAGTGGGACTCAAAATGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2844 CAACTACCCAGTGAGAGCTGCCCCTCCTCCCCCAG         GATACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 214130 CAACTACCCAGTGAGAGCTGCCCCTCCTCCCCCAGGTA...TAGGATACC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2885 ATCAGAACGGAGTCATCAGAAACCAGTATGTGCCATATCCCCATGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218666 ATCAGAACGGAGTCATCAGAAACCAGTATGTGCCATATCCCCATGCTCCT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2935 GGAAGCCAGAGGTCCAATCAGAAAAGCCTGTACACCTCCATGGCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218716 GGAAGCCAGAGGTCCAATCAGAAAAGCCTGTACACCTCCATGGCCCGCCC

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2985 GCCCTTGCCTCGGCAGCAGTCTACCAGTTCAGACCGAGTGTCACAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218766 GCCCTTGCCTCGGCAGCAGTCTACCAGTTCAGACCGAGTGTCACAGACGC

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3035 CAGAGAGCCTGGATTTCCTCAAGGTCCCGGACCAGGGAGCTGCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 218816 CAGAGAGCCTGGATTTCCTCAAGGTCCCGGACCAGGGAGCTGCAGGGTA.

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3081      GGTCAGGAGACAAACAACCAGTCGGCCTCCCCCAGCAGGGGGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218866 ..CAGGGTCAGGAGACAAACAACCAGTCGGCCTCCCCCAGCAGGGGGCAG

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3126 ACCCAAGCCCCAGCCCAAGCCCAAGCCTCAGGTGCCACAGTGCAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234129 ACCCAAGCCCCAGCCCAAGCCCAAGCCTCAGGTGCCACAGTGCAAGGCTT

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3176 TGTATGCCTATGACGCTCAGGACACAGACGAACTCAGCTTTAATGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234179 TGTATGCCTATGACGCTCAGGACACAGACGAACTCAGCTTTAATGCCAAT

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3226 GACATTATTGATATTATCAAAGAAG         ATCCTTCTGGCTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 234229 GACATTATTGATATTATCAAAGAAGGTA...CAGATCCTTCTGGCTGGTG

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3267 GACGGGTCGACTACGAGGCAAGCAGGGCCTGTTCCCCAACAACTATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235011 GACGGGTCGACTACGAGGCAAGCAGGGCCTGTTCCCCAACAACTATGTGA

   3550     .
   3317 CCAAGATC
        ||||||||
 235061 CCAAGATC