seq1 = pF1KB9044.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KB9044/gi568815591r_64421164.tfa (gi568815591r:64421164_64644433), 223270 bp

>pF1KB9044 1590
>gi568815591r:64421164_64644433 (Chr7)

(complement)

1-30  (81480-81509)   100% ->
31-157  (100002-100128)   100% ->
158-253  (100632-100727)   100% ->
254-1590  (121934-123270)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGACCACCTGGAAGCCTAGAAATG         GGACCACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  81480 ATGCCAGGACCACCTGGAAGCCTAGAAATGGTG...CAGGGACCACTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGAGGAGTGGCAATGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 ATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGGAGGAGTGGCAATGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACACTGCACAACGGAATTTATATAGGAAAGTGATGTTTGAGAACTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 ACACTGCACAACGGAATTTATATAGGAAAGTGATGTTTGAGAACTACAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCTGGTCTTCCTGG         GTATTGCTGTCTCTAAGCCTCACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100113 AACCTGGTCTTCCTGGGTG...CAGGTATTGCTGTCTCTAAGCCTCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATAACCTGTTTGGAGCAAGGAAAAGAGCCCTGGAATAGGAAGAGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100657 GATAACCTGTTTGGAGCAAGGAAAAGAGCCCTGGAATAGGAAGAGACAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATGGTAGCCAAACCCCCAG         TTATATATTCTCATTTCACT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100707 AGATGGTAGCCAAACCCCCAGGTA...CAGTTATATATTCTCATTTCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAGACCTTTGGCCAGAGCATAGCATAAAAGATTCTTTTCAAAAAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121954 GAAGACCTTTGGCCAGAGCATAGCATAAAAGATTCTTTTCAAAAAGTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGAGAGGATATGGAAAATGTGGACATGAGAATTTACAATTAAGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122004 ACTGAGAGGATATGGAAAATGTGGACATGAGAATTTACAATTAAGAATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTGTAAAAGTGTGGATGAGTCTAAGGTGTTCAAAGAAGGTTATAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122054 GTTGTAAAAGTGTGGATGAGTCTAAGGTGTTCAAAGAAGGTTATAATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTAACCAATGTTTGAGAACTACCCAGAGCAAAATATTTCAATGTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122104 CTTAACCAATGTTTGAGAACTACCCAGAGCAAAATATTTCAATGTGATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATACGTGAAAGTCTTTCATAAATTTTCAAATTCAAACAGTCATAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122154 ATACGTGAAAGTCTTTCATAAATTTTCAAATTCAAACAGTCATAAGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAAATACTGGAAAGAAGGTTTTCAAATGTAAAGAATGTGGCAAATCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122204 GAAATACTGGAAAGAAGGTTTTCAAATGTAAAGAATGTGGCAAATCATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGCATGCTTTCACATCTAACACAACATATAAGAATTCACACTAGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122254 TGCATGCTTTCACATCTAACACAACATATAAGAATTCACACTAGAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCTTACAAATGTGAGGAATGTGGCAAAGTTCTTAACTGGTTCTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122304 TTCTTACAAATGTGAGGAATGTGGCAAAGTTCTTAACTGGTTCTCAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTATTAAACATAAGGGAATTCATATGGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122354 TTATTAAACATAAGGGAATTCATATGGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAATGTGGCAAAGCCTTTAACCAATCCTCAACCCTTATTAAACATAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122404 GAATGTGGCAAAGCCTTTAACCAATCCTCAACCCTTATTAAACATAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AATTCATATTGAAGAGAAACCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122454 AATTCATATTGAAGAGAAACCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTAGTTTATTCTCAATCCTTAGTAAACATAAGATAATTCATACTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122504 TTAGTTTATTCTCAATCCTTAGTAAACATAAGATAATTCATACTGGAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAACCTTACAAATGTGATGAATGTCACAAAGCCTTTAACTGGTTTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122554 AAACCTTACAAATGTGATGAATGTCACAAAGCCTTTAACTGGTTTGCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCTTACTAACCATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTTCAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122604 CCTTACTAACCATAAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTTCAAATGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAGAATGTGGCAAAGACTTTAACCAGTTTTCAAACCTTACTAAACATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122654 AAGAATGTGGCAAAGACTTTAACCAGTTTTCAAACCTTACTAAACATAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122704 AAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TTTTAACCAGTTTGCAAACCTTACTAGACATAAGAAAATTCATACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122754 TTTTAACCAGTTTGCAAACCTTACTAGACATAAGAAAATTCATACTGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGAAATCCTACAAATGTGAAGAATGCGGCAAAGCTTTTATACAGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122804 AGAAATCCTACAAATGTGAAGAATGCGGCAAAGCTTTTATACAGTCCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AACCTTACTGAACATATGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122854 AACCTTACTGAACATATGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAATGGGTGCTCCAGCCTTACTCGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122904 TGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAATGGGTGCTCCAGCCTTACTCGACATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGAGAATTCACACTAGAGAGAATACCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122954 AGAGAATTCACACTAGAGAGAATACCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GGCTTTACTTTATTTTCAACCCTTACTAACCATAAAGTAATTCATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123004 GGCTTTACTTTATTTTCAACCCTTACTAACCATAAAGTAATTCATACTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGAGAAATCCTACAAATGTGATGAATGTGGCAATGTTTTTAACTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123054 AGAGAAATCCTACAAATGTGATGAATGTGGCAATGTTTTTAACTGGCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CAACTCTTGCTAATCATAAGAGAATTCATGCTAGAGAGAAACCCTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123104 CAACTCTTGCTAATCATAAGAGAATTCATGCTAGAGAGAAACCCTACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCGGTCCTCACACCTTACTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123154 TGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCGGTCCTCACACCTTACTAGACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TAAGAAAATTCATACTGGTGAGAAACTCTACAAACCTGAAAAATGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 123204 TAAGAAAATTCATACTGGTGAGAAACTCTACAAACCTGAAAAATGTGACA

   1600     .    :    .
   1574 ATAATTTTGATAACACC
        |||||||||||||||||
 123254 ATAATTTTGATAACACC