seq1 = pF1KB9038.tfa, 1332 bp
seq2 = pF1KB9038/gi568815590f_30252008.tfa (gi568815590f:30252008_30453339), 201332 bp

>pF1KB9038 1332
>gi568815590f:30252008_30453339 (Chr8)

1-1332  (100001-101332)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGAAATCGTGCACATCCAGGCTGGTCAGTGTGGCAACCAGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGAAATCGTGCACATCCAGGCTGGTCAGCGTGGCAACCAGATCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCAAGTTCTGGGAGGTGATCAGTGATGAACATGGCATCGACCCCACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100051 TGCCAAGTTCTGGGAGGTGATCAGTGATGAACATGGCATCGACCCCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACCTACCACGGGGACAGCGACCTGCAGCTGGACCGCATCTCTGTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100101 GCACCTACCACGGGGACAGCGACCTGCAGCTGGACCGCATCTCCGTGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACAATGAAGCCACAGGTGGCAAATATGTTCCTCGTGCCATCCTGGTGGA
        |||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100151 TACAGTGAAGCCACTGATGGCAAATATGTTCCTCGTGCCATACTGGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTAGAACCTGGGACCATGGACTCTGTTCGCTCAGGTCCTTTTGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTAGAACCTGGGACCATGGACTCTGTTCGCTCAGGTCCTTTTGGCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTTAGACCAGACAACTTTGTATTTGGTCAGTCTGGGGCAGGTAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTTAGACCAGACAACTTTGTATTTGGTCAGTCTGGGGCAGGTAACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGGCCAAAGGCCACTACACAGAGGGCGCCGAGCTGGTTGATTCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGGCCAAAGGCCACTACACAGAGGGCGCCGAGCTGGTTGATTCTGTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGATGTGGTACGGAAGGAGGCAGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGATGTGGTACGGAAGGAGGCAGAGAGCTGTGACTGCCTGCAGGGCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTGACCCACTCACTGGGCGGGGGCACAGGCTCTGGAATGGGCACTCTC
        |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTCACCCACTCACTGGGTGGGGGCACAGGCTCTGGAATGGGCACTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTATCAGCAAGATCCGAGAAGAATACCCTGATCGCATCATGAATACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTATCAGCAAGATCCGAGAAGAATACCCTGATCGCATCATGAATACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGTGTGGTGCCTTCACCCAAAGTGTCTGACACCGTGGTCGAGCCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
 100501 CAGTGTGGTGCCTTCACCCAAAGTGTCTGACACCGTGATCGAGTCCTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATGCCACCCTCTCCGTCCATCAGTTGGTAGAGAATACTGATGAGACCTAT
        |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100551 ATGCTACCCTCTCCGTCCATCAGTTGGTAGAGAACACTGATGAGACCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCATTGACAACGAGGCCCTCTATGATATCTGCTTCCGCACTCTGAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
 100601 TGCATTGACAACGAGGCCCTCTATGATATCTGCTTCCGCACTCTGAGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GACCACACCAACCTACGGGGATCTGAACCACCTTGTCTCAGCCACCATGA
        ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| || ||||||||
 100651 GACCACACCAACCTATGGGGATCTGAACCACCTCCTCTAAGACACCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGGTGTCACCACCTGCCTCCGTTTCCCTGGCCAGCTCAATGCTGACCTC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGGTGTCACCACCTGCCTCCGCTTCCCTGGCCAGCTCAATGCTGACCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGCAAGTTGGCAGTCAACATGGTCCCCTTCCCACGTCTCCATTTCTTTAT
         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGCAAGTTGGCAGTTAACATGGTCCCCTTCCCACGTCTCCATTTCTTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCTGGCTTTGCCCCTCTCACCAGCCGTGGAAGCCAGCAGTATCGAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100801 GCCTGGCTTTGCCCCTCTCACCAGCCATGGAAGCCAGCAGTATCGAGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCACAGTGCCGGAACTCACCCAGCAGGTCTTCGATGCCAAGAACATGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100851 TCACAGTGCCGGAACTCACCCAGCAGGTCTTCGATGCCAAGAGCATGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCTGCCTGTGACCCCCGCCACGGCCGATACCTCACCGTGGCTGCTGTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100901 GCTGCCTGTGACCCCCGCCACGGCCGATACCTCACCGTGGCTGCTGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCGTGGTCGGATGTCCATGAAGGAGGTCGATGAGCAGATGCTTAACGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100951 CCGTGGTCGGATGTCCATGAAGGAGGTCGATGAGCAGATGTTTAACGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGAACAAGAACAGCAGCTACTTTGTGGAATGGATCCCCAACAATGTCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 101001 AGAACAAGAACAGCAGCTACTTTGTGGAATGGATCCCCAACAATATCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACAGCCGTCTGTGACATCCCACCTCGTGGCCTCAAGATGGCAGTCACCTT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACAGCTGTCTGTGACATCCCACCTCGTGGCCTCAAGATGGCAGTCACCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATTGGCAATAGCACAGCCATCCAGGAGCTCTTCAAGCGCATCTCGGAGC
        ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
 101101 CATCGGCAGTAGCACGGCCATCCAGGAGCTCTTCAAGCACATCTCGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGTTCACTGCCATGTTCCGCCGGAAGGCCTTCCTCCACTGGTACACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGTTCACTGCCATGTTCCGCCGGAAGGCCTTCCTCCACTGGTACACAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GAGGGCATGGACGAGATGGAGTTCACCGAGGCTGAGAGCAACATGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 101201 GAGGGCATGGACGAGATGGAGTTCACCGAGGCTGACAGCAACATGAACGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCTCGTCTCTGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCCACCGCAGAAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCTCGTCTCTGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCCACCGCAGAAGAGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :
   1301 AGGATTTCGGTGAGGAGGCCGAAGAGGAGGCC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||
 101301 AGGATTTCGGTGAGGAGGCCAAAGAGGAGGCC