seq1 = pF1KB9025.tfa, 1302 bp
seq2 = pF1KB9025/gi568815595f_3029041.tfa (gi568815595f:3029041_3248151), 219111 bp

>pF1KB9025 1302
>gi568815595f:3029041_3248151 (Chr3)

1-148  (100001-100148)   99% ->
149-342  (108220-108413)   100% ->
343-481  (111470-111608)   100% ->
482-608  (115544-115670)   100% ->
609-802  (117390-117583)   100% ->
803-1056  (118410-118663)   99% ->
1057-1302  (118866-119111)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGGTGCCTGTATCATTGGCACAGGCCAGTGCTGAACCGTAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGGTGCCTGTATCATTGGCACAGGCCAGTGCTGAACCGTAGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTAGGCTGTGCCTTCTGAAGCAGTATCTATTCACAATGAAGTTGCAGT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTAGGCTGTGCCTTCCGAAGCAGTATCTATTCACAATGAAGTTGCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCCGAATTCCAGTCACTTTTCACAGAAGGACTGAAGAGTCTGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 CTCCCGAATTCCAGTCACTTTTCACAGAAGGACTGAAGAGTCTGACAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        AATTATTTGTCAAAGAGAATCACGAATTAAGAATAGCAGGAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 G...CAGAATTATTTGTCAAAGAGAATCACGAATTAAGAATAGCAGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAGTGAGGGATTTATTAAATGGAGTAAAGCCTCAGGATATAGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108263 AGCAGTGAGGGATTTATTAAATGGAGTAAAGCCTCAGGATATAGATTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACCACTGCTACCCCTACTCAAATGAAGGAGATGTTTCAGTCGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 CCACCACTGCTACCCCTACTCAAATGAAGGAGATGTTTCAGTCGGCTGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTCGGATGATAAACAACAGAGGAGAAAAGCACGGAACAATTACTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108363 ATTCGGATGATAAACAACAGAGGAGAAAAGCACGGAACAATTACTGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         CTTCATGAAGAAAATTTTGAGATTACTACACTACGGATTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108413 GGTG...CAGCTTCATGAAGAAAATTTTGAGATTACTACACTACGGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTCACCACTGATGGAAGACATGCTGAGGTAGAATTTACAACTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111510 ATGTCACCACTGATGGAAGACATGCTGAGGTAGAATTTACAACTGACTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGAAAGATGCGGAACGCAGAGATCTCACTATAAATTCTATGTTTTTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111560 CAGAAAGATGCGGAACGCAGAGATCTCACTATAAATTCTATGTTTTTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         GTTTTGATGGCACTTTATTTGACTACTTTAATGGTTATGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111610 TA...TAGGTTTTGATGGCACTTTATTTGACTACTTTAATGGTTATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTTAAAAAATAAGAAAGTTAGATTTGTTGGACATGCTAAACAGAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115586 ATTTAAAAAATAAGAAAGTTAGATTTGTTGGACATGCTAAACAGAGAATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAAGAGGATTATCTTAGAATTTTAAGATACTTCAG         GTTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115636 CAAGAGGATTATCTTAGAATTTTAAGATACTTCAGGTA...TAGGTTTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGGAGAATTGTAGACAAACCTGGTGACCATGATCCTGAGACTTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117396 TGGGAGAATTGTAGACAAACCTGGTGACCATGATCCTGAGACTTTGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAATTGCAGAAAATGCAAAAGGCTTGGCTGGAATATCAGGAGAAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117446 CAATTGCAGAAAATGCAAAAGGCTTGGCTGGAATATCAGGAGAAAGGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGGTGGAACTGAAAAAAATTCTTGTTGGTAACCATGTAAATCATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117496 TGGGTGGAACTGAAAAAAATTCTTGTTGGTAACCATGTAAATCATTTGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCACCTTATCTATGATCTTGATGTGGCTCCTTATATAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117546 TCACCTTATCTATGATCTTGATGTGGCTCCTTATATAGGTG...CAGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TACCTGCTAATGCAAGTTTAGAAGAATTTGACAAAGTCAGTAAAAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118413 TACCTGCTAATGCAAGTTTAGAAGAATTTGACAAAGTCAGTAAAAATGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGGTTTTTCACCAAAGCCAGTGACTCTTTTGGCCTCATTATTCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118463 GATGGTTTTTCACCAAAGCCAGTGACTCTTTTGGCCTCATTATTCAAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACAAGATGATGTCACAAAATTGGATTTGAGGTTGAAGATCGCGAAAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 118513 ACAAGATGATGTCACAAAATTGGATTTGAGGTTGAAGATCGCAAAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGAAAAACCTTGGCTTATTTATAGTTAAAAATAGGAAAGATTTAATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118563 AGAAAAACCTTGGCTTATTTATAGTTAAAAATAGGAAAGATTTAATTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCAACAGATAGTTCAGACCCATTGAAACCCTATCAAGACTTCATTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118613 GCAACAGATAGTTCAGACCCATTGAAACCCTATCAAGACTTCATTATAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 T         TCTAGGGAACCTGATGCAACTACTCGTGTATGTGAACTAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118663 TGTA...TAGTCTAGGGAACCTGATGCAACTACTCGTGTATGTGAACTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGAAGTACCAAGGAGAGCACTGTCTCCTAAAGGAAATGCAGCAGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118906 TGAAGTACCAAGGAGAGCACTGTCTCCTAAAGGAAATGCAGCAGTGGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATTCCTCCATTTCCTGTAAGTGGCCATGACATCAGAAAAGTGGGCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118956 ATTCCTCCATTTCCTGTAAGTGGCCATGACATCAGAAAAGTGGGCATTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTCAGGAAAAGAAATTGGGGCTCTATTACAACAGTTGCGAGAACAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119006 TTCAGGAAAAGAAATTGGGGCTCTATTACAACAGTTGCGAGAACAGTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAAAAAGTGGTTACCAAATGGAAAAAGATGAACTTCTGAGTTACATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119056 AAAAAAGTGGTTACCAAATGGAAAAAGATGAACTTCTGAGTTACATAAAG

   1350     .
   1297 AAGACC
        ||||||
 119106 AAGACC