seq1 = pF1KB9001.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KB9001/gi568815594r_85917231.tfa (gi568815594r:85917231_86259419), 342189 bp

>pF1KB9001 1278
>gi568815594r:85917231_86259419 (Chr4)

(complement)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-252  (152068-152197)   100% ->
253-311  (156176-156234)   100% ->
312-450  (157388-157526)   100% ->
451-616  (158203-158368)   100% ->
617-688  (160825-160896)   100% ->
689-871  (191465-191647)   100% ->
872-996  (195030-195154)   100% ->
997-1060  (227989-228052)   100% ->
1061-1138  (230146-230223)   100% ->
1139-1278  (242050-242189)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAAAAGCAAAGTTGACAACCAGTTCTACAGTGTGGAAGTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAAAAGCAAAGTTGACAACCAGTTCTACAGTGTGGAAGTGGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAACCTTCACAGTTCTCAAGCGCTACCAGAATCTAAAGCCTATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAACCTTCACAGTTCTCAAGCGCTACCAGAATCTAAAGCCTATTGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGGGCTCAGGGCATAGTTTG         TGCCGCGTATGATGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 CTGGGGCTCAGGGCATAGTTTGGTA...CAGTGCCGCGTATGATGCTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGACAGAAATGTGGCCATTAAGAAGCTCAGCAGACCCTTTCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152087 CTTGACAGAAATGTGGCCATTAAGAAGCTCAGCAGACCCTTTCAGAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACACATGCCAAGAGAGCGTACCGGGAGCTGGTCCTCATGAAGTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152137 AACACATGCCAAGAGAGCGTACCGGGAGCTGGTCCTCATGAAGTGTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCATAAAAAC         ATTATTAGTTTATTAAATGTCTTCACACCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 152187 ACCATAAAAACGTG...CAGATTATTAGTTTATTAAATGTCTTCACACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAAAACGCTGGAGGAGTTCCAAGATGT         TTACTTAGTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 156206 CAGAAAACGCTGGAGGAGTTCCAAGATGTGTA...TAGTTACTTAGTAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAACTGATGGATGCCAACTTATGTCAAGTGATTCAGATGGAATTAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157400 GGAACTGATGGATGCCAACTTATGTCAAGTGATTCAGATGGAATTAGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAGCGAATGTCTTACCTGCTGTACCAAATGTTGTGTGGCATTAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157450 ATGAGCGAATGTCTTACCTGCTGTACCAAATGTTGTGTGGCATTAAGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCCATTCTGCTGGAATTATTCACAGG         GATTTAAAACCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 157500 CTCCATTCTGCTGGAATTATTCACAGGGTA...TAGGATTTAAAACCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAACATTGTAGTCAAGTCTGATTGCACATTGAAAATCCTGGACTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158217 TAACATTGTAGTCAAGTCTGATTGCACATTGAAAATCCTGGACTTTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGCCAGGACAGCAGGCACAAGCTTCATGATGACTCCATATGTGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158267 TGGCCAGGACAGCAGGCACAAGCTTCATGATGACTCCATATGTGGTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGTTATTACAGAGCCCCTGAGGTCATCCTGGGGATGGGCTACAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158317 CGTTATTACAGAGCCCCTGAGGTCATCCTGGGGATGGGCTACAAGGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CG         TGGATATATGGTCTGTGGGATGCATTATGGGAGAAATGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158367 CGGTA...TAGTGGATATATGGTCTGTGGGATGCATTATGGGAGAAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCGCCACAAAATCCTCTTTCCAGGAAGGGACT         ATATTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 160864 TTCGCCACAAAATCCTCTTTCCAGGAAGGGACTGTA...CAGATATTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGTGGAATAAGGTAATTGAACAACTAGGAACACCATGTCCAGAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191473 CAGTGGAATAAGGTAATTGAACAACTAGGAACACCATGTCCAGAATTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAGAAATTGCAACCCACAGTAAGAAACTATGTGGAGAATCGGCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191523 GAAGAAATTGCAACCCACAGTAAGAAACTATGTGGAGAATCGGCCCAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGCGGGACTCACCTTCCCCAAACTCTTCCCAGATTCCCTCTTCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191573 ATGCGGGACTCACCTTCCCCAAACTCTTCCCAGATTCCCTCTTCCCAGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTCCGAGCACAATAAACTCAAAG         CCAGCCAAGCCAGGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 191623 GACTCCGAGCACAATAAACTCAAAGGTA...CAGCCAGCCAAGCCAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTGTTGTCAAAGATGCTAGTGATTGACCCAGCAAAAAGAATATCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195046 CTTGTTGTCAAAGATGCTAGTGATTGACCCAGCAAAAAGAATATCAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGACGCCTTACAGCATCCCTACATCAACGTCTGGTATGACCCAGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195096 ACGACGCCTTACAGCATCCCTACATCAACGTCTGGTATGACCCAGCCGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGGAGGCG         CCTCCACCTCAGATATATGACAAGCAGTTGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 195146 GTGGAGGCGGTA...CAGCCTCCACCTCAGATATATGACAAGCAGTTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAAAGAGAACACACAATTGAAGAATGGAAAG         AACTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 228021 TGAAAGAGAACACACAATTGAAGAATGGAAAGGTA...CAGAACTTATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAAGGAAGTAATGAATTCAGAAGAAAAGACTAAAAATGGTGTAGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230155 ACAAGGAAGTAATGAATTCAGAAGAAAAGACTAAAAATGGTGTAGTAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGACAGCCTTCTCCTTCAG         GTGCAGCAGTGAACAGCAGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 230205 GGACAGCCTTCTCCTTCAGGTA...CAGGTGCAGCAGTGAACAGCAGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GAGTCTCCCTCCATCCTCGTCTGTCAATGACATCTCCTCCATGTCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242072 GAGTCTCCCTCCATCCTCGTCTGTCAATGACATCTCCTCCATGTCCACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACCAGACCCTGGCATCTGACACTGACAGCAGCCTGGAAGCCTCGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242122 ACCAGACCCTGGCATCTGACACTGACAGCAGCCTGGAAGCCTCGGCAGGA

   1350     .    :    .
   1261 CCCCTGGGTTGTTGCAGG
        ||||||||||||||||||
 242172 CCCCTGGGTTGTTGCAGG