seq1 = pF1KB9000.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB9000/gi568815586r_63047362.tfa (gi568815586r:63047362_63250836), 203475 bp

>pF1KB9000 1254
>gi568815586r:63047362_63250836 (Chr12)

(complement)

1-970  (100001-100970)   99% ->
971-1254  (103192-103475)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTCTCTCCGCCGGTCCCGACGCGGGGCCCTCGGGCAACTCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTCTCTCCGCCGGTCCCGACGCGGGGCCCTCGGGCAACTCCAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGGTGGCCTCTGGCCACCGGCGCTGGCAACACAAGCCGGGAGGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGGTGGCCTCTGGCCACCGGCGCTGGCAACACAAGCCGGGAGGCCGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTCGGGGAGGGCAACGGCCCACCGAGGGACGTGCGCAACGAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTCGGGGAGGGCAACGGCCCACCGAGGGACGTGCGCAACGAGGAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAAACTGGAGATCGCCGTGCTGGCGGTGACTTTCGCGGTGGCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAAACTGGAGATCGCCGTGCTGGCGGTGACTTTCGCGGTGGCCGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCAACAGCAGCGTACTGCTGGCTCTGCACCGGACGCCGCGCAAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCAACAGCAGCGTACTGCTGGCTCTGCACCGGACGCCGCGCAAGACGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCGCATGCACCTCTTCATCCGACACCTCAGCCTGGCCGACCTGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCGCATGCACCTCTTCATCCGACACCTCAGCCTGGCCGACCTGGCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCATTCTTCCAGGTGCTGCCGCAAATGTGCTGGGACATCACCTACCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCATTCTTCCAGGTGCTGCCGCAAATGTGCTGGGACATCACCTACCGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGCGGCCCCGACTGGCTGTGCCGCGTGGTGAAGCACCTGCAGGTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGCGGCCCCGACTGGCTGTGCCGCGTGGTGAAGCACCTGCAGGTGTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATGTTCGCGTCGGCCTACATGCTGGTAGTCATGACAGCCGACCGCTAC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATGTTTGCGTCGGCCTACATGCTGGTAGTCATGACAGCCGACCGCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCGCGGTGTGCCACCCGCTCAAGACTCTGCAACAGCCCGCGCGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCGCGGTGTGCCACCCGCTCAAGACTCTGCAACAGCCCGCGCGCCGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGCCTCATGATCGCGGCCGCCTGGGTGCTGAGCTTCGTGCTGAGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCGCCTCATGATCGCGGCCGCCTGGGTGCTGAGCTTCGTGCTGAGCACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCAGTACTTCGTCTTCTCCATGATCGAGGTGAACAATGTCACCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCAGTACTTCGTCTTCTCCATGATCGAGGTGAACAATGTCACCAAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCGACTGCTGGGCCACCTTCATCCAGCCCTGGGGTTCTCGTGCCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCGACTGCTGGGCCACCTTCATCCAGCCCTGGGGTTCTCGTGCCTACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GACCTGGATGACGGGCGGCATCTTTGTGGCGCCCGTGGTCATCTTGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GACCTGGATGACGGGCGGCATCTTTGTGGCGCCCGTGGTCATCTTGGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTGCTACGGCTTCATCTGCTACAACATCTGGTGCAACGTCCGCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTGCTACGGCTTCATCTGCTACAACATCTGGTGCAACGTCCGCGGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACGGCGTCGCGCCAGAGCAAGGGTGCAGAGCAAGCGGGTGTGGCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACGGCGTCGCGCCAGAGCAAGGGTGCAGAGCAAGCGGGTGTGGCCTTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAAGGGGTTCCTGCTCGCACCCTGTGTCAGCAGCGTGAAGTCCATTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAAGGGGTTCCTGCTCGCACCCTGTGTCAGCAGCGTGAAGTCCATTTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGGCCAAGATCCGCACGGTGAAGATGACTTTTGTGATCGTGACGGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGGCCAAGATCCGCACGGTGAAGATGACTTTTGTGATCGTGACGGCTTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCGTCTGCTGGGCGCCTTTCTTCATCATCCAGATGTGGTCTGTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCGTCTGCTGGGCGCCTTTCTTCATCATCCAGATGTGGTCTGTCTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCCCATGTCCGTCTGGACCG         AATCGGAAAACCCTACCATCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100951 TCCCATGTCCGTCTGGACCGGTA...CAGAATCGGAAAACCCTACCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCATCACTGCATTACTGGGTTCCTTGAATAGCTGCTGTAATCCCTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103213 CCATCACTGCATTACTGGGTTCCTTGAATAGCTGCTGTAATCCCTGGATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TACATGTTTTTTAGTGGCCATCTCCTTCAAGACTGTGTTCAAAGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103263 TACATGTTTTTTAGTGGCCATCTCCTTCAAGACTGTGTTCAAAGCTTCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ATGCTGCCAAAACATGAAGGAAAAATTCAACAAAGAAGATACTGACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103313 ATGCTGCCAAAACATGAAGGAAAAATTCAACAAAGAAGATACTGACAGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGAGCAGAAGACAGACTTTTTATTCTAACAATCGAAGCCCAACAAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103363 TGAGCAGAAGACAGACTTTTTATTCTAACAATCGAAGCCCAACAAACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ACGGGTATGTGGAAGGACTCGCCTAAATCTTCCAAGTCCATCAAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103413 ACGGGTATGTGGAAGGACTCGCCTAAATCTTCCAAGTCCATCAAATTCAT

   1250     .    :
   1242 TCCTGTTTCAACT
        |||||||||||||
 103463 TCCTGTTTCAACT