seq1 = pF1KB8998.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB8998/gi568815576f_24333405.tfa (gi568815576f:24333405_24541486), 208082 bp

>pF1KB8998 1236
>gi568815576f:24333405_24541486 (Chr22)

1-332  (100001-100332)   100% ->
333-1236  (107179-108082)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCATCATGGGCTCCTCGGTGTACATCACGGTGGAGCTGGCCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCATCATGGGCTCCTCGGTGTACATCACGGTGGAGCTGGCCATTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGCTGGCCATCCTGGGCAATGTGCTGGTGTGCTGGGCCGTGTGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGCTGGCCATCCTGGGCAATGTGCTGGTGTGCTGGGCCGTGTGGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGCAACCTGCAGAACGTCACCAACTACTTTGTGGTGTCACTGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGCAACCTGCAGAACGTCACCAACTACTTTGTGGTGTCACTGGCGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGACATCGCAGTGGGTGTGCTCGCCATCCCCTTTGCCATCACCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGACATCGCAGTGGGTGTGCTCGCCATCCCCTTTGCCATCACCATCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCGGGTTCTGCGCTGCCTGCCACGGCTGCCTCTTCATTGCCTGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCGGGTTCTGCGCTGCCTGCCACGGCTGCCTCTTCATTGCCTGCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGGTCCTCACGCAGAGCTCCATCTTCAGTCTCCTGGCCATCGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGGTCCTCACGCAGAGCTCCATCTTCAGTCTCCTGGCCATCGCCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACCGCTACATTGCCATCCGCATCCCGCTCCG         GTACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100301 GACCGCTACATTGCCATCCGCATCCCGCTCCGGTG...CAGGTACAATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTGGTGACCGGCACGAGGGCTAAGGGCATCATTGCCATCTGCTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107188 CTTGGTGACCGGCACGAGGGCTAAGGGCATCATTGCCATCTGCTGGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTCGTTTGCCATCGGCCTGACTCCCATGCTAGGTTGGAACAACTGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107238 TGTCGTTTGCCATCGGCCTGACTCCCATGCTAGGTTGGAACAACTGCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGCCAAAGGAGGGCAAGAACCACTCCCAGGGCTGCGGGGAGGGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107288 CAGCCAAAGGAGGGCAAGAACCACTCCCAGGGCTGCGGGGAGGGCCAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCTGTCTCTTTGAGGATGTGGTCCCCATGAACTACATGGTGTACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107338 GGCCTGTCTCTTTGAGGATGTGGTCCCCATGAACTACATGGTGTACTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTTCTTTGCCTGTGTGCTGGTGCCCCTGCTGCTCATGCTGGGTGTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107388 ACTTCTTTGCCTGTGTGCTGGTGCCCCTGCTGCTCATGCTGGGTGTCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGCGGATCTTCCTGGCGGCGCGACGACAGCTGAAGCAGATGGAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107438 TTGCGGATCTTCCTGGCGGCGCGACGACAGCTGAAGCAGATGGAGAGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCTCTGCCGGGGGAGCGGGCACGGTCCACACTGCAGAAGGAGGTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107488 GCCTCTGCCGGGGGAGCGGGCACGGTCCACACTGCAGAAGGAGGTCCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGCCAAGTCACTGGCCATCATTGTGGGGCTCTTTGCCCTCTGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107538 CTGCCAAGTCACTGGCCATCATTGTGGGGCTCTTTGCCCTCTGCTGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCCTACACATCATCAACTGCTTCACTTTCTTCTGCCCCGACTGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107588 CCCCTACACATCATCAACTGCTTCACTTTCTTCTGCCCCGACTGCAGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CGCCCCTCTCTGGCTCATGTACCTGGCCATCGTCCTCTCCCACACCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107638 CGCCCCTCTCTGGCTCATGTACCTGGCCATCGTCCTCTCCCACACCAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGTTGTGAATCCCTTCATCTACGCCTACCGTATCCGCGAGTTCCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107688 CGGTTGTGAATCCCTTCATCTACGCCTACCGTATCCGCGAGTTCCGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACCTTCCGCAAGATCATTCGCAGCCACGTCCTGAGGCAGCAAGAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107738 ACCTTCCGCAAGATCATTCGCAGCCACGTCCTGAGGCAGCAAGAACCTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAGGCAGCTGGCACCAGTGCCCGGGTCTTGGCAGCTCATGGCAGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107788 CAAGGCAGCTGGCACCAGTGCCCGGGTCTTGGCAGCTCATGGCAGTGACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GAGAGCAGGTCAGCCTCCGTCTCAACGGCCACCCGCCAGGAGTGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107838 GAGAGCAGGTCAGCCTCCGTCTCAACGGCCACCCGCCAGGAGTGTGGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AACGGCAGTGCTCCCCACCCTGAGCGGAGGCCCAATGGCTACGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 107888 AACGGCAGTGCTCCCCACCCTGAGCGGAGGCCCAATGGCTATGCCCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GCTGGTGAGTGGAGGGAGTGCCCAAGAGTCCCAGGGGAACACGGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107938 GCTGGTGAGTGGAGGGAGTGCCCAAGAGTCCCAGGGGAACACGGGCCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGACGTGGAGCTCCTTAGCCATGAGCTCAAGGGAGTGTGCCCAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107988 CAGACGTGGAGCTCCTTAGCCATGAGCTCAAGGGAGTGTGCCCAGAGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1192 CCTGGCCTAGATGACCCCCTGGCCCAGGATGGAGCAGGAGTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108038 CCTGGCCTAGATGACCCCCTGGCCCAGGATGGAGCAGGAGTGTCC