seq1 = pF1KB8993.tfa, 1203 bp
seq2 = pF1KB8993/gi568815574f_18446788.tfa (gi568815574f:18446788_18648468), 201681 bp

>pF1KB8993 1203
>gi568815574f:18446788_18648468 (ChrY)

1-513  (100001-100513)   100% ->
514-1203  (100992-101681)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACATGTTTCTTCAGAAACTCAAGATGTTTCCCCCAAAGATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACATGTTTCTTCAGAAACTCAAGATGTTTCCCCCAAAGATGAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACTGCTTCAGAAGCCTCCACTAGGTCTCCATTGTGTGAACACACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACTGCTTCAGAAGCCTCCACTAGGTCTCCATTGTGTGAACACACCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGGGACTCAGACTTACGGTCAATGATTGAAGAACATGCTTTTCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGGGACTCAGACTTACGGTCAATGATTGAAGAACATGCTTTTCAGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGTCACAAGGATCCTTGTTAGAAAGTCCAAGTTACACAGTTTGTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGTCACAAGGATCCTTGTTAGAAAGTCCAAGTTACACAGTTTGTGTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGCCAGATAAAGATGATGATTTTCTTTCTCTGAACTTTCCCAGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAGCCAGATAAAGATGATGATTTTCTTTCTCTGAACTTTCCCAGGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTGGAAAATAGTGGAAAGTGACCAATTCAAGTCTATTTCATGGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTGGAAAATAGTGGAAAGTGACCAATTCAAGTCTATTTCATGGGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATGGAACTTGCATAGTGATTAATGAAGAACTCTTCAAGAAAGAAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATGGAACTTGCATAGTGATTAATGAAGAACTCTTCAAGAAAGAAATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAAACAAAGGCTCCTTACAGAATATTTCAAACTGATGCTATCAAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAAACAAAGGCTCCTTACAGAATATTTCAAACTGATGCTATCAAAAGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGTTCGACAGCTCAACCTTTATGGATTTAGTAAAATTCAACAGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGTTCGACAGCTCAACCTTTATGGATTTAGTAAAATTCAACAGAATTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAAAGATCTGCCTTTCTAGCCACCTTTCTGTCAGAAGAGAAAGAATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAAAGATCTGCCTTTCTAGCCACCTTTCTGTCAGAAGAGAAAGAATCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGTCTTAAGCAAG         TTAAAGTTCTATTATAATCCAAATTTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGTCTTAAGCAAGGTA...TAGTTAAAGTTCTATTATAATCCAAATTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCGTGGCTATCCCCAACTTTTAGTAAGAGTGAAGAGAAGAATTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101020 AGCGTGGCTATCCCCAACTTTTAGTAAGAGTGAAGAGAAGAATTGGTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAAAATGCTTCACCTATATCTACTTTATTCAACGAAGATTTCAACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101070 AAAAATGCTTCACCTATATCTACTTTATTCAACGAAGATTTCAACAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCATTTTAGAGCAGGGGCTAACATGGAGAATCATAATTCTGCCTTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101120 GCATTTTAGAGCAGGGGCTAACATGGAGAATCATAATTCTGCCTTAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAAGCTAGTGAAGAAAGTTTATTTTCAGCCTCTAAAAATTTAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101170 CTGAAGCTAGTGAAGAAAGTTTATTTTCAGCCTCTAAAAATTTAAATATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCTCTAACAAGGGAATCTTCTGTCAGACAGATAATTGCAAATTCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101220 CCTCTAACAAGGGAATCTTCTGTCAGACAGATAATTGCAAATTCATCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCCCATTAGAAGTGGTTTCCCTCCTCCTTCACCTTCAACCTCAGTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101270 CCCCATTAGAAGTGGTTTCCCTCCTCCTTCACCTTCAACCTCAGTTGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CATCAGAACAAATTGCAACAGATCAACATGCTATTTTAAATCAGTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101320 CATCAGAACAAATTGCAACAGATCAACATGCTATTTTAAATCAGTTGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACTATTCATATGCACTCTCATAGTACCTACATGCAAGCAAGGGGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101370 ACTATTCATATGCACTCTCATAGTACCTACATGCAAGCAAGGGGCCACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTGAATTTTATTACAACCACAACTTCTCAATACCACATCATATCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101420 TGTGAATTTTATTACAACCACAACTTCTCAATACCACATCATATCTCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TACAAAATGGTTATTTTGGGCTGACAGTGGAACCATCTGCTGTTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101470 TACAAAATGGTTATTTTGGGCTGACAGTGGAACCATCTGCTGTTCCCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGATATCCTCTGGTATCAGTCAATGAGGCTCCATATCGTAACATGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101520 CGATATCCTCTGGTATCAGTCAATGAGGCTCCATATCGTAACATGCTACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AGCAGGCAACCCGTGGTTGCAAATGCCTACGATCGCTGATAGATCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101570 AGCAGGCAACCCGTGGTTGCAAATGCCTACGATCGCTGATAGATCAGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCCCTCATTCCAGGCTAGCTCTTCAACCATCACCACTGGACAAATATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101620 CCCCTCATTCCAGGCTAGCTCTTCAACCATCACCACTGGACAAATATCAC

   1200     .    :
   1192 CCTAATTACAAC
        ||||||||||||
 101670 CCTAATTACAAC