seq1 = pF1KB8978.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KB8978/gi568815595f_46257528.tfa (gi568815595f:46257528_46459857), 202330 bp

>pF1KB8978 1122
>gi568815595f:46257528_46459857 (Chr3)

1-941  (100001-100941)   100% ->
942-1122  (102150-102330)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCACATCTCGTTCTCGGTTTATCAGAAATACCAACGAGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTCCACATCTCGTTCTCGGTTTATCAGAAATACCAACGAGAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGAAGTCACCACCTTTTTTGATTATGATTACGGTGCTCCCTGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGAAGTCACCACCTTTTTTGATTATGATTACGGTGCTCCCTGTCATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTTGACGTGAAGCAAATTGGGGCCCAACTCCTGCCTCCGCTCTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTTGACGTGAAGCAAATTGGGGCCCAACTCCTGCCTCCGCTCTACTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGTGTTCATCTTTGGTTTTGTGGGCAACATGCTGGTCGTCCTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGTGTTCATCTTTGGTTTTGTGGGCAACATGCTGGTCGTCCTCATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATAAACTGCAAAAAGCTGAAGTGCTTGACTGACATTTACCTGCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATAAACTGCAAAAAGCTGAAGTGCTTGACTGACATTTACCTGCTCAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCCATCTCTGATCTGCTTTTTCTTATTACTCTCCCATTGTGGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCCATCTCTGATCTGCTTTTTCTTATTACTCTCCCATTGTGGGCTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTGCTGCAAATGAGTGGGTCTTTGGGAATGCAATGTGCAAATTATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTGCTGCAAATGAGTGGGTCTTTGGGAATGCAATGTGCAAATTATTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGGGCTGTATCACATCGGTTATTTTGGCGGAATCTTCTTCATCATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGGGCTGTATCACATCGGTTATTTTGGCGGAATCTTCTTCATCATCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGACAATCGATAGATACCTGGCTATTGTCCATGCTGTGTTTGCTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGACAATCGATAGATACCTGGCTATTGTCCATGCTGTGTTTGCTTTAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAGGACGGTCACCTTTGGGGTGGTGACAAGTGTGATCACCTGGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAGGACGGTCACCTTTGGGGTGGTGACAAGTGTGATCACCTGGTTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCTGTGTTTGCTTCTGTCCCAGGAATCATCTTTACTAAATGCCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCTGTGTTTGCTTCTGTCCCAGGAATCATCTTTACTAAATGCCAGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGATTCTGTTTATGTCTGTGGCCCTTATTTTCCACGAGGATGGAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGATTCTGTTTATGTCTGTGGCCCTTATTTTCCACGAGGATGGAATAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCCACACAATAATGAGGAACATTTTGGGGCTGGTCCTGCCGCTGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCCACACAATAATGAGGAACATTTTGGGGCTGGTCCTGCCGCTGCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGGTCATCTGCTACTCGGGAATCCTGAAAACCCTGCTTCGGTGTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGGTCATCTGCTACTCGGGAATCCTGAAAACCCTGCTTCGGTGTCGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGAGAAGAAGAGGCATAGGGCAGTGAGAGTCATCTTCACCATCATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGAGAAGAAGAGGCATAGGGCAGTGAGAGTCATCTTCACCATCATGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTTTACTTTCTCTTCTGGACTCCCTATAATATTGTCATTCTCCTGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTTTACTTTCTCTTCTGGACTCCCTATAATATTGTCATTCTCCTGAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCCAGGAATTCTTCGGCCTGAGTAACTGTGAAAGCACCAGTCAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCCAGGAATTCTTCGGCCTGAGTAACTGTGAAAGCACCAGTCAACTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCAAGCCACGCAGGTGACAGAGACTCTTGGGATGACTCACTGCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCAAGCCACGCAGGTGACAGAGACTCTTGGGATGACTCACTGCTGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AATCCCATCATCTATGCCTTCGTTGGGGAGAAGTTCAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100901 AATCCCATCATCTATGCCTTCGTTGGGGAGAAGTTCAGAAGGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTTTTTCACATAGCTCTTGGCTGTAGGATTGCCCCACTCCAAAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102150 CCTTTTTCACATAGCTCTTGGCTGTAGGATTGCCCCACTCCAAAAACCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGTGTGGAGGTCCAGGAGTGAGACCAGGAAAGAATGTGAAAGTGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102200 TGTGTGGAGGTCCAGGAGTGAGACCAGGAAAGAATGTGAAAGTGACTACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CAAGGACTCCTCGATGGTCGTGGAAAAGGAAAGTCAATTGGCAGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102250 CAAGGACTCCTCGATGGTCGTGGAAAAGGAAAGTCAATTGGCAGAGCCCC

   1100     .    :    .    :    .    :
   1092 TGAAGCCAGTCTTCAGGACAAAGAAGGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 102300 TGAAGCCAGTCTTCAGGACAAAGAAGGAGCC