seq1 = pF1KB8971.tfa, 1086 bp
seq2 = pF1KB8971/gi568815581r_42579556.tfa (gi568815581r:42579556_42780620), 201065 bp

>pF1KB8971 1086
>gi568815581r:42579556_42780620 (Chr17)

(complement)

1-24  (98798-98821)   100% ->
25-1086  (100004-101065)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACGGAGGCCACAGAGCAG         GTTTCCTGGGGCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  98798 ATGGGGACGGAGGCCACAGAGCAGGTG...CAGGTTTCCTGGGGCCATTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTCTGGGGATGAAGAGGACGCATACTCGGCTGAGCCACTGCCGGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 CTCTGGGGATGAAGAGGACGCATACTCGGCTGAGCCACTGCCGGAGCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTACAAGGCCGATGTCCAGGCCTTCAGCCGGGCCTTCCAACCCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 GCTACAAGGCCGATGTCCAGGCCTTCAGCCGGGCCTTCCAACCCAGTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCTGACCGTGGCTGCGCTGGGTCTGGCCGGCAATGGCCTGGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 TCCCTGACCGTGGCTGCGCTGGGTCTGGCCGGCAATGGCCTGGTCCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCCACCTGGCAGCCCGACGCGCAGCGCGCTCGCCCACCTCTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 CACCCACCTGGCAGCCCGACGCGCAGCGCGCTCGCCCACCTCTGCCCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCTCCAGCTGGCCCTGGCCGACCTCTTGCTGGCCCTGACTCTGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100221 TGCTCCAGCTGGCCCTGGCCGACCTCTTGCTGGCCCTGACTCTGCCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCGGCAGCAGGGGCTCTTCAGGGCTGGAGTCTGGGAAGTGCCACCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 GCGGCAGCAGGGGCTCTTCAGGGCTGGAGTCTGGGAAGTGCCACCTGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACCATCTCTGGCCTCTACTCGGCCTCCTTCCACGCCGGCTTCCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 CACCATCTCTGGCCTCTACTCGGCCTCCTTCCACGCCGGCTTCCTCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCCTGTATCAGCGCCGACCGCTACGTGGCCATCGCGCGAGCGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 TGGCCTGTATCAGCGCCGACCGCTACGTGGCCATCGCGCGAGCGCTCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCGGGCCGCGGCCCTCCACTCCCGGCCGCGCACACTTGGTCTCCGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100421 GCCGGGCCGCGGCCCTCCACTCCCGGCCGCGCACACTTGGTCTCCGTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTGTGGCTGCTGTCACTGCTCCTGGCGCTGCCTGCGCTGCTCTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100471 CGTGTGGCTGCTGTCACTGCTCCTGGCGCTGCCTGCGCTGCTCTTCAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGATGGGCAGCGGGAAGGCCAACGACGCTGTCGCCTCATCTTCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100521 AGGATGGGCAGCGGGAAGGCCAACGACGCTGTCGCCTCATCTTCCCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCCTCACGCAGACGGTGAAGGGGGCGAGCGCCGTGGCGCAGGTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100571 GGCCTCACGCAGACGGTGAAGGGGGCGAGCGCCGTGGCGCAGGTGGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGCTTCGCGCTGCCGCTGGGCGTCATGGTAGCCTGCTACGCGCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100621 GGGCTTCGCGCTGCCGCTGGGCGTCATGGTAGCCTGCTACGCGCTTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCGCACGCTGCTGGCCGCCAGGGGGCCCGAGCGCCGGCGTGCGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100671 GCCGCACGCTGCTGGCCGCCAGGGGGCCCGAGCGCCGGCGTGCGCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTCGTGGTGGCTCTGGTGGCGGCCTTCGTGGTGCTGCAGCTGCCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 GTCGTGGTGGCTCTGGTGGCGGCCTTCGTGGTGCTGCAGCTGCCCTACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTCGCCCTGCTGCTGGATACTGCCGATCTACTGGCTGCGCGCGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100771 CCTCGCCCTGCTGCTGGATACTGCCGATCTACTGGCTGCGCGCGAGCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTGCCCTGCCAGCAAACGCAAGGATGTCGCACTGCTGGTGACCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100821 GCTGCCCTGCCAGCAAACGCAAGGATGTCGCACTGCTGGTGACCAGCGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTGGCCCTCGCCCGCTGTGGCCTCAATCCCGTTCTCTACGCCTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100871 TTGGCCCTCGCCCGCTGTGGCCTCAATCCCGTTCTCTACGCCTTCCTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTGCGCTTCCGCCAGGACCTGCGGAGGCTGCTACGGGGTGGGAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100921 CCTGCGCTTCCGCCAGGACCTGCGGAGGCTGCTACGGGGTGGGAGCTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCTCAGGGCCTCAACCCCGCCGCGGCTGCCCCCGCCGGCCCCGCCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100971 CCTCAGGGCCTCAACCCCGCCGCGGCTGCCCCCGCCGGCCCCGCCTTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1042 TCCTGCTCAGCTCCCACGGAGACCCACAGTCTCTCCTGGGACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101021 TCCTGCTCAGCTCCCACGGAGACCCACAGTCTCTCCTGGGACAAC