seq1 = pF1KB8969.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KB8969/gi568815597f_78392744.tfa (gi568815597f:78392744_78636684), 243941 bp

>pF1KB8969 1077
>gi568815597f:78392744_78636684 (Chr1)

1-798  (100001-100798)   100% ->
799-1077  (143663-143941)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATGAACAATTCCAAACAGCTAGTGTCTCCTGCAGCTGCGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATGAACAATTCCAAACAGCTAGTGTCTCCTGCAGCTGCGCTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAAACACAACCTGCCAGACGGAAAACCGGCTTTCCGTATTTTTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCAAACACAACCTGCCAGACGGAAAACCGGCTTTCCGTATTTTTTTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAATCTTCATGACAGTGGGAATCTTGTCAAACAGCCTTGCCATCGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAATCTTCATGACAGTGGGAATCTTGTCAAACAGCCTTGCCATCGCCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCATGAAGGCATATCAGAGATTTAGACAGAAGTCCAAGGCATCGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCATGAAGGCATATCAGAGATTTAGACAGAAGTCCAAGGCATCGTTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTTTTGGCCAGTGGCCTGGTAATCACTGATTTCTTTGGCCATCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTTTTGGCCAGTGGCCTGGTAATCACTGATTTCTTTGGCCATCTCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGGAGCCATAGCAGTATTTGTATATGCTTCTGATAAAGAATGGATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGGAGCCATAGCAGTATTTGTATATGCTTCTGATAAAGAATGGATCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGACCAATCAAATGTCCTTTGCAGTATTTTTGGTATCTGCATGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGACCAATCAAATGTCCTTTGCAGTATTTTTGGTATCTGCATGGTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCTGGTCTGTGCCCACTTCTTCTAGGCAGTGTGATGGCCATTGAGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCTGGTCTGTGCCCACTTCTTCTAGGCAGTGTGATGGCCATTGAGCGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTATTGGAGTCACAAAACCAATATTTCATTCTACGAAAATTACATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTATTGGAGTCACAAAACCAATATTTCATTCTACGAAAATTACATCCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CATGTGAAAATGATGTTAAGTGGTGTGTGCTTGTTTGCTGTTTTCATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CATGTGAAAATGATGTTAAGTGGTGTGTGCTTGTTTGCTGTTTTCATAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTGCTGCCCATCCTTGGACATCGAGACTATAAAATTCAGGCGTCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTGCTGCCCATCCTTGGACATCGAGACTATAAAATTCAGGCGTCGAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTGGTGTTTCTACAACACAGAAGACATCAAAGACTGGGAAGATAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTGGTGTTTCTACAACACAGAAGACATCAAAGACTGGGAAGATAGATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TATCTTCTACTTTTTTCTTTTCTGGGGCTCTTAGCCCTTGGTGTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TATCTTCTACTTTTTTCTTTTCTGGGGCTCTTAGCCCTTGGTGTTTCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTTGTGCAATGCAATCACAGGAATTACACTTTTAAGAGTTAAATTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTTGTGCAATGCAATCACAGGAATTACACTTTTAAGAGTTAAATTTAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTCAGCAGCACAGACAAGGCAGATCTCATCATTTGGAAATGGTAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTCAGCAGCACAGACAAGGCAGATCTCATCATTTGGAAATGGTAATCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCCTGGCGATAATGTGTGTCTCCTGTATTTGTTGGAGCCCATTTCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100751 CTCCTGGCGATAATGTGTGTCTCCTGTATTTGTTGGAGCCCATTTCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799        GTTACAATGGCCAACATTGGAATAAATGGAAATCATTCTCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 A...TAGGTTACAATGGCCAACATTGGAATAAATGGAAATCATTCTCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAACCTGTGAAACAACACTTTTTGCTCTCCGAATGGCAACATGGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143706 AAACCTGTGAAACAACACTTTTTGCTCTCCGAATGGCAACATGGAATCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCTTAGATCCTTGGGTATATATTCTTCTACGAAAGGCTGTCCTTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143756 ATCTTAGATCCTTGGGTATATATTCTTCTACGAAAGGCTGTCCTTAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCTCTATAAGCTTGCCAGTCAATGCTGTGGAGTGCATGTCATCAGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143806 TCTCTATAAGCTTGCCAGTCAATGCTGTGGAGTGCATGTCATCAGCTTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATATTTGGGAGCTTAGTTCCATTAAAAATTCCTTAAAGGTTGCTGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143856 ATATTTGGGAGCTTAGTTCCATTAAAAATTCCTTAAAGGTTGCTGCTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1042 TCTGAGTCACCAGTTGCAGAGAAATCAGCAAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143906 TCTGAGTCACCAGTTGCAGAGAAATCAGCAAGCACC