seq1 = pF1KB8967.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KB8967/gi568815595f_46308068.tfa (gi568815595f:46308068_46509111), 201044 bp

>pF1KB8967 1068
>gi568815595f:46308068_46509111 (Chr3)

1-24  (99604-99627)   100% ->
25-1068  (100001-101044)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCTACACCCGTTTCTTAAAA         GGCAGTCTGAAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  99604 ATGATCTACACCCGTTTCTTAAAAGTA...CAGGGCAGTCTGAAGATGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAATTACACGCTGGCACCAGAGGATGAATATGATGTCCTCATAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CAATTACACGCTGGCACCAGAGGATGAATATGATGTCCTCATAGAAGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACTGGAGAGCGATGAGGCAGAGCAATGTGACAAGTATGACGCCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 AACTGGAGAGCGATGAGGCAGAGCAATGTGACAAGTATGACGCCCAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCTCAGCCCAGCTGGTGCCATCACTCTGCTCTGCTGTGTTTGTGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 CTCTCAGCCCAGCTGGTGCCATCACTCTGCTCTGCTGTGTTTGTGATCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCCTGGACAATCTCCTGGTTGTGCTTATCCTGGTAAAATATAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100168 TGTCCTGGACAATCTCCTGGTTGTGCTTATCCTGGTAAAATATAAAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAACGCGTGGAAAATATCTATCTTCTAAACTTGGCAGTTTCTAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100218 TCAAACGCGTGGAAAATATCTATCTTCTAAACTTGGCAGTTTCTAACTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTTTCTTGCTTACCCTGCCCTTCTGGGCTCATGCTGGGGGCGATCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100268 TGTTTCTTGCTTACCCTGCCCTTCTGGGCTCATGCTGGGGGCGATCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTGTAAAATTCTCATTGGACTGTACTTCGTGGGCCTGTACAGTGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100318 GTGTAAAATTCTCATTGGACTGTACTTCGTGGGCCTGTACAGTGAGACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTTTCAATTGCCTTCTGACTGTGCAAAGGTACCTAGTGTTTTTGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 TTTTCAATTGCCTTCTGACTGTGCAAAGGTACCTAGTGTTTTTGCACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCAACTTTTTCTCAGCCAGGAGGAGGGTGCCCTGTGGCATCATTACAAG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100418 GGAAACTTTTTCTCAGCCAGGAGGAGGGTGCCCTGTGGCATCATTACAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTCCTGGCATGGGTAACAGCCATTCTGGCCACTTTGCCTGAATACGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100468 TGTCCTGGCATGGGTAACAGCCATTCTGGCCACTTTGCCTGAATTCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTATAAACCTCAGATGGAAGACCAGAAATACAAGTGTGCATTTAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100518 TTTATAAACCTCAGATGGAAGACCAGAAATACAAGTGTGCATTTAGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACTCCCTTCCTGCCAGCTGATGAGACATTCTGGAAGCATTTTCTGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100568 ACTCCCTTCCTGCCAGCTGATGAGACATTCTGGAAGCATTTTCTGACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AAAAATGAACATTTCGGTTCTTGTCCTCCCCCTATTTATTTTTACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 AAAAATGAACATTTCGGTTCTTGTCCTCCCCCTATTTATTTTTACATTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCTATGTGCAAATGAGAAAAACACTAAGGTTCAGGGAGCAGAGGTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 TCTATGTGCAAATGAGAAAAACACTAAGGTTCAGGGAGCAGAGGTATAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTTTTCAAGCTTGTTTTTGCCATAATGGTAGTCTTCCTTCTGATGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100718 CTTTTCAAGCTTGTTTTTGCCATAATGGTAGTCTTCCTTCTGATGTGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCCTACAATATTGCATTTTTCCTGTCCACTTTCAAAGAACACTTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 GCCCTACAATATTGCATTTTTCCTGTCCACTTTCAAAGAACACTTCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGAGTGACTGCAAGAGCAGCTACAATCTGGACAAAAGTGTTCACATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100818 TGAGTGACTGCAAGAGCAGCTACAATCTGGACAAAAGTGTTCACATCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAACTCATCGCCACCACCCACTGCTGCATCAACCCTCTCCTGTATGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 AAACTCATCGCCACCACCCACTGCTGCATCAACCCTCTCCTGTATGCGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCTTGATGGGACATTTAGCAAATACCTCTGCCGCTGTTTCCATCTGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100918 TCTTGATGGGACATTTAGCAAATACCTCTGCCGCTGTTTCCATCTGCGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTAACACCCCACTTCAACCCAGGGGGCAGTCTGCACAAGGCACATCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100968 GTAACACCCCACTTCAACCCAGGGGGCAGTCTGCACAAGGCACATCGAGG

   1050     .    :    .    :    .
   1042 GAAGAACCTGACCATTCCACCGAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||
 101018 GAAGAACCTGACCATTCCACCGAAGTG