seq1 = pF1KB8962.tfa, 1026 bp
seq2 = pF1KB8962/gi568815586f_53885260.tfa (gi568815586f:53885260_54089443), 204184 bp

>pF1KB8962 1026
>gi568815586f:53885260_54089443 (Chr12)

1-751  (100001-100751)   100% ->
752-1026  (103910-104184)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACATGCCCTCGCAATGTAACTCCGAACTCGTACGCGGAGCCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACATGCCCTCGCAATGTAACTCCGAACTCGTACGCGGAGCCCTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGCCCGGCGGAGGAGAGCGCTATAGCCGGAGCGCAGGCATGTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGCCCGGCGGAGGAGAGCGCTATAGCCGGAGCGCAGGCATGTATATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCTGGGAGTGACTTCAATTGCGGGGTGATGAGGGGCTGCGGGCTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCTGGGAGTGACTTCAATTGCGGGGTGATGAGGGGCTGCGGGCTCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTCGCTCTCCAAGAGGGACGAGGGCAGCAGCCCCAGCCTCGCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCTCGCTCTCCAAGAGGGACGAGGGCAGCAGCCCCAGCCTCGCCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCTATCCGTCCTACCTCTCGCAGCTGGACTCCTGGGGCGACCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCTATCCGTCCTACCTCTCGCAGCTGGACTCCTGGGGCGACCCCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGCCTATCGCCTGGAACAACCTGTTGGCAGGCCGCTGTCCTCCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGCCTATCGCCTGGAACAACCTGTTGGCAGGCCGCTGTCCTCCTGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACCCACCTAGTGTCAAGGAGGAGAATGTCTGCTGCATGTACAGCGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACCCACCTAGTGTCAAGGAGGAGAATGTCTGCTGCATGTACAGCGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGCGGGCGAAAAGTGGCCCCGAGGCAGCTCTCTACTCCCACCCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGCGGGCGAAAAGTGGCCCCGAGGCAGCTCTCTACTCCCACCCCTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGAGTCCTGCCTTGGGGAGCACGAGGTACCCGTGCCCAGCTACTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGAGTCCTGCCTTGGGGAGCACGAGGTACCCGTGCCCAGCTACTACCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAGCCCGAGCTACTCCGCGCTGGACAAGACGCCCCACTGTTCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAGCCCGAGCTACTCCGCGCTGGACAAGACGCCCCACTGTTCTGGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACGACTTCGAAGCCCCTTTCGAGCAGCGGGCCAGTCTCAACCCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACGACTTCGAAGCCCCTTTCGAGCAGCGGGCCAGTCTCAACCCGCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGAACATCTGGAATCGCCTCAGCTGGGGGGCAAAGTGAGTTTCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGAACATCTGGAATCGCCTCAGCTGGGGGGCAAAGTGAGTTTCCCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCCCCAAGTCCGACAGCCAGACCCCCAGCCCCAATGAAATCAAGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCCCCAAGTCCGACAGCCAGACCCCCAGCCCCAATGAAATCAAGACGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGAGCCTGGCGGGCCCTAAAGGGAGCCCCTCGGAGAGCGAAAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGAGCCTGGCGGGCCCTAAAGGGAGCCCCTCGGAGAGCGAAAAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGCCAAAGCTGCCGACTCCAGCCCAGACACCTCGGATAACGAAGCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGCCAAAGCTGCCGACTCCAGCCCAGACACCTCGGATAACGAAGCGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 G         AGGAGATAAAGGCAGAAAACACCACAGGAAATTGGCTGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GGTA...CAGAGGAGATAAAGGCAGAAAACACCACAGGAAATTGGCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGCAAAGAGCGGAAGGAAGAAGAGGTGCCCCTATACTAAACACCAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103950 AGCAAAGAGCGGAAGGAAGAAGAGGTGCCCCTATACTAAACACCAGACGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGAATTGGAGAAAGAATTTCTGTTCAATATGTATTTGACGCGAGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104000 TGGAATTGGAGAAAGAATTTCTGTTCAATATGTATTTGACGCGAGAGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCCTGGAGATTAGCAAGACCATTAACCTTACAGACAGACAAGTCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104050 CGCCTGGAGATTAGCAAGACCATTAACCTTACAGACAGACAAGTCAAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTGGTTTCAAAATCGCAGAATGAAACTCAAGAAAATGAACCGAGAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104100 CTGGTTTCAAAATCGCAGAATGAAACTCAAGAAAATGAACCGAGAGAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    992 GGATCCGGGAACTGACCTCCAATTTTAATTTCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104150 GGATCCGGGAACTGACCTCCAATTTTAATTTCACC