seq1 = pF1KB8956.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KB8956/gi568815594r_13441996.tfa (gi568815594r:13441996_13644414), 202419 bp

>pF1KB8956 999
>gi568815594r:13441996_13644414 (Chr4)

(complement)

1-466  (100001-100466)   99% ->
467-999  (101887-102419)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTGCGCGGCGCCAACACCTTGACGTCCTTCTCCATCCAGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTGCGCGGCGCCAACACCTTGACGTCCTTCTCCATCCAGGCGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCAACAAGAAAGAGGAGCGCGGCGGGCTGGCCGCGCCAGAGGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCAACAAGAAAGAGGAGCGCGGCGGGCTGGCCGCGCCAGAGGGGCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGCCCGGGGGCACAGCGGCATCGGTGGCCGCGGCTCCCGCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGCCCGGGGGCACAGCGGCATCGGTGGCCGCGGCTCCCGCTGTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTTGGCGGCTCTTTGGGGAGAGGGACGCGGGCGCGTTGGGGGGCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTTGGCGGCTCTTTGGGGAGAGGGACGCGGGCGCGTTGGGGGGCGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACTCTCTGCTGGCGTCTCCTGCCGGTACCAGAACAGCTGCGGGGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100201 GGACTCTCTGCTGGCGTCTCCTGCCGGTACCAGAACAGCTGCGGGGCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGCGGAGAGCCCGGAAGGCTGGGACTCGGACTCCGCGCTCAGCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGCGGAGAGCCCGGAAGGCTGGGACTCGGACTCCGCGCTCAGCGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACGAGAGCAGGCGGCGCTGCGCGGACGCGCGGGGGGCCAGCGGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACGAGAGCAGGCGGCGCTGCGCGGACGCGCGGGGGGCCAGCGGGGCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTTGCGGGGGGATCCTTGAGCCTCGGCCAGCCGGTCTGTGAGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTTGCGGGGGGATCCTTGAGCCTCGGCCAGCCGGTCTGTGAGCTGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTCCAAAGACCTAGAGGAGGAAGCCGCGGGCCGGAGCGACAGCGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTCCAAAGACCTAGAGGAGGAAGCCGCGGGCCGGAGCGACAGCGAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCGCCAGCGTCTCAG         GCGACCGCAGCCCAAGGACCGAGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCGCCAGCGTCTCAGGTC...CAGGCGACCGCAGCCCAAGGACCGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGACGGTGTTGGCCCCAGAGGTGCACACGTGTCCGCGCTGTGCAGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101912 CGACGGTGTTGGCCCCAGAGGTGCACACGTGTCCGCGCTGTGCAGCGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGGCGGCGGGGGCGGCAGCGGGCCGGCAGGCGTCGCGGAGGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101962 CCGGCGGCGGGGGCGGCAGCGGGCCGGCAGGCGTCGCGGAGGAGGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGCCGGCGGCGCCCAAGCCACGCAAGAAGCGCTCGCGGGCCGCTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 GAGCCGGCGGCGCCCAAGCCACGCAAGAAGCGCTCGCGGGCCGCTTTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACGCGCAGGTCTTCGAGCTGGAGCGCCGCTTTAACCACCAGCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102062 CCACGCGCAGGTCTTCGAGCTGGAGCGCCGCTTTAACCACCAGCGCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGTCCGGGCCCGAGCGCGCAGACCTGGCCGCGTCGCTGAAGCTCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102112 TGTCCGGGCCCGAGCGCGCAGACCTGGCCGCGTCGCTGAAGCTCACCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACGCAGGTGAAAATCTGGTTCCAGAACCGTCGCTACAAGACAAAGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102162 ACGCAGGTGAAAATCTGGTTCCAGAACCGTCGCTACAAGACAAAGCGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCAGATGGCAGCCGACCTGCTGGCCTCGGCGCCCGCCGCCAAGAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102212 GCAGATGGCAGCCGACCTGCTGGCCTCGGCGCCCGCCGCCAAGAAGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCGTAAAGGTGCTGGTGCGCGACGACCAGAGACAATACCTGCCCGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102262 CCGTAAAGGTGCTGGTGCGCGACGACCAGAGACAATACCTGCCCGGCGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGCTGCGGCCACCCTCGCTTCTGCCACTGCAGCCCTCCTACTATTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102312 GTGCTGCGGCCACCCTCGCTTCTGCCACTGCAGCCCTCCTACTATTACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTACTACTGCCTCCCAGGCTGGGCGCTCTCCACCTGCGCAGCTGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102362 GTACTACTGCCTCCCAGGCTGGGCGCTCTCCACCTGCGCAGCTGCCGCAG

   1000     .
    992 GCACCCAG
        ||||||||
 102412 GCACCCAG