seq1 = pF1KB8955.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KB8955/gi568815581f_15845249.tfa (gi568815581f:15845249_16075339), 230091 bp

>pF1KB8955 996
>gi568815581f:15845249_16075339 (Chr17)

1-335  (100001-100335)   100% ->
336-996  (129431-130091)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGGAGACACAGGACGCGCTGTACGTGGCGCTGGAGCTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTGGAGACACAGGACGCGCTGTACGTGGCGCTGGAGCTGGTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCGCTTTCGGTGGCGGGCAACGTGCTGGTGTGCGCCGCGGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCGCTTTCGGTGGCGGGCAACGTGCTGGTGTGCGCCGCGGTGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGAACACTCTGCAGACGCCCACCAACTACTTCCTGGTGTCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCGAACACTCTGCAGACGCCCACCAACTACTTCCTGGTGTCCCTGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGCCGACGTGGCCGTGGGGCTCTTCGCCATCCCCTTTGCCATCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGCCGACGTGGCCGTGGGGCTCTTCGCCATCCCCTTTGCCATCACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCTGGGCTTCTGCACTGACTTCTACGGCTGCCTCTTCCTCGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCTGGGCTTCTGCACTGACTTCTACGGCTGCCTCTTCCTCGCCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGTGCTGGTGCTCACGCAGAGCTCCATCTTCAGCCTTCTGGCCGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGTGCTGGTGCTCACGCAGAGCTCCATCTTCAGCCTTCTGGCCGTGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCGACAGATACCTGGCCATCTGTGTCCCGCTCAG         GTATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100301 GTCGACAGATACCTGGCCATCTGTGTCCCGCTCAGGTG...CAGGTATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAGTTTGGTCACGGGGACCCGAGCAAGAGGGGTCATTGCTGTCCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129437 AAGTTTGGTCACGGGGACCCGAGCAAGAGGGGTCATTGCTGTCCTCTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTTGCCTTTGGCATCGGATTGACTCCATTCCTGGGGTGGAACAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129487 TCCTTGCCTTTGGCATCGGATTGACTCCATTCCTGGGGTGGAACAGTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACAGTGCCACCAACAACTGCACAGAACCCTGGGATGGAACCACGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129537 GACAGTGCCACCAACAACTGCACAGAACCCTGGGATGGAACCACGAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAGCTGCTGCCTTGTGAAGTGTCTCTTTGAGAATGTGGTCCCCATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129587 AAGCTGCTGCCTTGTGAAGTGTCTCTTTGAGAATGTGGTCCCCATGAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACATGGTATATTTCAATTTCTTTGGGTGTGTTCTGCCCCCACTGCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129637 ACATGGTATATTTCAATTTCTTTGGGTGTGTTCTGCCCCCACTGCTTATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGCTGGTGATCTACATTAAGATCTTCCTGGTGGCCTGCAGGCAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129687 ATGCTGGTGATCTACATTAAGATCTTCCTGGTGGCCTGCAGGCAGCTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCGCACTGAGCTGATGGACCACTCGAGGACCACCCTCCAGCGGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129737 GCGCACTGAGCTGATGGACCACTCGAGGACCACCCTCCAGCGGGAGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGCAGCCAAGTCACTGGCCATGATTGTGGGGATTTTTGCCCTGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129787 ATGCAGCCAAGTCACTGGCCATGATTGTGGGGATTTTTGCCCTGTGCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTACCTGTGCATGCTGTTAACTGTGTCACTCTTTTCCAGCCAGCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129837 TTACCTGTGCATGCTGTTAACTGTGTCACTCTTTTCCAGCCAGCTCAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TAAAAATAAGCCCAAGTGGGCAATGAATATGGCCATTCTTCTGTCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129887 TAAAAATAAGCCCAAGTGGGCAATGAATATGGCCATTCTTCTGTCACATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCAATTCAGTTGTCAATCCCATTGTCTATGCTTACCGGAACCGAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129937 CCAATTCAGTTGTCAATCCCATTGTCTATGCTTACCGGAACCGAGACTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCTACACTTTTCACAAAATTATCTCCAGGTATCTTCTCTGCCAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129987 CGCTACACTTTTCACAAAATTATCTCCAGGTATCTTCTCTGCCAAGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGTCAAGAGTGGGAATGGTCAGGCTGGGGTACAGCCTGCTCTCGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130037 TGTCAAGAGTGGGAATGGTCAGGCTGGGGTACAGCCTGCTCTCGGTGTGG

   1000     .
    992 GCCTA
        |||||
 130087 GCCTA