seq1 = pF1KB8951.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KB8951/gi568815597f_203028842.tfa (gi568815597f:203028842_203265897), 237056 bp

>pF1KB8951 978
>gi568815597f:203028842_203265897 (Chr1)

1-341  (100001-100341)   100% ->
342-978  (136420-137056)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCCCTCCATCTCAGCTTTCCAGGCCGCCTACATCGGCATCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCCCTCCATCTCAGCTTTCCAGGCCGCCTACATCGGCATCGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCATCGCCCTGGTCTCTGTGCCCGGGAACGTGCTGGTGATCTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCATCGCCCTGGTCTCTGTGCCCGGGAACGTGCTGGTGATCTGGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGGTGAACCAGGCGCTGCGGGATGCCACCTTCTGCTTCATCGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGGTGAACCAGGCGCTGCGGGATGCCACCTTCTGCTTCATCGTGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCGGTGGCTGATGTGGCCGTGGGTGCCCTGGTCATCCCCCTCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCGGTGGCTGATGTGGCCGTGGGTGCCCTGGTCATCCCCCTCGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCATCAACATTGGGCCACAGACCTACTTCCACACCTGCCTCATGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCATCAACATTGGGCCACAGACCTACTTCCACACCTGCCTCATGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTGTCCGGTCCTCATCCTCACCCAGAGCTCCATCCTGGCCCTGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTGTCCGGTCCTCATCCTCACCCAGAGCTCCATCCTGGCCCTGCTGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTGCTGTGGACCGCTACCTCCGGGTCAAGATCCCTCTCCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100301 ATTGCTGTGGACCGCTACCTCCGGGTCAAGATCCCTCTCCGGTG...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTACAAGATGGTGGTGACCCCCCGGAGGGCGGCGGTGGCCATAGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136420 GTACAAGATGGTGGTGACCCCCCGGAGGGCGGCGGTGGCCATAGCCGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTGGATCCTCTCCTTCGTGGTGGGACTGACCCCTATGTTTGGCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136470 GCTGGATCCTCTCCTTCGTGGTGGGACTGACCCCTATGTTTGGCTGGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATCTGAGTGCGGTGGAGCGGGCCTGGGCAGCCAACGGCAGCATGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136520 AATCTGAGTGCGGTGGAGCGGGCCTGGGCAGCCAACGGCAGCATGGGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCCGTGATCAAGTGCGAGTTCGAGAAGGTCATCAGCATGGAGTACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136570 GCCCGTGATCAAGTGCGAGTTCGAGAAGGTCATCAGCATGGAGTACATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCTACTTCAACTTCTTTGTGTGGGTGCTGCCCCCGCTTCTCCTCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136620 TCTACTTCAACTTCTTTGTGTGGGTGCTGCCCCCGCTTCTCCTCATGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCATCTACCTGGAGGTCTTCTACCTAATCCGCAAGCAGCTCAACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136670 CTCATCTACCTGGAGGTCTTCTACCTAATCCGCAAGCAGCTCAACAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTGTCGGCCTCCTCCGGCGACCCGCAGAAGTACTATGGGAAGGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136720 GGTGTCGGCCTCCTCCGGCGACCCGCAGAAGTACTATGGGAAGGAGCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGATCGCCAAGTCGCTGGCCCTCATCCTCTTCCTCTTTGCCCTCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136770 AGATCGCCAAGTCGCTGGCCCTCATCCTCTTCCTCTTTGCCCTCAGCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGCCTTTGCACATCCTCAACTGCATCACCCTCTTCTGCCCGTCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136820 CTGCCTTTGCACATCCTCAACTGCATCACCCTCTTCTGCCCGTCCTGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAAGCCCAGCATCCTTACCTACATTGCCATCTTCCTCACGCACGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136870 CAAGCCCAGCATCCTTACCTACATTGCCATCTTCCTCACGCACGGCAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGCCATGAACCCCATTGTCTATGCCTTCCGCATCCAGAAGTTCCGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136920 CGGCCATGAACCCCATTGTCTATGCCTTCCGCATCCAGAAGTTCCGCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACCTTCCTTAAGATTTGGAATGACCATTTCCGCTGCCAGCCTGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136970 ACCTTCCTTAAGATTTGGAATGACCATTTCCGCTGCCAGCCTGCACCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .
    942 CATTGACGAGGATCTCCCAGAAGAGAGGCCTGATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137020 CATTGACGAGGATCTCCCAGAAGAGAGGCCTGATGAC