seq1 = pF1KB8950.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KB8950/gi568815593r_173132572.tfa (gi568815593r:173132572_173335083), 202512 bp

>pF1KB8950 972
>gi568815593r:173132572_173335083 (Chr5)

(complement)

1-334  (100001-100334)   100% ->
335-972  (101875-102512)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCCCAGCCCTGCTCTCACGCCCACGCCCTTCTCAGTCAAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCCCAGCCCTGCTCTCACGCCCACGCCCTTCTCAGTCAAAGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTAAACCTGGAACAGCAGCAGCGCAGCCTGGCTGCCGCCGGAGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTAAACCTGGAACAGCAGCAGCGCAGCCTGGCTGCCGCCGGAGAGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCCCGCCTGGAGGCGACCCTGGCGCCCTCCTCCTGCATGCTGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCCCGCCTGGAGGCGACCCTGGCGCCCTCCTCCTGCATGCTGGCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAAGCCAGAGGCCTACGCTGGGCCCGAGGCGGCTGCGCCGGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAAGCCAGAGGCCTACGCTGGGCCCGAGGCGGCTGCGCCGGGCCTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGCTGCGCGCAGAGCTGGGCCGCGCGCCTTCACCGGCCAAGTGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGCTGCGCGCAGAGCTGGGCCGCGCGCCTTCACCGGCCAAGTGTGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGCCTTTCCCGCCGCCCCCGCCTTCTATCCACGTGCCTACAGCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGCCTTTCCCGCCGCCCCCGCCTTCTATCCACGTGCCTACAGCGACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACCCAGCCAAGGACCCTAGAGCCGAAAAGAAAG         AGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100301 GACCCAGCCAAGGACCCTAGAGCCGAAAAGAAAGGTG...CAGAGCTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGCGCTGCAGAAGGCGGTGGAGCTGGAGAAGACAGAGGCGGACAACGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 CGCGCTGCAGAAGGCGGTGGAGCTGGAGAAGACAGAGGCGGACAACGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCGGCCCCGGGCGCGACGGCGGAGGAAGCCGCGCGTGCTCTTCTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101932 AGCGGCCCCGGGCGCGACGGCGGAGGAAGCCGCGCGTGCTCTTCTCGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCGCAGGTCTATGAGCTGGAGCGGCGCTTCAAGCAGCAGCGGTACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101982 GCGCAGGTCTATGAGCTGGAGCGGCGCTTCAAGCAGCAGCGGTACCTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCCCCGAACGCGACCAGCTGGCCAGCGTGCTGAAACTCACGTCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102032 GGCCCCCGAACGCGACCAGCTGGCCAGCGTGCTGAAACTCACGTCCACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGTCAAGATCTGGTTCCAGAACCGGCGCTACAAGTGCAAGCGGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102082 AGGTCAAGATCTGGTTCCAGAACCGGCGCTACAAGTGCAAGCGGCAGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGGACCAGACTCTGGAGCTGGTGGGGCTGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102132 CAGGACCAGACTCTGGAGCTGGTGGGGCTGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCCCGCAGGATCGCGGTGCCAGTGCTGGTGCGCGATGGCAAGCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102182 TGCCCGCAGGATCGCGGTGCCAGTGCTGGTGCGCGATGGCAAGCCATGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TAGGGGACTCGGCGCCCTACGCGCCTGCCTACGGCGTGGGCCTCAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102232 TAGGGGACTCGGCGCCCTACGCGCCTGCCTACGGCGTGGGCCTCAATCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TACGGTTATAACGCCTACCCCGCCTATCCGGGTTACGGCGGCGCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102282 TACGGTTATAACGCCTACCCCGCCTATCCGGGTTACGGCGGCGCGGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGCCCTGGCTACAGCTGCACTGCCGCTTACCCCGCCGGGCCTTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102332 CAGCCCTGGCTACAGCTGCACTGCCGCTTACCCCGCCGGGCCTTCCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGCAGCCGGCCACTGCCGCCGCCAACAACAACTTCGTGAACTTCGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102382 CGCAGCCGGCCACTGCCGCCGCCAACAACAACTTCGTGAACTTCGGCGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGGGACTTGAATGCGGTTCAGAGCCCCGGGATTCCGCAGAGCAACTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102432 GGGGACTTGAATGCGGTTCAGAGCCCCGGGATTCCGCAGAGCAACTCGGG

    950     .    :    .    :    .    :
    942 AGTGTCCACGCTGCATGGTATCCGAGCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 102482 AGTGTCCACGCTGCATGGTATCCGAGCCTGG