seq1 = pF1KB8949.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KB8949/gi568815595r_150642144.tfa (gi568815595r:150642144_150862849), 220706 bp

>pF1KB8949 972
>gi568815595r:150642144_150862849 (Chr3)

(complement)

1-417  (100001-100417)   100% ->
418-972  (120152-120706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCGCCCGTCCTCCACCGGCCCCAGCGCTAATAAACCCTGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCGCCCGTCCTCCACCGGCCCCAGCGCTAATAAACCCTGCAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGCCGCCGCAGCCCCAGCACACTCCGTCCCCGGCTGCGCCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCGCCGCCGCAGCCCCAGCACACTCCGTCCCCGGCTGCGCCCCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCGCCACCATCTCGGCTGCGGGCCCCGGCTCGTCCGCGGTGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCGCCACCATCTCGGCTGCGGGCCCCGGCTCGTCCGCGGTGCCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGCGGCGGTGATCTCGGGCCCCGGCGGCGGCGGCGGGGCCGGCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGCGGCGGTGATCTCGGGCCCCGGCGGCGGCGGCGGGGCCGGCCCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCCCGCAGCACCACGAGCTGACCTCGCTCTTCGAGTGTCCGGTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCCCGCAGCACCACGAGCTGACCTCGCTCTTCGAGTGTCCGGTCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGACTATGTCCTGCCTCCTATTCTGCAGTGCCAGGCCGGGCACCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGACTATGTCCTGCCTCCTATTCTGCAGTGCCAGGCCGGGCACCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGTAACCAATGCCGCCAGAAGTTGAGCTGCTGCCCGACGTGCAGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGTAACCAATGCCGCCAGAAGTTGAGCTGCTGCCCGACGTGCAGGGGCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGACGCCCAGCATCAGGAACCTGGCTATGGAGAAGGTGGCCTCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGACGCCCAGCATCAGGAACCTGGCTATGGAGAAGGTGGCCTCGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCTGTTTCCCTGTAAG         TATGCCACCACGGGCTGTTCCCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCTGTTTCCCTGTAAGGTA...CAGTATGCCACCACGGGCTGTTCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCCTGCACCATACGGAGAAACCAGAACATGAAGACATATGTGAATACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120176 ACCCTGCACCATACGGAGAAACCAGAACATGAAGACATATGTGAATACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCCCTACTCCTGCCCATGTCCTGGTGCTTCCTGCAAGTGGCAGGGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120226 TCCCTACTCCTGCCCATGTCCTGGTGCTTCCTGCAAGTGGCAGGGGTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGAAGCTGTGATGTCCCATCTCATGCACGCCCACAAGAGCATTACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120276 TGGAAGCTGTGATGTCCCATCTCATGCACGCCCACAAGAGCATTACCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTTCAGGGAGAAGACATCGTCTTTCTAGCTACAGACATTAACTTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120326 CTTCAGGGAGAAGACATCGTCTTTCTAGCTACAGACATTAACTTGCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCTGTCGACTGGGTGATGATGCAGTCATGTTTTGGCCATCACTTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120376 GGCTGTCGACTGGGTGATGATGCAGTCATGTTTTGGCCATCACTTCATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGTGCTGGAGAAACAAGAGAAGTACGAAGGCCACCAGCAGTTTTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120426 TGGTGCTGGAGAAACAAGAGAAGTACGAAGGCCACCAGCAGTTTTTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCGTCCTGCTCATTGGCACCCGCAAGCAAGCCGAGAACTTTGCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120476 ATCGTCCTGCTCATTGGCACCCGCAAGCAAGCCGAGAACTTTGCCTACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACTGGAGTTGAATGGGAACCGGCGGAGATTGACCTGGGAGGCCACGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120526 ACTGGAGTTGAATGGGAACCGGCGGAGATTGACCTGGGAGGCCACGCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTTCGATTCATGACGGTGTGGCTGCGGCCATCATGAACAGCGACTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120576 GTTCGATTCATGACGGTGTGGCTGCGGCCATCATGAACAGCGACTGCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTTTTCGACACAGCCATAGCACATCTTTTTGCAGATAATGGGAACCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120626 GTTTTCGACACAGCCATAGCACATCTTTTTGCAGATAATGGGAACCTTGG

    950     .    :    .    :    .    :
    942 AATCAATGTTACTATTTCTACATGTTGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 120676 AATCAATGTTACTATTTCTACATGTTGTCCA