seq1 = pF1KB8945.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KB8945/gi568815594f_54000345.tfa (gi568815594f:54000345_54201919), 201575 bp

>pF1KB8945 912
>gi568815594f:54000345_54201919 (Chr4)

1-574  (100001-100574)   99% ->
575-912  (101238-101575)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCGCTCCTTCTATGTCGACTCGCTCATCATCAAGGACACCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCGCTCCTTCTATGTCGACTCGCTCATCATCAAGGACACCTCACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGCGCCCTCGCTGCCTGAACCGCACCCCGGGCCGGATTTCTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGCGCCCTCGCTGCCTGAACCGCACCCCGGGCCGGATTTCTTCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTTGGCATGCCGCCCCCATTGGTGATGTCCGTGTCCGGCCCCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTTGGCATGCCGCCCCCATTGGTGATGTCCGTGTCCGGCCCCGGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGTCTCGCAAGAGCGGCGCGTTCTGCGTGTGCCCTCTCTGCGTCACTTC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGTCCCGCAAGAGCGGCGCGTTCTGCGTGTGCCCTCTCTGCGTCACTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACCTGCACTCCTCTCGGGGGTCTGTGGGCGCCGGCAGCGGGGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACCTGCACTCCTCTCGGGGGTCTGTGGGCGCCGGCAGCGGGGGCGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGCCGGGGTTACCGGGGCCGGAGGCAGTGGGGTGGCAGGGGCCGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGGCCGGGGTTACCGGGGCCGGAGGCAGTGGGGTGGCAGGGGCCGCAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCACTGCCTCTGCTTAAGAGCCAGTTCTCTTCGGCTCCTGGGGACGCGCA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCACTGCCTCTGCTTAAGGGCCAGTTCTCTTCGGCTCCTGGGGACGCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTTTGCCCGCGGGTGAACCATGCGCATCATCACCACCACCCGCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTTTGCCCGCGGGTGAACCATGCGCATCATCACCACCACCCGCCGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCACCACCACCATCATCAGCCCCAGCAGCCTGGCTCGGCCGCGGCGGCG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCACCATCACCATCATCAGCCCCAGCAGCCTGGCTCGGCCGCGGCGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCAGCAGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCCGCGGCGGCCTTGGGGCACCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCAGCAGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCCGCGGCGGCCTTGGGGCACCCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCACCACGCACCTGTCTGCACCGCCACCACCTACAACGTGGCGGACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCACCACGCACCTGTCTGCACCGCCACCACCTACAACGTGGCGGACCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGAGATTCCACTGCCTCACCATGG         GAGGCTCTGACGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100551 GGAGATTCCACTGCCTCACCATGGGTA...CAGGAGGCTCTGACGCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGGTACCCAATGGCAAGAGGATGAGGACGGCGTTCACTAGCACGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101255 CAGGTACCCAATGGCAAGAGGATGAGGACGGCGTTCACTAGCACGCAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGGAGCTGGAGAGAGAATTCTCTTCCAACATGTACCTGTCTCGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101305 CCTGGAGCTGGAGAGAGAATTCTCTTCCAACATGTACCTGTCTCGACTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGAGGATTGAAATCGCCACTTACCTGAACCTGTCGGAGAAGCAGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101355 GGAGGATTGAAATCGCCACTTACCTGAACCTGTCGGAGAAGCAGGTGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCTGGTTTCAGAACCGCCGAGTGAAGCACAAGAAGGAGGGGAAGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101405 ATCTGGTTTCAGAACCGCCGAGTGAAGCACAAGAAGGAGGGGAAGGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCAGAGGAACAGTCACGCGGGCTGCAAGTGCGTCGGGAGCCAGGTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101455 GCAGAGGAACAGTCACGCGGGCTGCAAGTGCGTCGGGAGCCAGGTGCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACGCGCGCTCCGAGGATGAGGACTCCCTGTCGCCGGCCTCAGCCAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101505 ACGCGCGCTCCGAGGATGAGGACTCCCTGTCGCCGGCCTCAGCCAACGAT

    900     .    :    .    :
    892 GACAAGGAGATTTCCCCCTTA
        |||||||||||||||||||||
 101555 GACAAGGAGATTTCCCCCTTA