seq1 = pF1KB8940.tfa, 891 bp
seq2 = pF1KB8940/gi568815594f_4759918.tfa (gi568815594f:4759918_4963140), 203223 bp

>pF1KB8940 891
>gi568815594f:4759918_4963140 (Chr4)

1-451  (100001-100451)   100% ->
452-891  (102784-103223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTCTTTGCCACTCGGTGTCAAAGTGGAGGACTCCGCCTTCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTCTTTGCCACTCGGTGTCAAAGTGGAGGACTCCGCCTTCGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGCGGGGGGAGGCGCGGGCCAGGCCCCCAGCGCCGCCGCGGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGGCGGGGGGAGGCGCGGGCCAGGCCCCCAGCGCCGCCGCGGCCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCGCCATGGGCGCGGACGAGGAGGGGGCCAAGCCCAAAGTGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCCGCCATGGGCGCGGACGAGGAGGGGGCCAAGCCCAAAGTGTCCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGCTCCTGCCCTTCAGCGTGGAGGCGCTCATGGCCGACCACAGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGCTCCTGCCCTTCAGCGTGGAGGCGCTCATGGCCGACCACAGGAAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGGCCAAGGAGAGCGCCCTGGCGCCCTCCGAGGGCGTGCAGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGGCCAAGGAGAGCGCCCTGGCGCCCTCCGAGGGCGTGCAGGCGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGGCTCGGCGCAGCCACTGGGCGTCCCGCCGGGGTCGCTGGGAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGGCTCGGCGCAGCCACTGGGCGTCCCGCCGGGGTCGCTGGGAGCCCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACGCGCCCTCTTCGCCGCGGCCGCTCGGCCATTTCTCGGTGGGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACGCGCCCTCTTCGCCGCGGCCGCTCGGCCATTTCTCGGTGGGGGGACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCAAGCTGCCAGAAGATGCGCTCGTCAAAGCCGAGAGCCCCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCAAGCTGCCAGAAGATGCGCTCGTCAAAGCCGAGAGCCCCGAGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGAGAGGACCCCGTGGATGCAGAGCCCCCGCTTCTCCCCGCCGCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGAGAGGACCCCGTGGATGCAGAGCCCCCGCTTCTCCCCGCCGCCGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 A         GGCGGCTGAGCCCCCCAGCCTGCACCCTCCGCAAACACAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTG...CAGGGCGGCTGAGCCCCCCAGCCTGCACCCTCCGCAAACACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACGAACCGTAAGCCGCGGACGCCCTTCACCACCGCGCAGCTGCTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102824 GACGAACCGTAAGCCGCGGACGCCCTTCACCACCGCGCAGCTGCTGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGAGCGCAAGTTCCGCCAGAAGCAGTACCTGTCCATCGCCGAGCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102874 TGGAGCGCAAGTTCCGCCAGAAGCAGTACCTGTCCATCGCCGAGCGCGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGTTCTCCAGCTCGCTCAGCCTCACTGAGACGCAGGTGAAGATATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102924 GAGTTCTCCAGCTCGCTCAGCCTCACTGAGACGCAGGTGAAGATATGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCAGAACCGCCGCGCCAAGGCAAAGAGACTACAAGAGGCAGAGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102974 CCAGAACCGCCGCGCCAAGGCAAAGAGACTACAAGAGGCAGAGCTGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCTGAAGATGGCCGCCAAGCCCATGCTGCCACCGGCTGCCTTCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103024 AGCTGAAGATGGCCGCCAAGCCCATGCTGCCACCGGCTGCCTTCGGCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCCTTCCCTCTCGGCGGCCCCGCAGCTGTAGCGGCCGCGGCGGGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103074 TCCTTCCCTCTCGGCGGCCCCGCAGCTGTAGCGGCCGCGGCGGGTGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCTCTACGGTGCCTCTGGCCCCTTCCAGCGCGCCGCGCTGCCTGTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103124 GCTCTACGGTGCCTCTGGCCCCTTCCAGCGCGCCGCGCTGCCTGTGGCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCGTGGGACTCTACACGGCCCATGTGGGCTACAGCATGTACCACCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103174 CCGTGGGACTCTACACGGCCCATGTGGGCTACAGCATGTACCACCTGACA