seq1 = pF1KB8932.tfa, 849 bp
seq2 = pF1KB8932/gi568815585f_27820139.tfa (gi568815585f:27820139_28024698), 204560 bp

>pF1KB8932 849
>gi568815585f:27820139_28024698 (Chr13)

1-406  (100001-100406)   100% ->
407-849  (104118-104560)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGCGAGGAGCAGTACTACGCGGCCACGCAGCTTTACAAGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGGCGAGGAGCAGTACTACGCGGCCACGCAGCTTTACAAGGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGCGCGTTCCAGCGAGGCCCGGCGCCGGAGTTCAGCGCCAGCCCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGCGCGTTCCAGCGAGGCCCGGCGCCGGAGTTCAGCGCCAGCCCCCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTGCCTGTACATGGGCCGCCAGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCACCCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTGCCTGTACATGGGCCGCCAGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCACCCGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGGCGCCCTGGGCGCGCTGGAGCAGGGCAGCCCCCCGGACATCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTGGCGCCCTGGGCGCGCTGGAGCAGGGCAGCCCCCCGGACATCTCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTACGAGGTGCCCCCCCTCGCCGACGACCCCGCGGTGGCGCACCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTACGAGGTGCCCCCCCTCGCCGACGACCCCGCGGTGGCGCACCTTCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCACCTCCCGGCTCAGCTCGCGCTCCCCCACCCGCCCGCCGGGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCACCTCCCGGCTCAGCTCGCGCTCCCCCACCCGCCCGCCGGGCCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGAGGGAGCCGAGCCGGGCGTCCTGGAGGAGCCCAACCGCGTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGAGGGAGCCGAGCCGGGCGTCCTGGAGGAGCCCAACCGCGTCCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCTTTCCCATGGATGAAGTCTACCAAAGCTCACGCGTGGAAAGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCTTTCCCATGGATGAAGTCTACCAAAGCTCACGCGTGGAAAGGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGCAG         GCGGCGCCTACGCTGCGGAGCCGGAGGAGAACAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGCAGGTA...CAGGCGGCGCCTACGCTGCGGAGCCGGAGGAGAACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGGACGCGCACGGCCTACACGCGCGCACAGCTGCTAGAGCTGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 CGGACGCGCACGGCCTACACGCGCGCACAGCTGCTAGAGCTGGAGAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTTCCTATTCAACAAGTACATCTCACGGCCGCGCCGGGTGGAGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104203 GTTCCTATTCAACAAGTACATCTCACGGCCGCGCCGGGTGGAGCTGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCATGTTGAACTTGACCGAGAGACACATCAAGATCTGGTTCCAAAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104253 TCATGTTGAACTTGACCGAGAGACACATCAAGATCTGGTTCCAAAACCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGCATGAAGTGGAAAAAGGAGGAGGACAAGAAGCGCGGCGGCGGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104303 CGCATGAAGTGGAAAAAGGAGGAGGACAAGAAGCGCGGCGGCGGGACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGTCGGGGGTGGCGGGGTCGCGGAGCCTGAGCAGGACTGCGCCGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104353 TGTCGGGGGTGGCGGGGTCGCGGAGCCTGAGCAGGACTGCGCCGTGACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCGGCGAGGAGCTTCTGGCGCTGCCGCCGCCGCCGCCCCCCGGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104403 CCGGCGAGGAGCTTCTGGCGCTGCCGCCGCCGCCGCCCCCCGGAGGTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTGCCGCCCGCTGCCCCCGTTGCCGCCCGAGAGGGCCGCCTGCCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104453 GTGCCGCCCGCTGCCCCCGTTGCCGCCCGAGAGGGCCGCCTGCCGCCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTTAGCGCGTCGCCACAGCCCTCCAGCGTCGCGCCTCGGCGGCCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104503 CCTTAGCGCGTCGCCACAGCCCTCCAGCGTCGCGCCTCGGCGGCCGCAGG

    850     .
    842 AACCACGA
        ||||||||
 104553 AACCACGA