seq1 = pF1KB8931.tfa, 846 bp
seq2 = pF1KB8931/gi568815586f_53854930.tfa (gi568815586f:53854930_54056563), 201634 bp

>pF1KB8931 846
>gi568815586f:53854930_54056563 (Chr12)

1-610  (100001-100610)   100% ->
611-846  (101399-101634)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGAGCATAATCTCCTGAATCCCGGGTTTGTGGGGCCGCTGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGAGCATAATCTCCTGAATCCCGGGTTTGTGGGGCCGCTGGTAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCACACGGGAGACACCTTCTACTTCCCCAACTTCCGCGCGTCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCACACGGGAGACACCTTCTACTTCCCCAACTTCCGCGCGTCCGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCAGCTTCCCGGGCTGCCTTCGCTGTCCTACCCACGCCGCGACAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCAGCTTCCCGGGCTGCCTTCGCTGTCCTACCCACGCCGCGACAACGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCTCCCTGTCCTGGCCGTCGGCGGAGCCGTGCAATGGCTACCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCTCCCTGTCCTGGCCGTCGGCGGAGCCGTGCAATGGCTACCCGCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACCTCGGCAGCCCAGTGTCTCTCAACCCTCCCTTCGGCCGCACGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACCTCGGCAGCCCAGTGTCTCTCAACCCTCCCTTCGGCCGCACGTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTGGCGCGCGTGGAGGACGGCAAGGGTTACTACCGCGAGCCGTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCTGGCGCGCGTGGAGGACGGCAAGGGTTACTACCGCGAGCCGTGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGGTGGCGGCGGGGGCCTGAAGCGTGAGGAGCGCGGGCGCGACCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGGGTGGCGGCGGGGGCCTGAAGCGTGAGGAGCGCGGGCGCGACCCGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCCGGGCCCGGGGCAGCGCTGCTCCCGCTGGAGCCGTCGGGGCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGCCGGGCCCGGGGCAGCGCTGCTCCCGCTGGAGCCGTCGGGGCCGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCTCGGCTTCAAGTACGACTACGCGGCGGGCGGCGGCGGTGGCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCTCGGCTTCAAGTACGACTACGCGGCGGGCGGCGGCGGTGGCGACGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCGGCGGCGCAGGACCTCCGCACGACCCGCCCTCCTGCCAGTCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCGGCGGCGCAGGACCTCCGCACGACCCGCCCTCCTGCCAGTCGCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATCCGACTCCAGTTCGTCCCTGCTCAACGAGGGCAACAAGGGCGCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATCCGACTCCAGTTCGTCCCTGCTCAACGAGGGCAACAAGGGCGCCGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGGCGACCCCGGCAGCTTGGTATCGCCGTTGAACCCCGGCGGCGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGGCGACCCCGGCAGCTTGGTATCGCCGTTGAACCCCGGCGGCGGGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCGGCCAGCG         GCGCGCCCTGGTACCCGATCAACAGCCGCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCGGCCAGCGGTA...CAGGCGCGCCCTGGTACCCGATCAACAGCCGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCGGAAGAAGCGCAAGCCCTATTCGAAGTTGCAACTGGCAGAGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101430 TCGGAAGAAGCGCAAGCCCTATTCGAAGTTGCAACTGGCAGAGCTGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCGAGTTTCTGGTCAACGAGTTCATCACACGCCAGCGCCGGAGGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 GCGAGTTTCTGGTCAACGAGTTCATCACACGCCAGCGCCGGAGGGAACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCAGACCGCTTGAATCTTAGTGACCAGCAGGTCAAGATCTGGTTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101530 TCAGACCGCTTGAATCTTAGTGACCAGCAGGTCAAGATCTGGTTTCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCGGAGAATGAAAAAGAAAAGACTTCTGTTGAGGGAGCAAGCTCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101580 CCGGAGAATGAAAAAGAAAAGACTTCTGTTGAGGGAGCAAGCTCTCTCCT

    850     .
    842 TCTTT
        |||||
 101630 TCTTT