seq1 = pF1KB8928.tfa, 840 bp
seq2 = pF1KB8928/gi568815594f_183405196.tfa (gi568815594f:183405196_183610949), 205754 bp

>pF1KB8928 840
>gi568815594f:183405196_183610949 (Chr4)

1-172  (100001-100172)   99% ->
173-840  (105087-105754)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTAGGGCAGCAGCAGCAGCAACTGTACTCGTCGGCTGCGCTCCTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100001 ATGTTAGGGCAGCAGCAGCAGCAACTGTACTCGTCGGCCGCGCTCCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGAGCGGAGCCGGCTGCTCACCTGCTACGTGCAGGACTACCTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGAGCGGAGCCGGCTGCTCACCTGCTACGTGCAGGACTACCTTGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGTGGAGTCGCTGCCCCACGACATGCAGAGGAACGTGTCTGTGCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGTGGAGTCGCTGCCCCACGACATGCAGAGGAACGTGTCTGTGCTGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGGACAACAAATATCAAG         AAACGTTAAAGGAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 GAGCTGGACAACAAATATCAAGGTA...TAGAAACGTTAAAGGAAATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGTCTACGAAAAATATAAGAAAGAAGATGATTTAAACCAGAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105106 TGATGTCTACGAAAAATATAAGAAAGAAGATGATTTAAACCAGAAGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCTACAGCAGCTTCTCCAGAGAGCACTAATTAATAGTCAAGAATTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105156 GTCTACAGCAGCTTCTCCAGAGAGCACTAATTAATAGTCAAGAATTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGAAAAAATACAGATTGTTACACAAATGCTCGAATTGGTGGAAAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105206 GATGAAAAAATACAGATTGTTACACAAATGCTCGAATTGGTGGAAAATCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCAAGACAAATGGAGTTACACTCACAGTGTTTCCAAGATCCTGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105256 GGCAAGACAAATGGAGTTACACTCACAGTGTTTCCAAGATCCTGCTGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGAACGAGCCTCAGATAAAGCAAAGATGGATTCCAGCCAACCAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105306 GTGAACGAGCCTCAGATAAAGCAAAGATGGATTCCAGCCAACCAGAAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTTCAAGAAGACCCCGCAGGCAGCGGACCAGTGAAAGCCGTGATTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105356 TCTTCAAGAAGACCCCGCAGGCAGCGGACCAGTGAAAGCCGTGATTTATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCACATGGCAAATGGGATTGAAGACTGTGATGATCAGCCACCTAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105406 TCACATGGCAAATGGGATTGAAGACTGTGATGATCAGCCACCTAAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAAATCCAAGTCAGCAAAGAAAAAGAAACGCTCCAAGGCCAAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105456 AGAAATCCAAGTCAGCAAAGAAAAAGAAACGCTCCAAGGCCAAGCAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGGGAAGCTTCACCTGTTGAGTTTGCAATAGATCCTAATGAACCTACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105506 AGGGAAGCTTCACCTGTTGAGTTTGCAATAGATCCTAATGAACCTACATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTGCTTATGCAACCAAGTGTCTTATGGGGAGATGATAGGATGTGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105556 CTGCTTATGCAACCAAGTGTCTTATGGGGAGATGATAGGATGTGACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AACAGTGTCCAATTGAATGGTTTCACTTTTCATGTGTTTCACTTACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105606 AACAGTGTCCAATTGAATGGTTTCACTTTTCATGTGTTTCACTTACCTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAACCAAAGGGGAAATGGTATTGCCCAAAGTGCAGGGGAGATAATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105656 AAACCAAAGGGGAAATGGTATTGCCCAAAGTGCAGGGGAGATAATGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    792 AACAATGGACAAAAGTACTGAAAAGACAAAAAAGGATAGAAGATCGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105706 AACAATGGACAAAAGTACTGAAAAGACAAAAAAGGATAGAAGATCGAGG