seq1 = pF1KB8921.tfa, 801 bp
seq2 = pF1KB8921/gi568815593f_174624660.tfa (gi568815593f:174624660_174829580), 204921 bp

>pF1KB8921 801
>gi568815593f:174624660_174829580 (Chr5)

1-379  (100001-100379)   100% ->
380-801  (104500-104921)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTCCGTCCAAAGGCAATGACTTGTTTTCGCCCGACGAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTCCGTCCAAAGGCAATGACTTGTTTTCGCCCGACGAGGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGCAGTGGTGGCCGGACCAGGCCCGGGGCCTGGGGGCGCCGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGCAGTGGTGGCCGGACCAGGCCCGGGGCCTGGGGGCGCCGAGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCGGAGGAGCGCCGCGTCAAGGTCTCCAGCCTGCCCTTCAGCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCGGAGGAGCGCCGCGTCAAGGTCTCCAGCCTGCCCTTCAGCGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCTCATGTCCGACAAGAAGCCGCCCAAGGAGGCGTCCCCGCTGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGCTCATGTCCGACAAGAAGCCGCCCAAGGAGGCGTCCCCGCTGCCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAAAGCGCCTCGGCCGGGGCCACCCTGCGGCCACTGCTGCTGTCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAAAGCGCCTCGGCCGGGGCCACCCTGCGGCCACTGCTGCTGTCGGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGGCGCTCGGGAAGCGCACAGCCCCGGGCCGCTGGTGAAGCCCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGGCGCTCGGGAAGCGCACAGCCCCGGGCCGCTGGTGAAGCCCTTCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCGCCTCGGTCAAGTCGGAAAATTCAGAAGATGGAGCGGCGTGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCGCCTCGGTCAAGTCGGAAAATTCAGAAGATGGAGCGGCGTGGATGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAACCCGGCCGATATTCGCCGCCGCCAA         GACATACGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| |||||
 100351 GGAACCCGGCCGATATTCGCCGCCGCCAAGTG...TAGGACATATGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTACCACCTGCACCCTGAGGAAACACAAGACCAATCGGAAGCCGCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104512 CTACCACCTGCACCCTGAGGAAACACAAGACCAATCGGAAGCCGCGCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCTTTACCACATCCCAGCTCCTCGCCCTGGAGCGCAAGTTCCGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104562 CCCTTTACCACATCCCAGCTCCTCGCCCTGGAGCGCAAGTTCCGTCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACAGTACCTCTCCATTGCAGAGCGTGCAGAGTTCTCCAGCTCTCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104612 ACAGTACCTCTCCATTGCAGAGCGTGCAGAGTTCTCCAGCTCTCTGAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCACAGAGACCCAGGTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGAAGGGCCAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104662 TCACAGAGACCCAGGTCAAAATCTGGTTCCAGAACCGAAGGGCCAAGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAAAGACTGCAGGAGGCAGAACTGGAAAAGCTGAAAATGGCTGCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104712 AAAAGACTGCAGGAGGCAGAACTGGAAAAGCTGAAAATGGCTGCAAAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TATGCTGCCCTCCAGCTTCAGTCTCCCTTTCCCCATCAGCTCGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104762 TATGCTGCCCTCCAGCTTCAGTCTCCCTTTCCCCATCAGCTCGCCCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGCAGCGTCCATATATGGAGCATCCTACCCGTTCCATAGACCTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104812 AGGCAGCGTCCATATATGGAGCATCCTACCCGTTCCATAGACCTGTGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCATCCCGCCTGTGGGACTCTATGCCACGCCAGTGGGATATGGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104862 CCCATCCCGCCTGTGGGACTCTATGCCACGCCAGTGGGATATGGCATGTA

    800     .    :
    792 CCACCTGTCC
        ||||||||||
 104912 CCACCTGTCC