seq1 = pF1KB8919.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KB8919/gi568815586f_53953923.tfa (gi568815586f:53953923_54155202), 201280 bp

>pF1KB8919 792
>gi568815586f:53953923_54155202 (Chr12)

1-439  (100001-100439)   100% ->
440-792  (100928-101280)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCATGAGCTCGTATTTGATGGACTCTAACTACATCGATCCGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCATGAGCTCGTATTTGATGGACTCTAACTACATCGATCCGAAATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTCCATGCGAAGAATATTCGCAAAATAGCTACATCCCTGAACACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCTCCATGCGAAGAATATTCGCAAAATAGCTACATCCCTGAACACAGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAATATTACGGCCGGACCAGGGAATCGGGATTCCAGCATCACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAATATTACGGCCGGACCAGGGAATCGGGATTCCAGCATCACCACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGTACCCACCACCGCCTCCGCGCCCTAGCTACCCTGAGCGCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCTGTACCCACCACCGCCTCCGCGCCCTAGCTACCCTGAGCGCCAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGCTGCACCAGTCTCCAGGGGCCCGGCAATTCGCGAGGCCACGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGCTGCACCAGTCTCCAGGGGCCCGGCAATTCGCGAGGCCACGGGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCAGGCGGGCCACCACCACCCCGAGAAATCACAGTCGCTCTGCGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCAGGCGGGCCACCACCACCCCGAGAAATCACAGTCGCTCTGCGAGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGCCTCTCTCAGGCGCCTCCGCCTCCCCGTCCCCAGCCCCGCCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGCCTCTCTCAGGCGCCTCCGCCTCCCCGTCCCCAGCCCCGCCAGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGCCAGCCAGCCCCCGACCATCCCTCCAGCGCCGCCAGCAAGCAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGCCAGCCAGCCCCCGACCATCCCTCCAGCGCCGCCAGCAAGCAACCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAGTCTACCCATGGATGAAAAAAATTCACGTTAGCACGG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100401 TAGTCTACCCATGGATGAAAAAAATTCACGTTAGCACGGGTA...CAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACCCCAATTATAACGGAGGGGAACCCAAGCGCTCGAGGACAGCCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100930 AACCCCAATTATAACGGAGGGGAACCCAAGCGCTCGAGGACAGCCTATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCGGCAGCAAGTCCTGGAATTAGAGAAAGAGTTTCATTACAACCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100980 CCGGCAGCAAGTCCTGGAATTAGAGAAAGAGTTTCATTACAACCGCTACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGACCCGAAGGAGAAGGATCGAGATCGCCCACTCGCTGTGCCTCTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101030 TGACCCGAAGGAGAAGGATCGAGATCGCCCACTCGCTGTGCCTCTCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGGCAGATCAAAATCTGGTTCCAAAACCGTCGCATGAAATGGAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 AGGCAGATCAAAATCTGGTTCCAAAACCGTCGCATGAAATGGAAGAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCACCGACTCCCCAACACCAAAGTCAGGTCAGCACCCCCGGCCGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101130 CCACCGACTCCCCAACACCAAAGTCAGGTCAGCACCCCCGGCCGGCGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGCCCAGCACCCTTTCGGCAGCTACCCCGGGTACTTCTGAAGACCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101180 CGCCCAGCACCCTTTCGGCAGCTACCCCGGGTACTTCTGAAGACCACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGAGCGCCACGCCGCCGGAGCAGCAACGGGCAGAGGACATTACCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101230 CAGAGCGCCACGCCGCCGGAGCAGCAACGGGCAGAGGACATTACCAGGTT

    800 
    792 A
        |
 101280 A